對於南越莫朝與廣越阮氏的矛盾，朱由校採取了預設的態度，一方面他讓袁崇煥向莫敬寬販賣火器，另一方面又讓蔣德璟向阮福源出售戰艦，在大發軍火貿易的橫財的同時也不斷滋長雙方的野心。
當莫敬寬第二次要求納貢被拒後，失去耐心的他派阮啟、阮名世屯兵河中，在明朝教官的指揮下偷襲順化，然後繼續往廣南行進。阮福源原本躲在順化附近的福安養老，一切政務先由總鎮阮福溪裁決。面對突變他驚慌失措，在蔣德璟的“巧妙”幫助下從海上逃回峴港，立即重掌大權組織反擊。
雙方在這一狹長的地帶投入了大量的戰船、大象和火炮，莫敬寬的軍隊雖然人數佔優，火器先進，但阮福源依據有利地形和補給上的優勢多次化險為夷，混戰四個多月仍難分勝負，最終以以廣平的爭江為界各自退兵據守。
在這場菜雞互啄的戰爭中，袁崇煥、孫傳庭、黃得功為首的陸軍將領派出數百名教導員協助莫敬寬，而蔣德璟、沈壽嶢等海軍精英則站到阮福源這邊，他們都以教官的身份經歷了整個戰爭，對南越和廣南的兵種、器械及戰術摸的一清二楚，並趁機繪製了詳細的軍用地圖，隨時可以接管戰場。閃舞
阮啟、阮名世的軍隊剛剛退到爭江以北，朱由校便命袁崇煥知會莫敬寬，要求借道出兵攻打廣南，還沒等他回應袁崇煥的大軍便故意從清化附近渡過馬江，嚇得他差點從城牆上摔下來。當初明朝與南越以奉化設立邊界後，又命莫敬寬將首府建在離邊境只有五十餘里的清化，如今明軍雖說是南下征討阮福源，可拿下清化也不過舉手之勞。
當然南越現在是明朝的一塊緩衝地帶，雙方又是宗藩關係，朱由校對它沒有任何想法，此次從清化行軍一是藉機震懾莫敬寬，二是這裡方便渡江。為了防止阮福源狗急跳牆從海上逃竄，他需要儘快推入廣越的腹地，同時命蔣德璟等人封鎖峴港、會安港等，切斷阮福源與葡萄牙的聯絡。
由於南越境內河流眾多，袁崇煥的軍隊行進緩慢，比預期延誤至少二十天，這讓兼任平南總指揮的朱由校大為惱火，拍著桌子對孫承宗吼道
“這就是太師給朕舉薦的不世之材？他袁崇煥在廣西經營多年，要錢給錢，要糧給糧，整天吹噓自己組建了一支狼兵，如今面對如驚弓之鳥的廣越軍卻不敢給予迎頭痛擊，朕看再多的狼崽子讓只綿羊指揮還是一群羊！”
面對皇帝的斥責，孫承宗老臉發黑，恨不得找個地縫鑽進去。閃舞他戎馬一生，可謂桃李天下，要說讓他最得意的首數朱由校，其次就是袁崇煥。為了給自己這個弟子一些特權，孫承宗每次封賞都會額外照顧，甚至把廣西狼兵編入特種兵序列，作為大明最為鋒利的一把寶劍。盛名之下，袁崇煥受此拖累，這才率幾萬狼兵步步為營的往南行軍，不敢有絲毫的懈怠。可從建平一帶渡江的孫傳庭、黃得功早已進入廣平境內，前鋒部隊甚至越過爭江與廣越守軍交戰數次。
孫承宗當然理解袁崇煥的處境，可是他還要照顧皇帝的情緒，一時陷入兩難的境地，只好跪地請罪道
“聖上息怒，切莫傷及龍體。袁崇煥部從清化南下，既要躲避廣越的明槍，又要提防莫朝的暗箭，行軍遲緩可以理解。老臣這就讓兵部發六百里加急，讓袁崇煥部迅速插向順化，否則以軍法從事。”
當初讓袁崇煥從清化渡江的人就是朱由校，本意是武力恐嚇莫敬寬，讓他安心在後方做好兒皇帝。孫承宗看破不說破，朱由校也有自知之明，語氣緩和的說道
“袁崇煥是朕親自點的將，要說他行事謹慎也在情理之中，不過戰場上千變萬化，戰機稍縱即逝，朕還是希望他能儘快奔赴前線。廣越巴掌大的地方，他再不抓緊怕是連口湯都喝不著了，到時候他手握天下第一狼兵卻沒有尺寸之功，即便朕想偏袒也於事無補。”
朱由校的這番話很快便傳到袁崇煥的耳朵裡，本來胸有成竹的他臉色突然變得非常難看。此次出征袁崇煥率六萬狼兵從欽州出發，士氣高漲，裝備精良，幾乎是一路碾壓進入廣越境內。
隨著戰線的拉長，後勤補給壓力越來也大，將士們又有些水土不服，他非常擔心遭到阮福源的埋伏後軍心大亂，這才下令放緩行軍的速度。如今朱由校親口承認袁崇煥是他點的將，也就是承認了袁崇煥是他的心腹，袁崇煥再想躲在後面等著撈現成的是不可能了，於是連忙叫來傳令官，命大軍火速馳援在順化的孫傳庭、黃得功。
當初和莫敬寬在峴港交戰數月後，阮福源早已耗盡了廣越的國力，如今面對明朝和暹羅、占城、真臘的四國聯軍，他自知無力應對，多次派出使者到金蘭灣找商周祚和談，但被商周祚以廣越不是明朝藩屬為由拒絕。
此時阮福源恨透了陶維慈，要不是聽信他的讒言也不至於落得如此下場。陶維慈認為廣南國三面都有山川之險，境內盛產金銀鐵礦，海邊有可以捕魚和曬鹽，具有得天獨厚的地理優勢。另外明朝歷來都把南越視為不徵之國，不會輕易出兵征討，更不會長期駐守，只要避其鋒芒，與之周旋數月便可以繼續稱王，建立萬世之業。
陶維慈的謀略的確非常好，不過他低估了明朝皇帝的野心，自從征服日本以後，南越乃至整個東南亞就已經成為明朝新的目標。他曾力勸阮福源收編明朝的海盜，非法侵佔島礁，劫掠過往商船，這讓朱由校下定決心儘快反擊南越入侵，平定南海的風波。升龍被破後，鄭氏家族全部被莫敬寬處死，並建立了一個完全聽命於明朝的傀儡政權，阮福源心中懼怕重蹈鄭氏覆轍，為了取得明朝的信任不得不將陶維慈的人頭奉上。
如今明朝以剿滅海患的名義再次進入廣越境內，陶維慈所說的山川之險在明朝三路大軍的夾擊下失去了戰略縱深，金銀鐵礦和鹽場又被明軍衝抵了軍餉，此消彼長下阮福源只堅持了兩個月便攜帶家眷出城請降。
此役明朝共出動陸軍十一萬，海軍四萬，基本肅清了廣南、西山的阮氏，並將慫恿廣越與明朝對抗的陶維慈屠滅九族，不但徹底改寫了越南鄭、阮之爭，還將南越重新納入中原王朝的版圖。