谷這一資訊讓秀家確認了紀伊眾的勢力依然在紀伊地區打轉，其核心武力依然沒有轉移到大和甚至伊勢，這對秀家的包圍網來說無疑是一個非常好的訊息。
但是越向深山探索，難度就越發困難，因為這裡是人跡罕至之地，根本沒有任何道路可言，下一步往哪裡走誰都不知道。
最重要的是，由於高山特有的氣候，太平洋吹來的水汽在這裡聚集，上千年來沒有被整理過的動物腐肉、支付爛葉在土地上肆意的腐爛變質，散發出對人有害的氣體，也就是人們常說的瘴氣。
這些進山計程車卒僅僅過了幾天就已經出現身體不適，上吐下瀉的症狀，疫病開始在士兵之中散播。
沒有辦法秀長只能命令兵士退出來，只駐守重要的城砦。將患病計程車卒單獨運送到小田城進行醫治，同時命令所有水源都必須煮沸後才能使用。
儘管採取了有效的計劃，但是疫病還是開始在北陸軍團中散播開來，一種無形的恐懼在士兵之中瀰漫。
士兵們都說“大岺山裡面是惡鬼的領地，只要踏入就會引來不幸。”
“那群紀伊的王八根本不可能在山中生活，進去之後早就死了，也不知道我們要駐守到什麼時候。”
人人都對進山畏懼如虎，山內要點又必須要派人駐守。沒有辦法羽柴秀長只能要求每個500人左右的備隊，每次進山駐守10天就可以撤出。
算上進山出山的日子，基本上是第三隻備隊進山的時候，第二隻備隊最遠的備隊差不多入駐最南端的十津川城。
為了彌補兵力的不足，秀長不得不從伊勢地區抽調5000伊勢眾前來，加入到輪流值守的隊伍中去。
但是也是有好訊息的，由於紀伊方向不斷的向內深入，駐守在天狗垰的守軍已經多次堵截到妄圖逃亡大和的潰兵，這座連線紀伊和大和山區最重要的關口成了守備的最前線。
在得到伊勢眾的補充之後，秀吉命令他們配合伊勢方向的部隊，沿著從十津川繼續向南探索，最終和紀伊、伊勢的部隊，在新宮城下會和。
於此同時，秀吉還開出了極高的賞格，每一名亂兵的首級都可以換5貫錢、肉一吊、魚兩條、酒一盅。而且並不限制來換取賞賜的人的。
換句話說就是鼓勵山裡的僧兵、惣村的百姓去殺那些亂兵，用他們的首級來換取必要的生活物資。
或者鼓勵亂兵裡自相殘殺，帶首級而降者，不僅既往不咎，而且還能獲得一樣的賞賜。
種種不信任感，開始在根來眾和畠山家之間流轉開來。
不僅是勢力與勢力之間害怕黑吃黑，就連自己家內部都充滿著不信任。
畠山家早在畠山昭高和畠喊高政死後就只剩下蝦米三兩隻，哪裡還有這麼多遠大的復國理想，無非就是看到有便宜就佔的想法，想要摻和到根來眾的事情中去。
現在根來眾勢衰，連帶著自己都要進山吃草根，讓這群武士大爺哪裡能答應呢。
三兩個武士一合計，直接殺了紀伊畠山家最後的族人，下山投降改換門庭去了。
畠山家的奔潰成了為紀伊亂兵的失敗吹響了喪歌。在經歷了6個月的圍城之後，太田城終於開城投降，紀伊領內最後的抵抗勢力只剩下了根來眾。
根來寺眾本就是高野山地區真言宗出身，以前高野山上以金剛寺為首的廟宇還念在同宗的情誼施以援手。
現在秀吉直接把路給堵了，任何人不得進出山門，把各寺廟的香火直接掐斷。
紀伊深山，即便在山中種田，又能有多少收成，僧侶們大部分的飲食來源都源自山下采買。現在秀吉就是一刀切的把他們的經濟來源，糧食來源掐斷了，逼著他們作出選擇。
果不其然，隨著時間的前進，開始有寺廟僧侶開始和根來眾產生衝突，甚至有金剛寺僧兵砍了根來眾頭顱下山換糧食的事情。
最終在羽柴秀長的擔保之下，以鈴木佐大夫切腹的條件，換來了鈴木家為首的根來眾的投降。
至此，持續了大半年的紀伊合戰，終於在天正十三年5月結束，因紀伊之戰拖延了大半年沒有轉封的筒井定次等大名，終於可以開始準備前往新領。
當然由於紀伊戰功，筒井定次得到了秀吉的表揚，其知行從三河岡崎18.8萬石，加封為三河岡崎城20萬石。
中川清秀從吉田12萬石，加封遠江浜名北部1萬石。至此中川清秀真正成為直面德川家康的第一線，其邊境線與德川家完全接壤。
作為總指揮的羽柴秀長得到了中納言官位的晉升，同時在秀吉的運作下得到天皇御賜的五七桐紋旗印，成為豐臣家除了豐臣秀吉以外的第二人。
秀家作為顧問，也得到了天皇下賜的五三桐紋旗印。
前文說過，五三桐紋旗分為得到天皇准許的轉賜和天皇直接賜予兩種。轉賜的旗幟是不能再被轉賜的，旗幟上的花紋也不能進行自己風格的變更。
而天皇轉賜分為賜予你一人和賜予你家族兩種，都可以進行自己風格的變更，區別在於一個可以轉賜，一個不可以。
秀吉在四國開戰之初讓石田三成帶來的，就是其被天皇賜予後，融入自己風格的五三桐紋旗。
而今日天皇下賜的是原版的五三桐紋旗幟，規格也是最高的，可以被轉賜的賜予整個備前羽柴家家族的五三桐紋旗幟。
儘管沒有獲得實質性的加封，但是秀家對於現在這個結果還是比較滿意的。
在五三桐紋還沒有被秀吉超發的現在，得到這樣一面旗幟代表著你已經成為天皇認可的，可以“興兵伐亂，討逆不臣”的頂級家族！