……
尼奧的世界徹底顛覆。
原來人類身處在一個破敗的未來世界，人類被機器囚禁在充滿液體的培養皿中，作為能源供應。
墨菲斯向尼奧講述了他所瞭解到的關於矩陣的資訊：
原來在很久很久以前，人類早就已經發明瞭具有高度智慧的AI，然後機器人們覺醒以後就具有了自主意識。
之後人類跟AI之間發生了一次或者數次戰爭，中間的過程不得而知，但是隻有一點是可以肯定的——
那就是人類將整個天空給染黑了，厚重的烏雲遮擋住了太陽，導致地球上面缺乏足夠的太陽能。
因為他們相信，機器是能源幾乎都是來自於太陽，只要封鎖了太陽能，那麼機器人早晚也會有一天滅絕的。
可是，機器人發現了另外一個更加驚人的事情：
人類會源源不斷產生生物電，可以透過聚變效應將人類身上所產生的電能利用起來提供給機器人進行活動，也就是說，人類對於AI來說只不過是一些乾電池而已。
為了達到這個目的，AI就建造了矩陣，然後透過矩陣來摹擬人類的世界，並且將這個世界的時間點設定在所謂的1999年。
看起來人類生活在1999年，但實際上很有可能已經是2199年了。
AI透過在現實當中建造培養皿來飼養人類，把人類當做用來功能的單位放入到培養皿當中，並且在他們的身上接入了神經網路系統，然後再透過矩陣來模擬出1999年的虛擬世界。
讓這些在培養皿當中活著的可憐傢伙們認為自己是生活在1999年的【現實世界】當中。
可是，這一切都是被模擬出來的。
人類是被飼養的，這就是所謂的真相。
……
看到這裡，克里斯全身雞皮疙瘩都起來了。
原本他設想過無數的可能，卻沒有想到居然有如此爆炸式的反轉，遠遠超出了他的預期。
同時墨菲斯對尼奧所說的話，也讓克里斯感到害怕起來：
“什麼才是真實？
你所看到的聽到的聞到的，所有一切可以觸控到的東西，很有可能只是你的大腦透過生物電的刺激所做出的反饋而已。
這些反饋也僅僅是大腦模擬出來的【感受】而已。
換句話來說，只要我們依賴的是大腦來辨別世界的真相，那麼我們永遠也無法得到答案。”
而答案就是——
世界是被模擬出來的。
聽到這裡的時候克里斯只覺得頭皮發麻，與此同時他感到女友的手也順著伸了過來，似乎是有著同樣的感受。
他握緊了女友的手兩個人就像是飄蕩在大海當中的兩葉孤舟，毫無方向，迷茫又覺得恐懼只能互相依偎著取暖，好獲得一絲慰藉。
這樣的事情太可怕了。
因為如果所有的對於世界的認知都不過是大腦所做出來的處理的話，我又怎麼能知道這個世界到底是真的還是假的？
或許我僅僅是被大腦所欺騙了呢？
我是不是跟尼奧一樣，同樣生活在一個虛假的世界當中。
而墨菲斯現在所描述的真實世界又是否是真實呢？
難道不存在著被虛擬出來的可能性嗎？
一想到這些，克里斯整個人都快要崩潰了。
好在電影足夠精彩，將他的注意力重新吸了回去。
現在根本沒有多餘的時間和腦子來讓他思考一些終極的哲學命題，因為駭客帝國這部電影的節奏實在是太緊湊了。
墨菲斯剛給尼奧解釋了世界的真相，就帶領尼奧見到了一個由覺醒的人類組成的反抗組織。
他們隱藏在城市的暗處，透過駭客手段與矩陣又或者叫做母體抗爭。