織田信衡這些人雖然醜陋卑賤，但是打起仗來真是一點也不含糊，在明朝的支援下很快便聚集了兩萬家臣在高知縣公開對抗德川幕府。此時德川秀忠剛剛平息了高山右近、內藤如安的叛亂，海軍又遭到歐洲聯軍的重創，氣的差點一命嗚呼，軍政要務只能交由德川家光負責。
對於德川幕府的權力更替，一直對將軍位置野心勃勃的德川忠長非常不滿。此前由於德川家光是其祖父德川家康欽點的繼位人，德川忠長不敢有所不軌的行為。可是如今德川秀忠臥床不起，他認為這是篡位的一個絕佳機會，很快他便前往南京進諫朱由校，希望明朝能夠支援他成為日本的三代將軍。
“尊敬的明朝皇帝，家兄竹千代擅諂媚之言，這才得到我祖父的偏愛，將他定為繼承人。可是他志大才疏，剛愎自用，還是左大臣時就對大明心存僭越之心，若讓他順利的掌管幕府，將來肯定會像豐臣秀吉那樣入侵朝鮮。”
朱由校聽完心想你說德川家光不好，難不成你就是什麼好東西了？何況我手裡已經握有織田信衡這張牌，沒有足夠的好處是不可能改變策略的。
德川忠長見明朝皇帝不為所動，突然跪地說道：
“陛下，如果你能支援我成為第三代將軍，我會向你俯首稱臣，並割讓長崎作為兩國通商的場地。除此之外我還保證不會再有海盜襲擾大明沿海，每年進貢五十萬兩白銀。”
對於這個條件朱由校還是可以接受的，不過擺在德川忠長面前的問題是他一沒兵，二沒錢，回國以後根本成不了什麼氣候。為此朱由校暗自權衡了一下，這才開口說道：
“朕聽日本商人說起過你的事，他們都認為你比你家兄優秀，更適合做新任的將軍。今日一見果不其然，你比朕想象的還要出類拔萃，日本能有你主持大局是再好不過了。可你父親既然已經讓位給了德川家光，如今他手裡握有軍政大權，即便朕支援你，你又如何和他相爭？”
德川忠長見明朝皇帝對自己有所期待，趁熱打鐵的說道：
“臣聽聞陛下曾宴請過織田信衡，想必清楚他是個扶不起的阿斗，目前織田軍隊雖然佔據了四國島，但很快就會被家兄剿滅。屆時江戶幕府會乘勝追擊，消滅九州島的叛軍，驅趕所有外國商人，全面推行禁商政策。”
德川忠長這個畜生雖然沒有直接回答朱由校的問題，但間接的指出了德川家光執政後對明朝的排斥態度，這對於明朝想實施落日行動不是一個好的訊號。為此朱由校決定支援德川忠長成為江戶幕府的關白，讓他率領朝鮮軍隊進入本州島正面牽制德川家光的力量，然後命令織田信衡繼續在四國島清楚幕府的殘餘勢力，穩定島內的統治。
當然朱由校知道這種局面不會持續太久，德川忠長和織田信衡一旦羽翼豐滿就會和明朝撕破臉，所以他一面派出使者調停日本的內戰，一面積極調撥軍隊和輜重，尋找時機介入這場戰爭。
此時德川家光獨攬大權，對於內部的叛亂非常懊惱，他雖然知道叛軍的背後都有明朝的影子，但他自知現在還不能公然對抗明朝。為了儘快消滅這些叛軍，他決定向明朝遞交國書，表示願意以大明為宗主國，定期到京師朝貢，同時要求明朝出兵牽制瀨戶內海的英格蘭艦隊。
對於德川家光的盛情邀請，朱由校當然不會放過這個千載難逢的機會，他不但派出海軍精銳進入江戶外海，還動員二十萬大軍分三路佔領九州島。
第一路由洪承疇、沈有容、鄭芝龍指揮，率領商人武裝、朝鮮軍隊共三萬人從鹿兒島登陸，然後由南向北推進。
第二路由袁可立、熊文燦、顏思齊指揮，率領明、臺、呂宋將士六萬人佔領福岡，修築工事防止本州島的幕府軍反撲。
第三路由南居益、蔣德璟、甘輝指揮，率明朝水師精銳十一萬人直撲長崎，在李國助、楊天生等人的配合下穩定長崎城內的局勢，然後兵分兩路向鹿兒島和福岡推進，在其他兩路軍隊的配合下夾擊島內的反抗力量。
