瀨戶內海山雨欲來，德川秀忠知道自己的海軍薄弱，一方面在江戶外圍鑿沉了大量的民船阻止四國聯軍登陸，另一方面透過李旦、李國助父子購買大量的呂宋大炮佈防。由於明朝採取了中立的態度，李國助在本州左右逢源，很快便尋找到了織田信長的嫡長孫織田信衡，然後將他接到釜山組建流亡幕府。楊天生、陳衷紀等人則暗中聯絡各地的織田家臣，並透過重金收買九州境內的藩主，要求他們在這場政變中兩不相幫。
為了確保自己的計劃能夠順利實施，朱由校命令釜山的熊廷弼和毛文龍進入一級戰備，隨時出海迎戰日本艦隊。鄭芝龍、甘輝等率領華遠貿易公司的武裝船隻駛入江戶，明著是要求德川秀忠確保華人的利益，其實是趁機切斷他與九州之間的聯絡。
面對鄭芝龍的咄咄逼人，德川秀忠敏銳的聞到了濃烈的火藥味，他雖然不相信明朝水師會主動進攻日本，但大戰在即他確實需要得到明朝的支援。此時歐洲聯軍已經佔領長崎，在洋人的協助下島原之亂愈演愈烈，四國島的切支丹大名高山右近、內藤如安公開表示支援織田信衡為關白，要求自己退位。
面對內憂外患的窘境，德川秀忠決定攘外必先安內，他一面討好鄭芝龍等明朝使者，表示願意交出那些參與呂宋屠殺的罪犯，在長崎劃設永久租界供明朝使用，並向天啟皇帝俯首稱臣；另一方面他積極調兵遣將討伐四國的高山右近、內藤如安，想在最短的時間內穩定國內的局勢，然後集中精力對付九州的四國海軍和天草四郎。
德川秀忠打了一手的好算盤，精明的歐洲人卻不想錯失這個良機，很快便從長崎出發，一路高歌猛進的逼到江戶外海。交戰初期，由於歐洲的蓋倫帆船和海炮擁有絕對的優勢，德川幕府的海軍很快便潰不成軍，不過他們仰仗著陸地上的支援，恢復能力要高於歐洲聯軍，猶如一隻打不死的小強，很快雙方就陷入相持階段。
看到雙方都出現了一定的疲態，一直和明朝一樣保持中立的英格蘭人終於露出猙獰的面目。三浦安針的兒子約瑟夫要求德川秀忠簽訂條約，承認英格蘭的貿易壟斷地位，作為回報他將說服盤踞在長崎的大英水師加入日本一方。
這個條約雖然是德川幕府的無奈之舉，但也間接的傷害了明朝的利益，於是鄭芝龍、甘輝等人奉命阻攔英格蘭人北上勤王，要求他們按照利益均沾的原則承認明朝的地位。約瑟夫眼見到嘴的肥肉要與別人分享，顧不得兩國的外交盟約，一邊咒罵明朝是貪婪的強盜，一邊命令向鄭芝龍他們開火。鄭芝龍長期做著沒本的買賣，對付約瑟夫這種黃口小兒自然綽綽有餘，經過一場短暫的交戰後英格蘭水師慌忙逃回長崎躲避。甘輝順勢封鎖了江戶外海，繼續阻止德川幕府進入四國平亂。
德川秀忠本以為有了英格蘭這個強援會改變海上的戰局，沒想到明朝只派出民間武裝就將其打敗，還依依不饒的要求獲得與英格蘭同等的貿易壟斷地位，情急之下他只好召見李旦，答應同意華遠貿易公司的全部請求。當然驚慌失措的德川秀忠並不知道鄭芝龍和約瑟夫是在唱雙簧，其實明朝和英格蘭早就暗中商議過，他們的計劃是隔岸觀火，坐收漁利。
有了明朝和英格蘭的幫助，西、荷、葡、法的聯軍瞬間陷入不利的局面，紛紛逃離戰場，回到長崎商議對策。失去了海上的屏障後，四國境內的高山右近、內藤如安如喪家之犬，很快便被德川家光打的潰不成軍，最後在甘輝的幫助下逃往南京。
德川家光的勝利極大的鼓舞了幕府軍的鬥志，也緩解了德川秀忠兩線作戰的壓力，很快他們便合兵一處，從佐世保登陸九州，直逼盤踞在長崎的四國聯軍。面對陸地上的攻勢，歐洲聯軍出現了嚴重的分歧，彈盡糧絕的法蘭西人率先離開長崎，其餘三國見狀也作鳥獸散，計劃從臺灣海峽退到東南亞。
這些人雖然沒有在日本撈到好處，但幸運的是還活著，以他們的武裝力量完全可以從菲律賓、越南、爪哇、馬來亞站穩腳跟，這無異於放虎歸山，將來會是明朝的一個大麻煩。
