隨著長崎的告破，鹿兒島和福岡那些敗退下來的倭寇只能紛紛往九州以東的阿蘇山靠攏，意圖從大本港口逃回本州島。此時明朝在九州島佈置了三路大軍，故意在東面留出一道缺口，在兵法是叫圍師必闕，目的是防止倭寇狗急跳牆後跟遠征軍死磕到底。
當然他們在海上並不安全，因為南居益、鄭芝龍的水師已經封鎖了瀨戶內海，不但本州島的倭寇無法進出，就連四國島、九州島也被孤立起來。畢竟這兩地屬於日本的貧困地區，其中又屬九州薩摩（不是薩摩耶）地區的民風最為彪悍，二戰時在中國犯下滔天罪行的戰犯多數就出自這裡。
這場陸海協同的戰役終以明軍大獲全勝而停止，朱由校順利的實現了第一階段的目標。此時已進入盛夏，根據季風的規律很快便進入颱風多發的時節，所以他命令大軍全線轉入防禦狀態，同時任命朝鮮和呂宋的移民為當地官吏，著手清理島上那些負隅頑抗的倭寇和間諜。
德川忠長本以為明朝會乘勝追擊，這樣他就可以順利的佔領江戶，成為幕府的第三代將軍。可是明軍突然全面收縮防線，這讓他措手不及。此時他已在江戶外圍擺開了進攻的陣勢，失去明軍的牽制後兩翼便暴露出來，德川家光敏銳的覓得這一戰機，命令幕府軍全線壓上。
由於雙方都是破釜沉舟，誰也沒想過要後退，所以這場交戰非常慘烈。幕府軍利用人數的優勢不斷壓縮德川忠長的陣地，將他們趕到海邊後立即修築城牆，挖掘戰壕，想把德川忠長困死在沙灘上。此時德川忠長才如夢初醒，他從一開始就被明朝皇帝玩弄於鼓掌之間，明朝要的不僅僅長崎，而是整個日本。
對於德川忠長的全軍覆滅，南居益和鄭芝龍在海上看的非常清楚，有幾次他們起了惻隱之心，想把德川忠長接到長崎，可是朱由校的命令是不得同情任何倭人，否則按通敵叛國的罪名滿門抄斬。在這種高壓政策下，明軍將士沒有人敢違抗軍令，也因此避免了很多非戰鬥減員。
十月過後，季風退去，四國境內的織田信衡早已迫不及待的登上明朝的艦船，朝著神戶進發。這半年多的時間裡，他已將四國島折騰了個底朝天，凡是德川幕府的官吏、家臣或是支持者都被他就地處決，致使原本就人煙稀少的島內如今更是荒無人煙。
此番出征他可謂傾巢出動，在明朝水師的幫助下源源不斷的進入江戶外圍。在他看來這是天賜良機，德川家族的內耗已經讓原本就疲於應付的幕府雪上加霜，只要自己全力攻打江戶，整個日本唾手可得。不得不說織田信衡的判斷力非常準備，他本是織田信長的嫡長孫，進入本州島後得到很多倭人的支援，沿途不斷有織田家臣和浪人加入，大軍浩浩蕩蕩的逼近大阪。
等到織田信衡的軍隊兵臨城下時，德川家光才意識到明朝的皇帝並未打算當一名看客，無論德川忠長還是織田信衡，他們的身後都有明朝的軌跡。此時明朝的軍艦就在江戶外海警戒，他不清楚對方的作戰目標是什麼，但如此興師動眾絕不會只為了一座長崎城。
面對兩線夾擊，德川家光決定派出使者前往明軍大營進行談判，同時傾盡全力攻打西邊的織田軍隊，他認為只要能在最短的時間內消滅織田信衡，他的部下將士氣大振，屆時利用地形與明軍在島內展開周旋，鹿死誰手還未可知。
本著要與織田信衡拼命的架勢，德川幕府迅速調集本州境內的主力部隊增援江戶，並在大阪阻截織田信衡的前鋒部隊。雙方早就是老熟人了，見面後無需問候便廝殺到一處，由於日本本身並不製造火器和彈藥，很快這群倭人便退回到了冷兵器時代，大刀、長矛、弓箭、板磚又成為搶手貨。
