李治沒有想到嶺南的軍隊集結速度如此之快，他進入軍營休息還不到一盞茶的時間，部隊已經全副武裝集結完畢。
李治趕緊寫了一封詔書蓋上印信交給林恩德，讓他全權調動軍力平叛。
林恩德率軍直取安化門。嶺南軍的斥候分隊在一段僻靜的城牆邊攀援而上，用偷襲的方式解決了城樓上的守軍。破壞了懸門的機關使得懸門不能放下，又斬斷吊橋繩索放下吊橋。
城外的另一支斥候分隊用炸藥爆破炸燬了城門，引導大軍衝進安化門。
在安化門約有屬於薛萬徹部的軍兵約百餘人，他們的抵抗在大量的嶺南軍面前實在是微不足道，守軍除了少部分職守的部隊被嶺南軍連同薛萬徹部一同殲滅，剩下的還沒集結完畢就被包圍繳械。
佔領了安化門之後，林恩德立即親自帶人去了長孫無忌的府邸，另外派部將張碩攻佔了京兆府
由於昨晚章文怡設定的炸彈爆炸已經引起了文武百官的注意，負有北衙六軍指揮權的長孫無忌已經調動了城中兵馬集結，並加強了城中的巡防，並向長安城各門釋出命令加強防。
安化門守軍被薛萬徹的部將控制，因此他們並沒有依言用原守城軍加強城防。這也給嶺南軍以可乘之機，順勢佔領安化門。
由於林恩德手持聖旨，長孫無忌在接到聖旨後立即對長安城實行戒嚴，同時派出軍隊包圍太極宮，並派人去城外接李治回來。
薛萬徹等人至此還沒能夠完全控制太極宮，宮內還有大量屬於金吾衛的御林軍在沒有接到皇帝命令時與薛萬徹的部隊對峙。
這時李治及時拿走玉璽、印信的好處就顯露出來了。由於薛萬徹手上沒有玉璽，他用其他印章的假命令被拒絕執行。
由於太極宮內有皇太后、太后、各宮嬪妃，長孫無忌也投鼠忌器，只能暫時將太極宮包圍而不敢攻打。
薛萬徹等人忙了一個晚上，皇帝、皇后沒有抓住，還損失了幾個好手。正想趁天亮趕緊逃出長安城，但是沒想到外面已經被包圍了。
長孫無忌派人分別到太極宮外宣讀聖旨，有幾處沒有被薛萬徹拿下的宮門被開啟。長孫無忌只是派兵佔領了宮門而並未繼續向內攻打。
還有些薛萬徹的部下在宮門外宣讀聖旨後也放下武器繳械投降，獻出佔領的宮門。長孫無忌只是派兵接管宮門，將那些投降的軍兵帶到城外看押而已。
快到正午時分薛萬徹部下大部分放棄了抵抗，最後僅有數百人還聚集在薛萬徹等人周圍。一直以為只要振臂一呼就會萬眾響應的薛萬徹等人這時才發覺事與願違。
宮外的官兵遲遲沒有進攻，這樣的壓力對薛萬徹倒沒什麼，但是房遺愛、柴令武兩個二世祖卻已經崩潰了。他們帶著自己的家丁朝宮外衝去，卻被守在宮門的御林軍一陣亂箭射了回去。幸好這些御林軍沒有傷人的意思，箭頭都是拗斷的，羽箭設在身上只是一陣疼痛罷了。
薛萬徹看到這種情景很光棍的命令還聚集在周圍手下，將自己和房遺愛、柴令武三個人綁了，然後向宮門的御林軍繳械投降。
房遺愛、柴令武十分不解，對薛萬徹破口大罵，薛萬徹向他們解釋道：“吵什麼，長孫大人不打進來不是怕宮裡會死人，他是恨不得我們狗急跳牆在宮裡濫殺無辜。只要我們動手他就有藉口立即大開殺戒斬草除根，要是沒有他們的縱容我們能進得來？你們有沒有腦子！媽的，我們不能便宜了他們。”
房遺愛、柴令武這下都不說話了，鼓動他們兵變的人曾經說過，只要抓住李治就能把局勢反過來。可是他們沒有想到過兵變居然會這麼複雜，這和他們以為的只要帶兵進宮，李治便唾手可得的想象不一樣。
李治不僅跑了還拐帶了玉璽、印順順利利的跑了，他們在整個過程中幾乎都沒有抓住過李治的具體行蹤。
事情發展到這裡一切都脫離了預定的設想，長孫無忌並沒有像那個人說的那樣在第一時間裡出來宣佈支援他們立新皇帝，而且他還迅速的封鎖的皇宮切斷了皇宮和外界的聯絡。
薛萬徹不懂政治，但是他懂軍事會打仗。現在這種情況他已經想不出還有反敗為勝的可能了，昨天的大閱兵使得軍心在前一刻徹底動搖了。
現在還在的這些人都是跟著薛萬徹東征西殺捨命相陪的親衛，其他的軍兵絕大多數都已經投降了。
在外面的長孫無忌對林恩德說道：“將軍現在可以領兵入宮掃清殘餘，便是大功一件。”
林恩德笑了笑說道：“多謝長孫大人厚愛，林某臨行之前陛下再三交代只要將聖旨交給大人即可，嶺南軍不得進入宮，林某不敢有違聖命。”