同樣的流程，所有玩到《合金裝備：幻痛》最後一關的玩家們，看著跟那第一關一樣流程的關卡時臉上都是充滿了驚疑。
這是出BUG了？還是怎麼了？
但暫時放下心中的疑問，重新再次跟繃帶男逃離了一次醫院，他們被接下來的劇情震驚了。
那是翻車之後的畫面，山貓左輪提前來到了現場將繃帶男從這裡面救了出來。
“騎上那臺機車，已經調校好了，隨時可以出發。”數小時後的一條公路上，山貓尊輪開口說道。
而在他的旁邊是——BIG BOSS，真正的BIG BOSS。
簡單的談論，一切都明瞭了，狸貓換太子。
鑽石犬基地中的，一直不是真正的BIG BOSS而是他的幻影。
而在鑽石犬基地中的幻影，也已經意識到自己的真實身份了Venom Snake在房間裡面發現了一盤磁帶。
在磁帶上面寫著一句話‘欺騙了世界的男人’，這就是當初的宣傳影片的CG動畫。
將磁帶放入播放機，真正的BIG BOSS的自白出現。
‘多虧了你，我才能逃過一死。’
‘同時，也多虧了你，我才能留下我的痕跡，而你也……寫下了自己的傳說。’
‘你活出了自己的故事，我是BIG BOSS，而你……也是BIG BOSS……’
‘不！’
‘我們兩個合起來，才是完整的BIG BOSS，如今所擁有的一切，是我們創造出來的，這則故事……這個傳說，是屬於我們的。’
‘我們有能力改變這個世界……並藉此改變未來。’
‘我就是你，而你就是我。’
‘不管身在何處，都請你銘記於心，謝謝你……朋友，接下來……’
‘你，就是BIG BOSS！’
將磁帶放入播放機，進行資料的銷燬，Venom Snake不應該同樣是BIG BOSS站在了鏡子的面前，一拳將鏡子擊碎，轉身朝著一團黑暗的迷霧中走去。
隨後出現了遊戲的結尾，伴隨著開發成員的名單，遊戲結尾處米勒與山貓也進行了簡短的對話。
曾經的朋友與夥伴，即將成為對立面。
坐在電腦面前的尹正還沒有完全從遊戲的劇情裡面走出來。
這一盤棋下的太大了，太令人震撼了。
尹正敢保證，如果後續的《合金裝備》系列能夠如同這一部一樣的出色，這將會成為一個傳奇的IP，不亞於《上古卷軸：天際》《生化危機》的系列。
直到遊戲結束，尹正整個人還有著無數的疑惑，跟想要直到的。
比如THE BOSS到底是個什麼樣的人，隱藏在幕後的BIG BOSS到底是怎樣的人，靜靜真的死了麼？
逃離的伊萊跟那個幽靈一樣的小男孩，還有第三隻英語聲帶蟲到底發生什麼了。
還有後續的米勒跟山貓左輪的衝突故事，zero上校到底是什麼。
他有太多的疑惑了。
整個《合金裝備：幻痛》的故事流程，如果不考慮全成就，各種支線任務都給完成，以及收集養成基地的話，實際上全部通關用不了多長的時間，大約只需要30~50個小時左右。