經過與軍機處的商議，朱由校密令臺灣的顏思齊和熊文燦、蔣德璟懸掛日本村山艦隊的旗幟，偽裝成盤踞在南洋的倭寇後對四國聯軍逐個圍殲。此時明軍以逸待勞，裝備精良，反觀歐洲人卻是士氣萎靡，彈盡糧絕，一場幾乎沒有任何懸念的屠殺在臺灣海峽內上演，最終將這群包藏禍心的白種人全部趕進水晶宮找龍王們報道。
隨著四國聯軍的覆滅，在明朝周邊的西洋列強只剩下英格蘭，為了震懾約瑟夫，南居益特意帶他到寧波參觀東海艦隊，透過威逼利誘迫使他們同意協助明朝全力征服日本。此時德川幕府剛剛經歷了一場內憂外患的戰亂，已經無力再對抗明朝的大舉進攻，於是派遣德川忠長乞和。
等到德川忠長到達京師後，他發現明朝皇帝早已前往南京督戰，甚至把內閣、軍機處、六部等中樞衙門一同帶去，成立了臨時的前敵指揮部，親自負責這場蓄謀已久的落日行動。
討伐倭寇本就無需動員，沿海百姓父送子、妻送夫，紛紛捐錢捐物，踴躍參軍。加上是天啟皇帝親自督戰，明朝國內更是同仇敵愾，士氣高昂。不過鑑於忽必烈的教訓，朱由校除了聯合英格蘭人外，還公開承認織田信衡是日本唯一合法的關白，不斷揭發豐臣秀吉和德川家康的竊國行徑，藉此削弱江戶幕府的動員能力，瓦解倭寇的抵抗意志。
這豐臣秀吉原本是尾張國的一名足輕，因得到織田信長的賞識從而追隨他的左右，很快便走入權力的核心位置。誰料他不思感恩，反而在本能寺發動政變後殺死織田信長，然後擁立尚在襁褓中的織田信忠為新的家督。從此他獨攬大權，趁機排除異己，最終取代織田家族成為日本的關白。
在他執掌政權期間，一直把武力征服放在第一位，對內不斷剪除織田家族的羽翼，對外發動侵略朝鮮的戰爭，國內百姓苦不堪言。此外豐臣秀吉表面上貪婪女色，暗中卻有龍陽之好，後宮幾十名侍妾都未能替他生下一男半女。這種人渣本就是個衣冠禽獸，做事又荒誕不經，很快便被德川家康竊取大位。
這個德川家康也不是什麼好鳥，他原為松平家族的後裔，為了榮華富貴不惜背棄祖宗改姓德川。早年間他在戰場上失利後被迫拋妻棄子，後來為了討好織田家族又將前來投奔他的原配和嫡子殺死。等他的地位穩固後，將士們在前線流血賣命，他卻在後面給人家帶綠帽子，家臣神尾忠重戰死後，他強迫阿茶局成為側室。
另一位側室茶阿局，原是打鐵匠人的妻子，出身貧寒卻有一副嬌美的容貌。德川家康貪婪她的美色，命當地官員捏造罪名處死那個鐵匠，並設計偶遇抱著幼女四處申冤的茶阿局，此後尋機將她佔為己有。
這就是日本關白的醜惡嘴臉，經過李旦等人杜撰後很快便在九州島內流傳，他們的人設順時坍塌。其實本能寺之變後，並未找到織田信長的屍首，那些家臣本就心存疑慮。如今織田信衡對外宣稱他祖父是逃往明朝避難，加上高山右近、內藤如安等家臣的指證，這個謊言就如同一計重拳，沉重的動搖了德川幕府的合法地位。
面對朝野上下的輿論壓力，德川秀忠和德川家光的回應簡單粗暴，對內調動軍隊大肆捕殺那些以訛傳訛的倭人，對外則中斷與明朝和英格蘭的貿易活動，全面進入閉關鎖國的狀態。這招壯士割腕雖然暫時穩定了德川家族的統治，但是卻嚴重的損害了商人和大名、藩主的利益，他們紛紛要求前往明朝祭奠織田信長的陵墓，迎接他的嫡長孫回到江戶接任關白一職。
此時織田信衡已被朱由校安排到南京的一處王府暫居，每日美酒和歌妓陪伴，面對前來投奔的家臣盛氣凌人，甚至要求南居益等人對他行禮，彷彿他已經成為關白，與明朝皇帝平起平坐。他的醜陋嘴臉並沒有讓朱由校感到驚訝，這就是典型的日本人，有求於你的時候會像狗一樣搖尾乞憐，他日成事必定會對你恩將仇報。