隨著王二牛帶領的後續人馬的到來，神農河畔一下子熱鬧起來。
楊日天手下聚齊了一個戰兵隊，四個民兵隊，一共一百一十九名戰鬥人員。楊六帶著三個隊駐紮在下游營寨，尕李廣帶著兩個隊同總部一起駐在上游。
狼山堂的袍哥十八人，並不算士兵的編制，同樣駐在上游。
巴特爾他們最終趕來的二十六人，負擔了往來運輸和遊動警戒的任務。
最熱鬧的是王二牛帶來的一個生產隊男丁。二牛請示了孫一，直接把總部營寨南邊的一大片土地劃成了這個隊的住宅區。住宅區中心是預留的學校、場院、寺廟和戲臺，一條南北大街直通總部營寨和神農河，沿著東西向的幾條大街，整整齊齊的是每家兩畝宅基地。狼山的兩畝地，即使在後世的美國也算超大的院子，看得孫一直眼熱。
這隊的男丁，立刻“搬”進了自己的“家”。偌大的院子裡，搭一個個小窩棚，或者乾脆挖個地窩子，只要總部沒有差使，天一亮主人們就開始不知疲倦地收拾自己的“院子”，一直忙到晚上看不見為止。
孫一併不著急對土匪發動進攻，楊日天每天都在抓緊時間訓練人馬。參謀部一成立就發揮了作用，八九個老軍結合自己的實戰經驗，提出了一系列的改進小意見。楊日天對這些小意見高度重視，認為這正是老軍們歷經百戰仍能生還的秘訣，迅速地在全營推廣。
孫一做為一個老程式設計師，回到明朝之後第一次發揮了自己的專業特長，對全營的通訊指揮進行了大改革。
此時明朝的軍隊指揮離不開旗幟。從明軍的編制就可以看出，每十人叫做一個小旗，每五十人叫做一個總旗。作戰的時候普通士卒緊跟自己的小旗，小旗則跟隨總旗，旗進人進，旗退人退。如果不幸一旦被對手拔了旗，相應的人馬就立刻就成了沒頭蒼蠅。級別高一些的旗幟，比如帥旗和隊旗，可以釋出簡單的旗令，比如用旗幟指向來發布攻擊方向，用旗幟點頭來發布攻擊節奏。
旗幟之間，還可以有一種在孫一看來很原始的通訊：由帥旗發出認旗訊號，下屬旗則回答應旗訊號。用後世的術語就是一次互相確認的通訊握手訊號。
比明軍先進的是，鐵木營中每隊還裝備了柳木哨。這是上次夜戰馬三保留下來的傳統，柳木哨不同的音調高低可以區分不同隊伍，透過簡單明瞭的長短音可以釋出一些哨令。幾次在蘆葦蕩裡的訓練，讓軍士們感到在兩邊都是高草的蘆葦溝裡，柳木哨比旗幟還管用。
後世的軍隊，旗幟的指揮作用越來越小，以至於完全退化成榮譽的象徵。軍隊中起通訊和指揮作用的，有電臺、旗語、燈語、軍號、哨令和口令。
軍號構造簡單，發音嘹亮，傳遠性好，影視劇裡經常有衝鋒號、起床號和熄燈號，應該比較容易推廣應用。
孫一於是仔細研究了一支善於用銅號的部隊，吃驚地發現軍號竟然可以釋出107種號令：
勤務號13種：起床、出操、收操、吃飯、上課、下課、午休、午休起、遊戲、晚點名、熄燈、集合（集結）、緊急集合；
聯絡號11種：問隊名、知道、不知道、傳號音、傳不通、你在哪裡、在這裡、注意號令、向我靠攏、普通問、普通答；
行動號10種：立正、稍息、跑步、返回、休息、預備、上車、下車、開工、收工；
名目號28種：1、2、3、4、5、6、7、8、9、0，軍、師、團、營、連、排、班、營長、營副、教導員、副教、連長、連副、指導員、副指、排長、排副、號首長；
連隊兵種號16種：號長、號目、號兵、警衛連、機槍連、偵察連、特務連、民兵、騎兵、炮兵、坦克兵、工程兵、鐵道兵、空降兵、防化兵、機械化兵；
戰鬥命令號26種：前進、停止、衝鋒、散開、靠攏、追擊、退回陣地、發現敵人、與敵遭遇、反衝擊、敵人退卻、佔領陣地、進入坑道、左、右、防空、防原子、防化學、防細菌、解除、要彈藥、彈藥已去、要求增援、增援已去、要擔架、擔架已去；
各種號令還可以組合，比如用軍號完全可以吹出“二連前進、三連退回陣地”這樣的複雜命令。
用軍號釋出命令，不僅要培養號手，還要訓練所有士卒都能聽懂號令，這個工程有些大了，鐵木營不適用。
孫程式設計師秉承後世分層設計的理念，先對軍令進行簡化和編碼。