在墨菲斯的指導下，尼奧開始了艱苦的訓練，學習如何操控這個虛擬世界，以及如何與母體中的特工戰鬥。
……
墨菲斯說，傳說當中在矩陣建立之初，曾經誕生過那麼一個人，他可以隨心所欲地進出矩陣，並且操控矩陣，改變矩陣。
正是這個人的存在，他才將人類的先民解放出來，也才有了墨菲斯他們。
這個人死亡之後，先知預言他會回來。
而這次，他會徹底摧毀矩陣，結束這場戰爭，然後拯救所有人類。
這個人就被稱為【救世主】
所以墨菲斯窮盡一生就是未來找到他。
這一次他之所以要救回尼奧，是因為他相信，他已經找到了這個人。
尼奧沒有說話，不過他已經明白了墨菲斯的意思，他說的是自己。
……
接下來墨菲斯和尼奧的訓練過程和打鬥真的是精彩極了，在極短的時間之內尼奧就已經學會了中國功夫。
這些打鬥過程都是多虧了有香江第一武指袁和平，所以整個畫面呈現出來的戰鬥感和打鬥場面都讓現場的觀眾們直呼好厲害。
墨菲斯在教尼奧如何解放自己的意識，只有解放意識你才能夠做到無法做到的事情。
不過呢，墨菲斯也讓尼奧在【虛擬場景】訓練當中意識到了一件很重要的事情——
雖然你的身體不在矩陣當中，可是如果你在矩陣裡面被殺死，那麼也會死亡。
“你的意識會讓受傷變成真的，而且沒了意識，沒有人能活下來。”
墨菲斯一邊訓練尼奧，一邊給他講解矩陣的知識：
在矩陣當中特工相當於計算機裡面的檢測軟體，他們會監控整個矩陣當中的人類活動，一旦發現異常就會消滅掉他們。
而特工們還有一個很重要的特點，那就是他們可以模擬在這個世界當中的任何一個人類，任何一個被矩陣控制的人類，下一秒鐘都有可能變成特工。
也就是說，特工們無處不在，這一點是非常需要小心的，一不注意下一秒的路人就有可能成為殺掉自己的可怕特工。
不過特工們雖然擁有著強大的力量，超凡的速度和反應能力，不過他們身處於矩陣當中也是會受到限制，只能達到一定的上限。
可是墨菲斯相信，如果尼奧就是傳說中的救世主，他可以透過改變意識來突破矩陣的限制，也就是說他完全可以變得位元工們更快更有力量，甚至可以擁有躲避子彈和攔截子彈的能力。
墨菲斯相信，尼奧是可以打敗特工們，從而進入到他們所看守的那扇大門當中，進而摧毀母體，將人類完全解放出來。
“你想表達什麼？”尼奧問他，“難道我還能躲避子彈嗎？”
“不，”墨菲斯笑了笑，“當時機成熟的時候，你甚至都不需要躲。”
……
在此之後，墨菲斯帶著尼奧去到虛擬世界當中拜訪了先知。
先知是一個看起來非常普通的中年婦女形象，而在先知的家中，兩個人展開了一段非常具有哲學意味的對話。
先知讓尼奧要【認識你自己】
【而且命運是掌握在自己的手上，不只是墨菲斯，還有尼奧你自己的命運】
觀眾們都聽得一愣一愣的。
可是，你根本就沒有那麼多的時間去思考他們對話的內容，也沒有辦法去細想這些對話背後的深意是什麼。
就在墨菲斯他們重新返回矩陣的時候，隊伍當中出現了叛徒，也就是電影當中一開始被特工們所提到的線人。
線人賽弗認為，與其在醜陋而痛苦的現實世界當中經歷痛苦，還要跟機器人軍隊派來的【烏賊們】進行對抗，提心吊膽地生活在地下不見陽光的日子，還不如被他們給帶回去浸泡在培養皿當中，然後在虛擬世界當中成為一個富有的商人享受生活。
哪怕這些東西都是虛擬的，牛排是虛擬的，財富是虛擬的，所有的榮華富貴都是虛擬的，不過大腦能夠感受到，對於他來說就是真實。
他也很享受這樣被虛擬出來的真實。
於是賽弗出賣了墨菲斯，導致他們在執行任務的時候被抓。
而且還拔掉了他們現實當中用來連線虛擬世界的後腦插頭。