與《刀狩令》在歷史上多次一次出現不同的是，《海賊停止令》在日本史上第一次出現。
在日本史（特別是南北朝時代以後）中的海盜，大多是領地臨海的豪強。
他們如大名擁有領地，在海上擁有地盤（海上權、海上支配權），並且擁有相互的聯合組織等，在一定規模的組織中活動著。
因此，就像國人眾和一向眾（不是一向宗）那樣，從性質上來說他們與單純的海盜是需要區分開的，他們也被稱為“海賊眾”。
當然他們也會像一般意義上的海盜一樣，有時會襲擊沿岸地區和海上航行的商船，或者接受大名和商家的委託進行船舶的警衛（警固）也是主要活動之一。
特別是室町幕府在勘合貿易時，幕府被迫承認他們的合法性，賦予他們警固海面的任務。因此海盜們也被稱為“警固眾”。
與此相關，他們以護衛名義收取的金錢被稱為“警固費”，為了警固的委託和收費而設定在登陸港等地的設施被稱為“警固關”。
室町時代後期幕府的權威衰退，權力分散後，各地的海盜們也進行了政治上的自立，不再是服從某個大名，而是作為對等的關係，或者僱傭兵行動，作為與大名等獨立的組織活動。
因此，根據時勢隨機應變地改變支援大名的情況也經常發生。
而造成這樣的一個可能因素是，由於社會貨幣經濟、物流的改變等，貿易收入開始超過土地的糧食產出，而海賊眾們的警固費收入增加。
到了戰國時代後期，有力大名將海賊眾臣屬化作為水軍的情況也變多了，宇喜多家最初控制的岡山眾就是原本鹽飽水軍的下級海賊眾。
後來隨著宇喜多家的逐漸強大，勢力橫跨瀨戶內海兩岸，就連鹽飽水軍自身都不得不臣從秀家。
就連瀨戶內海西側的原本屬於毛利家配下的村上水軍，也因為秀家控制尹予被一分為二，領地在尹予的海賊眾成為了秀家的下屬。
秀吉下達的《海賊停止令》，要求全日本的水軍眾停止從事海賊行為跟終止徵收帆別錢、警固料的權利，也對走私交易進行杜絕，將日本的對外貿易統合於朱印船貿易，及授權給特定的大名對外進行貿易。
秀吉在《海賊停止令》中的措辭非常嚴厲，只給了海賊們一下三種選擇：
其一，對於特定的擁有極大勢力的海賊頭領，被要求成為豐臣政權體制的大名，如九鬼嘉隆；
其二，對於擁有一定勢力的，但是並不屬於號令一方的存在，並且距離豐臣家直領較遠的海賊被要求成為特定大名的家臣團，如村上及鹽飽水軍；
其三，要求海邊零散的海賊眾，這些多是臨海漁村的漁民兼職的活計，他們被要求放棄武裝，成為農民。
當然還有第四條，就是不選擇以上三條路的海賊，全部被要求就地處死。
這兩條政策看起來是穩定治安的政策，實際上是秀吉透過又有法律效力的紙面文書，正是確立了武士和平民之間的界限，為下一步進行全國性質的兵農分離打下基礎。
與這兩道軍事相關的政策同時頒佈的，還有針對切支丹的《伴天連追放令》、針對貿易的《樂市令》以及針對知行統計的《天下檢地令》。
“伴天連”是葡萄牙語“Padre”的日語漢字翻譯，意為神父或傳教士，“追放”則是放逐的意思。
由於當時傳入日本的基督教宗派只有天主教會，因此該法令實際上系針對來自西班牙、葡萄牙等天主教國家的商人及傳教士而來。
歷史上的《伴天連追放令》下達於天正15年（1587年）六月十八日，這一世的這條法令卻整整晚了一年有餘。
與之相應的是，與歷史上秀吉對於大名和武士相對寬容的態度不同的是，秀吉此次《伴天連追放令》比歷史上強硬了很多。
歷史上的《伴天連追放令》主要約定了一下幾點：
（1）普通民眾有權利選擇自己的信仰，政府不會進行干預；
（2）領地的治理者，不論是大名還是地侍都不能因為自己信仰切支丹而要求領民改信切支丹；