伴隨著疆域的擴大，明朝在原兩京一十三省的基礎上又新設了十七個省級行政單位，包括天津、上海、重慶三個直隸市，以及東三省、寧夏、陝西、內蒙、青海、吐魯番、新疆、臺灣、安南、海南、東瀛、舊港等十四個布政使，另外還有特林、庫葉、海參崴、北海、雅庫斯克、葉尼塞、伊利、阿拉木圖等前線堡壘。
管理如此龐大的土地對於朱由校來說是種挑戰，同樣朝堂上的大明精英也覺得力不從心，在他們看來中原兩京一十三省才是真正意義上的家園，周邊皆是蠻夷之地，連同那裡的人一樣都不值得勞神費力。這種思想在南宋時期曾有過，女真人入關後與南宋劃江而治，他們的騎兵忌憚江南的山川河網，一直持續到蒙古人的崛起。同樣南宋認為北方已經被戰亂摧毀，收復失地後還要遷徙人口，調撥糧餉，從經濟上考慮實在是一筆賠本的買賣。
近代地理學家胡煥庸曾在《中國人口之分佈》中提出了黑河—騰衝線，1987年他根據新中國最近一次人口普查的資料，認為東半部的面積佔全國的429，人口卻佔到總數的944。這項資料隨著人口的增加還在變化，說明即便是在現代資訊科技和工業文明的基礎上，人們還是喜歡在沿海、平原等氣候適宜、交通便利的地區生活，這種規律無法人為的去強行改變。
對於大明精英的顧慮，朱由校並沒有立即反駁，畢竟這些人從元朝的統治中恢復了華夏文明，又將其引領到世界的頂端，這些都是他們傲嬌的資本，也值得後人推崇。可是朱由校還在二十一世紀生活過，他知道近代是中華民族的一部血淚史，無數的先烈為了追求獨立獻出了寶貴的生命，僅在抗日戰爭中就犧牲了數千萬人口。
新中國成立以後，朝鮮戰場上我們打出了國家的尊嚴和民族的自信，也換來了蘇聯的156個援華專案，由此真正的開始了工業化的道路。如今我們綜合國力已經是世界第二，往前看還有還長的路要走，往後看幾乎已無來者，這種成就人類絕無僅有。
白手起家是偉大的，可其中的辛酸只有自己知道，這不單單是肉體上的忍耐，還有精神上的煎熬，因此我們在肯定這些成績的時候，也會反思其中的不足，希望能越來越好。比如能源問題，我們嚴重依賴進口石油、礦石等工業原材料，而作為世界最大的進出口國，我們竟然沒有定價權，也就是說我們買最貴的原料，賣最廉價的產品，勞動成果被西方人抽走了大頭。
為了改變這些被動的局面，朱由校痛定思痛，決心強行往黑河—騰衝線西半部的主要戰略要衝和能源產區遷徙人口，設立行政機構和衛所，派駐流官進行管理。這樣一來國家對人才的需求就急劇增加，選賢任能便成了朝廷的第一要務。
《論語魏靈公》中說過“工欲善其事，必先利其器。居是邦也，事其大夫之賢者，友其士之仁者”。這是孔子對子貢問及為仁的一段精彩回答，意思是說工匠要想把事情做好，應該先把工具準備好。想對國家有所貢獻，必須結交上流社會和賢達之人，透過這種方式瞭解國情，建立良好的社會關係，然後才能施展自己的抱負，完成仁的目的。
透過逆向推理，從中我們可以得出一個結論，國家要想吸引人才，就要完善自身的選撥制度。這中間有世卿世祿、九品中正、科舉，雖然很多人都在抨擊明朝八股取士的弊端，但我們應該先肯定它的積極作用。畢竟研究歷史要堅持歷史唯物主義，秦始皇不會用智慧手機，但他依然是千古一帝。
經過新政的鋪墊，明朝已將科舉制中的八股文改為審理和行測，在儒家經典的基礎上增加了一些工科的內容。為了加快人才的培養和選撥，朱由校決定以立法的形式推行義務教育，由國家免費教學資源，凡七歲以上的孩童必須進入學校，拓寬孩子們的知識面，普及實用知識，增強民族的軟實力。同時，由內務府和戶部聯合出資，在各主要城市興建專業學院和技術院校，向所有接受完義務教育的學生開放，努力讓寒門子弟能透過知識改變命運。
所謂十年樹木百年樹人，想要全面提升國民文化素質不是一朝一夕的事情，更不能朝令夕改讓人們質疑教育的權威性。朱由校雖然在當時已經取得了朝野上下的擁戴和欽佩，但想做成此事需要面對的問題依然非常嚴峻。
首先是錢。雖然第二次人口普查後戶部在籍人數翻了一番，新政實施後全國的耕地也恢復到萬曆十五年的一千一百多萬百畝，朝廷歲入達到六百萬兩白銀，可是伴隨著明朝疆域的擴大，需要支出的賬目也急劇增加。此時推行義務教育，朝廷是巧婦難為無米之炊。
第二個問題是利益之爭。歷代王朝的末期都會出現嚴重的土地兼併，深挖下去就是利益集團已經完成了對國家資源的壟斷，對他們來說這個皇帝姓朱還是姓愛新覺羅都一樣。當初朱由校帶頭把部分皇莊分給西北的流民，他們迫於朝廷的壓力和社會輿論，被迫將兼併來的土地還給百姓，已經對朱家心存不滿。
如今朱由校要普及義務教育，擴大科舉取士的招生範圍，這將打破士大夫階層對官僚機構的壟斷局面，必然會激起他們的暗中反抗，甚至會扶持新的代理人。想想當初多爾袞率數萬八旗健兒就可以縱橫中原，幾十萬女真人竟然統治了數億漢人達二百六十八年，其中的原因值得深思。
為了解決教育資金的問題，朱由校命魏忠賢坐鎮南京，嚴厲整頓東南鹽礦，由司禮監和內閣共同監管具體的賬目，東廠和錦衣衛全程監督涉事官員，力爭在三年內恢復到明太祖、成祖年間的八位數。另外，他密令在石見銀山的戚報國和王承恩擴大開挖的規模，所有銀礦全部運至天津進行熔鍊，然後交由內務府和戶部負責貨幣的製作。
至於士族內部的牴觸，朱由校決定聯合勳貴和商人進行擠壓，只要他手裡有兵權和錢袋子，就不擔心天下易主，而且修改科舉內容和擴大生源，寒門也能夠出貴子，這將從根本上打破士大夫的壟斷地位，臣權被進一步削弱，民權得到一定程度的提高，國家的軍政大權會牢牢的控制在君權手中。