【東晉的掌權者中，司馬元顯就因為頒佈不合時宜的政令激起民變，桓玄則設定繁密科條，且政令無常，導致怨聲載道。
針對“晉綱弛紊”“臣道專行”等亂象，劉穆之著手調校矯正法令，劉裕以身作則，在兩人的通力合作下，“改亂章，布平道”，“威令一施，內外從禁”，僅在兩三天內，東晉朝堂的風氣為之大變。
更難得的是，兩人因為都是微末出身，對東晉門第政治深惡痛絕，他們共同整頓吏治，依照策試的方式甄別名不副實的秀才、孝廉，重用出身“寒微”卻有真才實學的人，奠定了南朝“寒人掌機要”的政治格局，也為後來科舉制的興盛鋪平道路。】
【劉裕和劉穆之兩人的君臣相知，引起了劉毅的忌妒。
劉毅是何許人也？他的發跡史其實和劉裕十分相似，而且還是出生於豪門大族。
劉毅同樣投身北府兵，共同討伐桓玄，有興復晉室之功勳，身居高位手握重權。
而越是相似，劉毅就越不服劉裕，“我以一時之功相推耳，汝便謂我不及劉裕也！”
然而劉毅多次兵敗，卻使得他的聲望愈發比不過劉裕。】
【義熙三年（407）揚州刺史、錄尚書事王謐去世，劉毅看到了扳倒劉裕的機會，他建議朝堂要麼派遣親近自己的中領軍謝混接替劉裕掌管揚州；要麼任命劉裕為揚州刺史，由左僕射孟昶執掌中樞。劉毅想得很美好：要麼劉裕放棄自己的根本之地揚州，要麼外鎮一方受到朝廷掣制。
“揚州根本所繫，不可假人”，“今若復以他授，便應受制於人”，劉穆之一眼識破劉毅的謀劃，他建議劉裕兩邊都不能放棄，要劉裕親自入朝為己方謀劃，“公至京，彼必不敢越公更授餘人”，還說了之前的那句“古有挾天子以令諸侯，今其時也”。】
【劉裕入朝輔政，無人敢攔，他還被授予了侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書事，兼徐兗二州刺史，得以掌握朝政大權，劉毅的算盤算是徹底落空了。
更關鍵的是，劉穆之此時竟然已經預料到了劉毅等人終會與劉裕兵戈相向：“力敵勢均，終相吞咀”。】
“我感覺這個人跟三國時候的一個人很像！”
“僅僅把劉穆之歸於謀士，或許稍微有些狹隘了。”
“劉穆之洞察時局，高瞻遠矚，是個不可多得的戰略人才啊！”
【義熙六年（410），劉裕帶兵北伐南燕之時，廣州刺史盧循起兵造反，劉毅率軍拒之。劉裕擔心劉毅不是對手，寫信相約共同平叛，結果劉毅一意孤行，導致全軍覆滅，若不是劉裕、劉穆之回援及時，東晉都城建康可能又一次淪陷。
平定盧循之亂後，劉裕還安慰勉勵劉毅一番，不過兩人早已經是貌合神離了。
劉毅對劉穆之每每所言必中十分痛恨，常常勸說劉裕奪了劉穆之的權。
可劉裕不是傻子，怎麼會聽假想敵的一面之詞而自斷雙臂，卻反而因此更加信任的劉穆之了。】
【劉穆之看出了劉毅“不能居下，終為異端”，因此提醒劉裕做好防範。
劉穆之輔佐劉裕擴大勢力，起用那些被劉毅排斥的人。
謝方明和蔡廓原本是劉毅的死黨，看到劉毅失勢後，這兩人拜訪了劉穆之。劉穆之於是向劉裕推薦二人，劉裕都給予重用。
義熙七年（411年），劉裕覺得剷除劉毅的時機成熟，於是親征劉毅。
出征前，劉裕以豫州刺史諸葛長民監太尉留府事，劉穆之為建威將軍輔佐諸葛長民處理政務。】