熊廷弼、商周祚、毛文龍負責遠征軍的後勤補給，確保從明朝境內和朝鮮運送的兵源、輜重能夠順利的進入九州島。同時封鎖臺灣海峽，禁止外國船隻出入，所有的海外貿易暫時在泉州和廣州進行。
大軍出征，浩浩蕩蕩，錦旗無數，遮天蔽日。朱由校檢閱完三軍後天色早已遲暮，當夜決定在沙灘上來一場別具一格的篝火盛宴，藉此向主要將領攤牌。
當晚繁星點點，海風吹打著軍旗響聲瑟瑟，身後的海浪奮不顧身的拍碎在礁石上。朱由校與眾將士合唱了幾首軍歌后，這才起身舉杯說道：
“此番三路大軍共計二十萬人，加上預備隊和後勤人員，總兵力超過一百萬人。朝廷如此興師動眾目的只有一個，那就是消滅倭寇，將日本納入明朝版圖，徹底解決大洋爭霸的後顧之憂。
兵法雲‘將在外君命有所不受’，朕不會干預前線的作戰指揮，你們盡情的放開了來打，打贏了朕給你們封侯授爵，打輸了朕替你們撫卹家人。總之，這場遠征只有一方可以活下來，那就是我們，正義必勝！”
說完，朱由校拔出寶劍劈向天空，劍鋒劃破夜幕，欲帶給世人光明。此時眾人早已沸騰起來，這些年朱由校帶領他們追南逐北，建功無數，在將士們的心裡他就是不敗神話。此番征服日本，他不僅採用了分化的策略來減少敵人的阻力，而且出動百萬大軍確保萬無一失，甚至放權給前線的將領自主尋覓戰機，這就等於給百萬猛虎解開繩索，兵鋒之銳可想而知。
很快四周的人紛紛跪地叩首，山呼萬歲，待喧囂過後，朱由校抬手示意大家安靜，然後繼續說道：
“為了避免束縛將軍們的手腳，朕不會過多的干預你們的作戰計劃，但是你們要清楚落日行動分為三個階段。
第一步是佔據長崎、福岡、鹿兒島，以這三地為中心，互相配合，迅速平息九州島內的抵抗，然後扶持當地幾個親華的藩主組建偽軍，藉助他們的力量在島內建立牢固的統治秩序。
第二步是幫助織田信衡他們登陸本州島，與德川忠長兩線夾擊幕府軍隊，待三方力戰而竭時趁機突襲江戶，一舉俘獲幕府和皇室的主要成員。
第三步是支援後水尾天皇主政，採取‘挾天子以令諸侯’的策略逐個消滅德川和織田家族的勢力，最終將日本納入大明的疆域。”
翌日拂曉，萬艦齊發，聲勢之壯，曠古爍今。這是繼鄭和之後世界上規模最為龐大的一支艦隊，幸運的是它的主人是中華民族。朱由校目視著南居益他們的旗艦慢慢消失在海平線上，這才起身返回南京，那裡雖然沒有炮火紛飛，但卻是暗流湧動。
隨著戰爭的進行，朝廷每天需要輸送的輜重彈藥等就達數百船，充盈的國庫很快就將被搬運一空，甚至連內務府也要勒緊褲腰帶。為了保證遠征軍不受後勤的牽制，朱由校祭出魏忠賢這張王牌，勒令他前往浙江、福建、安徽等地加徵三餉。同時命韓熀、楊漣等人在內地設定關卡，向過往的商旅徵稅。
朱由校在後方忙著籌集糧餉，前往的將士們也在浴血奮戰。初期的戰役並不順利，尤其是堅守長崎的松倉重政父子，面對裝備精良的明軍還是負隅頑抗，外城失守後依據內城的制高點又堅持了一個多月，準備與南居益他們玩命。
面對倭寇擺出拼命三郎的架勢，南居益這才想起小皇帝的幾句話，能用炮解決的不用槍，能用槍解決的不用劍，爭取在每一次戰役中都能集中優勢兵力和火力，儘可能多的殲滅敵人的有生力量。
於是他果斷的調集了數百門改良過的天啟大炮，配上朱夔元在四川時研製的燃燒彈（古代四川出產石油），幾輪齊射過後城內一片火海，到處都能聽到倭寇鬼哭狼嚎般的慘叫。黑油燃燒時還附帶濃烈的煙霧和有毒氣體，堪稱當時的化學武器，殺傷力不在炮彈之下。等到南居益命人打掃戰場時，裡面的屍體都已分辨不清，個個如那修羅地獄裡的惡鬼。