【有了劉穆之的協助，劉裕便有了信心與桓玄展開宿命的對決。
這時候，外部的倒桓聯盟已經形成，大家也一致推舉劉裕為第一把手。孟昶作為長史，帶著北府兵一千七百多人駐紮在竹裡，天天向外界釋出公告，號召大家團結起來，打倒桓玄集團。
桓玄才聽到劉裕喊出打倒桓玄的口號就坐不住了，從太子宮裡搬回皇宮，趕緊任命桓謙為征討都督。
桓謙請求馬上向劉裕展開軍事行動，可桓玄卻不同意，他認為：“劉裕是一條好漢，他的部隊也是精銳部隊，戰鬥力很強，現在他們是造反，打起來只會更猛。所以，咱們只需要守住覆舟山，佈置好防線，等劉裕主動過來進攻。
等到劉裕大軍到的時候，他們已經狂奔了二百多里，還什麼也沒有得到，肯定銳氣全失。
咱們的大軍以逸待勞，等到他們到的時候再突然殺出去，他們一定驚慌失措、不戰自亂，咱們獲勝也將不費吹灰之力！”
不得不說，桓玄想得很美，按照他這麼幹的話，死的可能會更快一些。】
【劉裕與桓玄的戰鬥這裡就不詳細敘述了，反正劉裕以少勝多，逼近建康，而桓玄則因為久居建康，四面反叛者眾，心生膽怯。
在劉裕逼近之時，非但沒有率領精銳前去剿滅人數極為劣勢的劉裕，反而決定將帝都建康拱手相讓，帶著大軍和東晉帝后撤回了荊州腹地。
劉裕隨即入主建康，而劉穆之則從京口民兵辦事處主任，一下躍升為京城市長。
而隨著劉裕掌控東晉朝廷之後，劉穆之更是升任了東晉帝國實際政務的唯一辦事處負責人。
不過這時候的劉裕根基很不穩，為了幫助劉裕鞏固統治，劉穆之採用了以下幾條重要舉措：
一、重塑司馬氏的正統地位，以顯示京口起兵的合法性。燒掉了桓玄所立的桓溫牌位，重新為晉帝立廟，並且派人迎接東晉皇帝司馬德宗。
二、對於桓楚政權的官員，只誅首惡，脅從不問。劉穆之將打擊目標鎖定為桓氏家族，對其他人則赦免其罪行。
三、協調各派系各階層的關係。由於當時劉裕的威望還不高，劉穆之任命來自高等士族的王謐為侍中，作為劉裕在朝廷的代理人。
劉穆之頒佈的法令重在約束貴族門閥，施恩平民百姓，同時著力恢復江南地區的生產生活，使得劉裕轉迅速收攏了民心。
隨後，劉裕派大軍西進，在劉毅等人的指揮下，西征軍不費吹灰之力便大破桓玄，攻取江夏等地，桓玄西逃，被逼無奈，試圖入蜀，被益州督護馮遷殺死，時年三十六歲。】
【義熙三年（公元407年），劉裕在朝中的代理人王謐病逝，劉毅等士族希望藉機排擠劉裕，因此提出由士族出身的謝混出任揚州刺史，僕射孟昶任司徒、錄尚書事，企圖對劉裕奪權。
朝廷派出尚書右丞皮沈前往徵詢劉裕的意見。
劉毅和孟昶等人都是京口起兵時劉裕的戰友，這次他們聯合起來奪權，便表明了京口起兵時的功臣已經分化為兩個陣營，以劉毅為首計程車族，顯然不甘心朝政被出身寒門的劉裕把持。】
【劉穆之對劉毅等人的意圖洞若觀火，他建議劉裕以宰相的職位非常重要為由，親自前往京城，朝中的人必定不敢將這麼重要的職位授予別人。
劉裕採納了劉穆之的計策，朝廷果然授予劉裕侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書事、兼任徐州、兗州刺史，從而牢牢把持朝政大權。
之後，劉穆之和劉裕商議，“古有挾天子以令諸侯，今其時也”，建議劉裕效仿魏武帝曹操，尊奉晉安帝，以號令天下！】
 本章完