對於高迎祥的狂傲，朱由校並沒有放在心上，安撫完朱常洵的王妃鄒氏及世子朱由崧後，他秘密召見了一直潛伏在西北的戚報國。原來朱由校早就安排錦衣衛四處打探李自成、李巖、張獻忠等人的下落，如今叛軍雖然聲勢浩大，卻也給了朝廷將他們一網打盡的機會。
戚報國此番入京喜憂參半，謹慎的說道：
“臣奉旨打探李自成、張獻忠的下落，終於在甘肅境內找到了李自成，此人外號棗兒，在甘州府參將王國手下做把總，因作戰勇敢很得士兵的擁戴，頗有一定的威望。高迎祥舉事後，他很快便加入到叛軍當中，目前已經成為闖賊的心腹骨幹。
張獻忠外號黃虎，原在延綏鎮當一名邊兵，此人生性剛烈，愛打抱不平，因此得罪了不少軍官，後來便跟隨宣大總督董漢儒到漢中平叛，頗有戰功，現任遊擊。現在他就在宮外候旨，陛下是否召見？”
一想到李自成、張獻忠這兩個敗類，朱由校就氣不打一處來，一個貪戀女色，一個貪圖財富，都是禍國殃民的劊子手。要不是他們的叛亂，漢人不至於讓滿清入關，將萬里河山拱手相讓，將中華民族帶入萬劫不復的災難之中。
戚報國見皇帝臉色陰晴不定，以為對自己的差事不滿意，慌忙下跪請罪。朱由校趕緊收了思緒，笑著說道：
“報國何罪之有，你在西北辦事辛苦，結果也讓朕非常滿意。你的伯兄祚國襲得少保的爵位，升任濟南府掌印都司；仲兄昌國封為武忠侯，任職兵部侍郎、九門提督，負責京師的治安；季弟興國封為孝忠侯，統領朕的羽林衛隊。
戚家世代忠於朝廷，朕已屬意你為協忠侯，不過眼下你先去長崎投奔南居益，在日本建立功勳後再名正言順的受封。至於張獻忠，你先將他押到詔獄，稍後朕會親自過去一趟。”
戚報國在西北蟄伏三年早已是滿臉的風霜，能得到皇帝的體諒本已寬慰，聞聽皇帝要封他為協忠侯，一時激動的汗毛直立，他終沒有辜負戚少保的英名。對於朱由校的安排，他沒做片刻的遲疑，當即命人將張獻忠五花大綁的捆到牢房，先是用流水的刑具招呼一通，然後等著小皇帝的到來。
朱由校忙完後已是丑時，他連夜前往詔獄，看到張獻忠後就是一頓皮鞭伺候，打的他渾身皮開肉綻。此時張獻忠還是明朝的一名遊擊，渾然不知自己犯了什麼罪，除了求饒竟也無話可說。為了讓他死的明白，朱由校伏在耳邊輕聲說道：
“在朕看來你和甘州把總李自成一個德行，早晚會起兵反抗朝廷，與其讓你們禍國殃民，不如現在就送你去閻王爺那裡報道。”
說完朱由校接過戚報國的佩劍，狠狠的在他身上刺了幾個窟窿，瞬時血如泉湧，躺在地上一動不動。朱由校上前踢了兩腳，又補了幾刀才作罷，衝著張獻忠的屍體啐了口唾沫後罵道：
“民族敗類！”
對於朱由校的憤怒，在場的人完全不明就裡，他們搞不懂小皇帝為何會親手處決一位下級軍官。此事朱由校也不便解釋，他下一步的打算是誘使高迎祥的叛軍進入河北境內，然後設下包圍圈活捉李自成。
太行山下，高迎祥意氣風發。攻克漢中、洛陽等大城市後，他搖身一變成為闖王，決定集結所有兵力直搗順德、真定兩鎮，進而逼近京師。初入河北的叛軍連戰連捷，這讓高迎祥非常驕狂，他以為明軍的主力全部調往南京和日本，此時他就是陸戰之王。
當然他什麼也不是，唯一的價值就是幫助大明精英刷經驗。此時留守京師的戚昌國早已率領一支皇家陸軍前往保定，與黃得功率領的陸軍軍官學院的將士們匯合，一同前往真定阻擊叛軍。同時西北總督盧象升和宣大總督董漢儒的大軍也收復洛陽，沿著叛軍的路線尾隨到了河北境內。
高迎祥本來抱著必勝的信念命令部下發起衝鋒，沒想到剛一交手便勝負立判，這些只知道打家劫舍的土匪哪裡是皇家陸軍的對手，在天啟大炮和擊發槍的火力壓制下，交戰呈現一邊倒的局面。面對明軍碾壓式的推進，不到兩天的時間叛軍就已全線崩潰，高迎祥死於混戰中後，李自成連夜帶著他的女人和金銀財寶往太行山逃跑。
對於明軍的圍追堵截，李自成果斷命令部下放棄抵抗，一面派人商談投降來迷惑盧象升等人，一面馬不停蹄的往西逃竄。若是在平時盧象升肯定會信以為真，畢竟不戰而屈人之兵是將軍的最高境界，但是朱由校已經給他發了一道密詔，告誡他要提防叛軍的詐降，不活捉李自成決不罷休，另外還允許他越境追捕叛軍。
盧象升看完這封密詔後仰天長嘆一聲，心裡對小皇帝的敬佩簡直是五體投地，對於叛軍的投降他本來猶豫不決，此時如醍醐灌頂，對李自成恨得咬牙切齒。自打明朝西征以後，朝廷在西北設定吐魯番、青海、寧夏三個新的布政使，連同甘肅共同劃設西北四省總督，此時正是他在這裡大有作為的時機。
漢中的瑞王被滅門後，他每日如坐針氈，山西雖然是宣大總督董漢儒的地盤，但此時他握有越境指揮的特權，當仁不讓的命令西北軍潛入太行山脈，想親手活捉這些賊首後前往南京負荊請罪。可是董漢儒也面臨同樣的難題，李自成燉的那鍋福祿湯早已讓他聲名在外，不將他們碎屍萬段難解他心頭之恨。
兩人爭持不下，各不相讓，西北軍和秦兵見長官如此，自然也是較著勁的追趕叛軍。如此一來可就苦了一心想喘口氣的李自成，等到朝廷發下海捕的文書，懸賞重金捉拿叛軍首領，羅汝才、李巖等人相繼落網，透過他們的供述很快找到了李自成的藏身之所，一同押解到南京後凌遲處死。
這場本該愈演愈烈的農民起義，因被朱由校劇透而提前結束，同時他命魏忠賢立即停止在西北四省攤派軍餉，並安排盧象升和董漢儒開倉放糧賑濟災民，很快便控制住了災情。至此他已經完全沒有了後顧之憂，不但李自成、張獻忠這樣的大惡人伏法，而且瑞王、福王的慘案讓其他藩王如驚弓之鳥，紛紛請求皇帝調撥羽林護衛他們的安全，作為回報他們願意捨棄俸祿和部分封地。