原作中，魯魯修從失憶到恢復中間間隔一年，如果是兩季播放自然沒問題，但是連在一起，中間就需要過渡，而這部分王明選擇了《亡國的阿基德》。
《亡國的阿基德》作為一部典型的商業片，結局是不及格，最大的原因就是炒冷飯的功力不夠。沒抓住《叛逆的魯魯修》粉絲是失敗的原因一，塑造新人物不突出是原因二，故事不深刻是原因三。
為避免這部分錯誤，將故事融進《叛逆的魯魯修》中，他對原本故事做了修改。
朱雀將魯魯修逮捕交給查爾斯後，獲得了圓桌騎士席位，然後向查爾斯提出建議，被查爾斯採納留魯魯修一命。查爾斯為了考驗魯魯修，將失憶且被洗腦的魯魯修派到西方平叛，即與EU聯盟作戰。
朱雀也因是布里塔尼亞最年輕的圓桌騎士，而被派遣到西歐戰場與EU聯盟交火。
雖然失去記憶，但魯魯修對朱雀卻有種超乎尋常的熟悉感，甚至有種心靈相通的感覺，這令他感到困惑，就像是缺失了什麼似得。
在與EU交手期間，他見到了布里塔尼亞軍隊內部的爭權奪利，見識到EU聯盟之間脆弱的信任以及腐朽的制度，這些使魯魯修在心理戰方面愈發成熟。
魯魯修善謀，朱雀善武，兩人的配合如同雙劍合璧，在戰場上無往不利，可兩人的心卻並未有絲毫靠近，這讓所有期待兩人“親密無間”的女粉們感到失望。
一次次似曾相識的戰役，再加朱雀帶來的不和諧感覺，魯魯修開始思考自己的記憶是否缺失了一部分。
準備接受秘密治療的魯魯修，卻意外迎來皇帝查爾斯的私人部隊，這些人將魯魯修關了起來帶回布里塔尼亞總部。原來是自己最信任的部下朱雀，是他一直將魯魯修的動作告訴給查爾斯。
帶回總部的魯魯修再次接受查爾斯的洗腦，被修改了記憶。
這回為了不讓魯魯修起疑，查爾斯將魯魯修扔到阿什弗德學校，並在整個學校佈下監視網，監督魯魯修的一舉一動。
曾經震驚世界的zero、轟動歐洲的黑色幽靈就這樣被當成了活在籠子裡的小白鼠，活在虛假的記憶中，生活在這虛假的學校。
另一邊，.意外發現了魯魯修的身影。
不管這當中是否有詐，.都要救出魯魯修。
.夥同卡蓮策劃了營救魯魯修的計劃，將魯魯修從嚴密監控下帶走。.幫助下，恢復記憶的魯魯修知道了自己失憶這一年裡發生了什麼，並說出了大河內筆下主角貫徹的經典語句——“錯的不是我，是世界”
恢復記憶後，魯魯修為了修正這個錯誤的世界，假裝失憶再次回到阿什弗德學校。一邊遙控黑色騎士團發展，一邊安撫“弟弟”羅洛，並與布里塔尼亞官方派來的人展開一系列鬥智鬥勇的謀劃。
魯魯修終於學會隱匿鋒芒，他終於徹底成熟。
龍潛於淵，為的是未來翱翔九天。