永寧土司叛亂的訊息很快傳到京師，朝野再次震動。當然這一切都在左戰的意料之中，唯一的疏漏就是沒有制止朱夔元分兵把守，導致奢崇明差點成了氣候，帶來了不必要的傷亡和損失。為了彌補自己的過失，他連夜召開軍機會議，與孫承宗、熊廷弼、黃克纘、南居益等人商討對策。
黃克纘身為工部尚書，又與王恭廠的徐光啟、畢懋康一同研製了眾多新式火器，自知土司叛亂成不了氣候，胸有成竹的勸說道：
“改土歸流是一項功在千秋的大計，天下無人不佩服聖上的雄圖大志。永寧土司雖然以此為由起兵反抗，老臣認為這只不過是個引子，他們多半是早有預謀。不過永寧和水西有姻親關係，算得上唇齒相依，聖上應提醒朱總督早作提防，以免他們合兵一處。”
話音剛落，範景文也附和道：
“臣聽聞奢崇明父子率七萬賊兵圍攻成都時，蜀王散盡家產組織鄉勇，效仿聖上披堅執銳登臨城牆指揮作戰，成都百姓無不追隨，說明叛亂不得人心。”
左戰心知大家是在好言安慰，誤以為自己會引咎自責，笑著說道：
“當朕決定推行改土歸流的時候，就料定西南土地藉機生亂。如今永寧的奢崇明率先反叛，貴州水西的安邦彥也會遙相呼應，這是板上釘釘的事。朕已提前命戚興國率兩千虎賁前往四川，協助朱夔元他們平叛，不出三個月必將斬下奢崇明和安邦彥的人頭，震懾其他土司。”
孫承宗和熊廷弼早就領教過小皇帝的本事，見怪不怪的說道：
“聖上胸有成竹，老臣佩服萬分。改土歸流以後，不僅消除了西南土司的隱患，還能增強了朝廷的實力，屆時朝廷可以專心對付北方和東南的壓力。”
左戰不置可否的笑了笑，算是對他二人的肯定。戰爭永遠只是手段，他要考慮的是戰後如何選派各級官吏，安定當地百姓，恢復生產，不僅要成為朝廷的納稅重地，還要成為中華民族不可分割的一部分。
重慶城外，朱夔元居高臨下安營紮寨，正與眾將領商討攻城的方案，傳令兵報告說：
“稟告總督大將軍，錦衣衛千戶戚興國求見。”
朱夔元雖然歷任戶部、兵部尚書，如今又做了四省總督，可謂權傾一時，但比起戚興國他老子來，也只能算個軍事小學生。聽聞後親自到帳外迎接，一邊寒暄一邊引薦各位將領，待施禮過後，戚興國開門見山的說道：
“卑職此番前來有重要軍情向總督大人和各位將軍彙報，據重慶城內的內線密報，叛軍缺糧嚴重，軍心不穩。今夜守將樊龍會親自到城外接應糧草，大人可趁機設伏擒獲此人。”
說完後戚興國抱拳施禮，如同一陣風遁去。
朱夔元望著他的背影，心中感慨真是將門出將子啊，戚少保在天之靈也可瞑目了。若是能迅速的奪回重慶，那麼賊兵將失去屏障，大軍可長驅直入，平叛指日可待，如此一來自己就能功過相抵了。
當晚朱夔元命令羅乾象和他們的部署喬裝成運糧的部隊，自己則埋伏在城外等待樊龍等人上鉤。由於缺糧數日士兵叫苦不迭，永寧兵見到糧船後如同見到蜜餞紛紛撲上前來，並沒有發現異樣。羅乾象等樊龍走進後手起刀落，提著他的人頭喊道：
“叛軍主將已被斬首，爾等速速投降，官軍優待俘虜！”
這些土司兵本是為了混口飯吃才跟著奢崇明父子，平日裡沒少受他們的欺凌盤剝，聽到官軍喊優待俘虜，紛紛扔下武器舉手投降。在他們的指引下，朱夔元趁勢攻進重慶城內，生擒樊龍黨羽數十人。經過嚴刑拷打，威逼利誘，得知奢崇明早已退回永寧，其子奢寅在遵義駐防，與貴州的安邦彥遙相呼應，準備負隅頑抗。
此時羅乾象已經被任命為遊擊，身穿嶄新的軍服出入陣中，永寧降兵見狀更加確信朝廷的政策，紛紛請命到前線勸說手足鄉親歸降，甚至有知情人還將遵義和永寧一帶的佈防圖獻給朱夔元。
這裡簡單說下明朝的軍事指揮機構和軍銜制度，為了方便大家理解，就拿新中國做比較。皇帝本人是******，御馬監是中央軍委，兵部對應著國防部，五軍都督府分別對應各大戰區。比如左軍都督府統轄浙江都指揮使司、山東都指揮使司、遼東都指揮使司，而中軍都督府無具體的轄區，實際為左、右、前、後四軍都督府的統轄機構，與兵部分別持有金牌，如需調兵先到御馬監換成走馬兵符，在派人去往各地集結軍隊。
軍銜方面，小旗是班長，總旗是排長，再往上依次有千總、守備、指揮僉事、指揮使、遊擊（副軍級）、參將、副將、總兵、提督、總督、都督。崇禎末年因李自成等人跨省作亂，又設定了督師，可以跨戰區指揮圍剿行動。
言歸正傳，朱夔元得到這些佈防圖簡直如虎添翼，即刻命羅乾象為先鋒，秦良玉、馬祥麟為後軍，親率大軍直逼永寧。按照小皇帝的指示，朱夔元命士兵秋毫無犯，深得當地百姓的擁護，紛紛加入到平亂的隊伍中。
如此一來官軍勢如破竹，高歌猛進，很快便到達永寧外圍的土地坎，在那裡與奢寅相遇。由於官軍裝備精良士氣高漲，很多賊兵在家人的勸說下臨陣倒戈，很快奢寅便敗下陣來，受傷後扔下部將一個人逃走。
主將如此士兵更無心戀戰，本著首惡必辦的原則朱夔元下達屠殺令，不接受奢寅親兵的投降，連同永寧城內的守軍幾乎消滅殆盡，剩餘俘虜連他們的同家眷立即遷往重慶和成都。