後世地圖中所標註的“北山女真部”，也就是後世生活在俄羅斯聯邦遠東地區的“楚科奇人”。其活動範圍非常大，向北一直延伸到北冰洋，與後世生活在北極地區的“愛斯基摩人”或“因紐特人”屬於同一部落群體。
根據歷史記載，這“北山女真”曾經有某一支嚮明朝進貢過“方物”（地方特產），故可以劃為明朝版圖，
但由於“北山女真”分佈過廣，無法詳細畫出，而劃到北冰洋又很不合適。所以，後世“學者”們在判定明朝疆域圖時，只能基本靠猜，故才有個極為少見的情況，即東北方沒有上界，因為理論上已囊括了北極。
“奴兒干都司”的治所位於黑龍江下游東岸，靠近入海口的“奴兒干城”，即元朝“徵東元帥府”的舊地，在後世俄羅斯聯邦遠東地區的尼古拉耶夫斯克特林。
設立了“奴兒干都司”後，朱棣派遣心腹太監亦失哈前去黑龍江地區進一步探險。亦失哈乃“海西女真”人，在西元14世紀末期被明軍俘虜後，因不服統治就被當場閹割，並送入“燕京”（北京）當了一名宦官。
在明朝永樂九年(西元1411年至宣德八年(西元1433年的20餘年中，亦失哈屢受朝命出使“奴兒干”(黑龍江下游地區，並擴張了明朝的勢力範圍。他還在“奴兒干”建了一座名叫“永寧寺”的佛教寺院，以供奉觀世音菩薩，並用漢文、蒙古文和女真文豎立石碑以記其事，此碑現位於海參崴的阿爾謝尼耶夫博物館內。
這是唯一一塊在女真人建立的“金朝”滅亡之後，刻有女真文的石碑。宣德七年(西元1432年，亦失哈再度巡視此處發現廟已毀，便下令重修“永寧寺”，同時還另立了一塊石碑——《重建永寧寺記》。
此“宣德碑”全為漢文，但在後世的西元1904年，兩座石碑被沙皇俄國當局搬移進了符拉迪沃斯託克(海參崴的兩座博物館中。後來，到了清朝中後期，外東北被割讓給俄國，1885年被曹廷傑曾冒險拓回碑文。
“奴兒干都司”建立後，明朝在此駐軍，且士兵們每兩年一換。“奴兒干都司”駐軍多時能達3000人，最少也不少於500人，輪番戍守。為了更好的管理它，明朝還在吉林省吉林市附近設立了船廠，派官領軍制造大船，並在“奴兒干都司”轄區內修建了許多驛路，設定驛站，以保證“奴兒干都司”與京師及各地的聯絡。
“奴兒干都司”隸屬於明朝的“兵部”，因為其實際上可以看成是“遼東都司”的“派出機構”，如“派出所”。
其鼎盛時期為萬曆年間，共有384個衛，24個所、7個地面、7個站、1個寨，通常簡稱384衛，統領西起斡難河，東至庫頁島，北達外興安嶺，南瀕日本海，包括黑龍江流域和烏蘇里江以東，至庫頁島等地。
但是，“奴兒干都司”實際並不存在管理所屬衛所的職能，因為東北地區包括外興安嶺以北所設定的眾多“衛所” 都直接聽命於明朝中央朝廷 ， 直接和朝廷“兵部”對接,，並不經過“奴兒干都司”這一個中間環節。
“奴兒干都司”的真正作用是招撫當地部落，這其實是明朝招撫東北眾多部落的“總基地”。但如果招撫任務一旦停止，後果就會很嚴重。例如宣德四年(西元1429年十二月，明朝“召內官亦失哈等還。”到了宣德五年(西元1430年十一月， “罷松花江造船之役。”到宣德十年(西元1435正月，“奴兒干”巡視工作徹底停止。
明成祖朱棣時期，明朝國力損耗過度，所以隨後的“洪熙”(僅在位一年和“宣德”(在位十年兩位皇帝都採取“修養生息”的國策以恢復國力，對外採取收縮戰略，包括停止“下西洋”，對蒙古採取守勢，放棄交趾，放棄東北探險等。既然職能沒有了，那“奴兒干都司”的組織結構就會不復存在，其招撫職能隨即消失了。
從明朝中期開始，“奴兒干都司”基本上就已經名存實亡，以致於有人認為“奴兒干都司被廢除”也是指這個事情。其實，這並不準確，因為“奴兒干都司”的“名”還在，只不過朝廷財政日益緊張，已經照顧不過來。
宣德之後，“奴兒干都司”的官員還時見史書記載，也就是明朝名義上還是保留了這個機構，但也只剩名義上而已，因為明代“軍職世襲制度”和“奴兒干都司”三個主要負責人的“韃官”身份，所以不太好廢除的。
“奴兒干都司”的很多衛所都是沿著烏蘇里江、黑龍江所設立的，因為當時河流就是主要的交通路線。
不過，自“成化”中葉以後，不再見有“奴兒干都司”機構的活動，說明朝廷已經不打算繼續供養“閒人”了。此後，“奴兒干”地區有關事務，均由“遼東都司”直接過問、管理。
而且，此時的“奴兒干”有了類似漢唐“西域”的地理概念，比如上文剛提到的，萬曆《大明會典》記述，“奴兒干都司，衛三百八十四，所二十四，站七， 地面七，寨一。”這並不是說有個叫“奴兒干都司”的地方機構管理這裡，而是明朝把這一片仍沿襲叫“奴兒干都司”，只是明代在東北羈縻體系的概念代稱而已了。
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