正當織田信衡和德川家光在大阪進入拉鋸戰之時，朱由校向雙方分別發出外交照會，要求他們確保當地華商的安全，同時以保護後水尾天皇為由，命令洪承疇和蔣德璟率七萬主力進駐江戶城內，秘密展開第二階段的作戰計劃。
對於明朝突然展開的軍事行動，德川家光異常惱火，他費了九牛二虎之力趕走了西洋人，如今卻被明軍出虛而入。可是沒有實力的憤怒是毫無意義的，面對人數佔優、裝備精良的明軍他只能笑臉相迎，並同意將後水尾天皇及其家眷全部交由戚興國的羽林保護，很快他們便被接到南京，在奉天殿等待朱由校的召見。
此時這位後水尾天皇正值不惑之年，親眼目睹了幕府的崛起和皇族的衰落，非常明白自己不過是德川秀忠的提線木偶，尤其是德川和子把持中宮後，對其族人排斥打壓，想為他們的女兒興子成為天皇鋪平道路。以前他對於德川家族的擺佈無可奈何，如今成為明朝皇帝的座上賓，他敏銳的覺察到了朱由校的動機，一見面便三拜九叩，恭敬的說道：
“臣日本王后水尾拜見大明皇帝，吾皇萬歲萬歲萬萬歲。”
朱由校見他如此乖巧，心知這是個極其聰明之人，和氣的回覆道：
“殿下雖居東夷卻如此通曉大明禮節，倒讓朕刮目相看。聽說日本境內正在打仗，不知殿下如何看待？”
後水尾雖然權力被德川架空，但還是頗具政治智慧，他知道朱由校是讓他表態，公開譴責德川家光和織田信衡的暴行，以便明朝展開下一步的行動。他很想拒絕，無奈寄人籬下，一家老小都需要仰仗明朝的庇護，只好說道：
“當初織田信長兵起尾長，透過征伐統一日本，後遭到豐臣秀吉的暗算，本能寺之變後下落不明。後來德川家康故伎重演，將豐臣一族屠戮殆盡，開創江戶幕府時代。由此看來兩人都是得國不正，不能稱作合法的關白，一切還望陛下定奪。”
朱由校心想這也是個老狐狸，自己的道行未必能鎮得住他，於是決定少說話，將來交給孫承宗和葉向高他們來收拾。後水尾見大明皇帝三緘其口，故作鎮定的抬頭看去，這才發現端坐在龍椅上的人尚在弱冠之年，面容英俊，目光如炬，眉眼間自有一股帝王之氣若隱若現。
根據外交禮制，藩屬國朝聖後需要設宴款待，由於日本是第一次正式向大明俯首稱臣，所以朱由校除了要求按最高規格接待隨行人員外，還在在乾清宮內宴請後水尾一家三口。
桌上不僅擺放著中原各地的美食，還穿插了一些地道的日本名菜，甚至還有一小瓶龍力米酒。此外宴會廳內的擺設、器物也是按照江戶皇宮的佈局放置，由此可見朱由校對後水尾一家的重視程度，也從側面反映了他對日本的瞭解。
俗話說天下沒有免費的午餐，朱由校越是客氣，後水尾心裡便越是不安，他剛出了狼窩又進虎穴，自知一切要如履薄冰才能獲得一線生機。與大人的謹慎相反，不滿三歲的興子卻與朱慈烺玩的特別投緣，天真無邪的童趣讓家宴的氣氛平添幾分歡愉。
望著日漸長大的朱慈烺，朱由校手縷鬍鬚，一個新的計劃逐漸浮出水面。此前他一直想如何控制日本天皇，其實方法就在眼前，德川秀忠可以讓自己的女兒嫁給後水尾，為什麼自己不可以讓兒子迎娶興子？為此他決定答應德川家光的請求，共同扶持興子成為下一任天皇，將來再讓她傳位給自己的孫子。如此一來這個孫子的身上會有兩朝皇族之血，再加上德川家族的影響力，統治日本名正言順。