此時明朝的戰略核心是落日行動、蒸汽革命和軍事改革，面對黎氏這個跳樑小醜，朱由校選擇了暫時的沉默，既不招撫，也不反擊。這種綏靖的態度讓黎氏更加肆無忌憚，利用商周祚、袁崇煥等將領變換駐地的機會，從陸上再次入侵奉化府和建昌府，兵鋒直指安州的雲南省府和沐王府。
南越中部的阮氏見明朝似乎並不關心滇南一帶，暗中收買葡萄牙人幫助他們建造戰船和火器並大肆招攬散落在南海諸島的倭寇、海賊。在李魁奇、何斌、郭懷一等人的帶領下不斷搶劫南海中的各國商船，試圖控制馬六甲海峽壟斷明朝的貿易，風波未平的大明海疆上再次陰雲密佈，炮火紛飛。
航線受阻的訊息很快傳至紫禁城，除了幾個不開竅的言官將矛頭指向軍區改革外，大部分人都選擇了沉默。看完這群書呆子的表演，朱由校的內心早已有一萬隻草泥馬在奔騰。他心知不能放任南越的黎氏和阮氏這麼折騰下去，外敵雖然可惡，但是內賊更讓人可恨。
胡宗憲的《籌海圖編》第四卷有記錄說：“今之海寇，動以數萬皆託言倭奴，而其實大略是中國海盜居其大半”，意思是說當年倭寇的禍亂其實有多半是內地漢人假扮的。對於造成這種現象的原因，朱由校不願意去過多的思考。
他可以招撫鄭芝龍、顏思齊、楊天生、李旦等海盜，因為這些人主要的目的是從內地走私商品進行國際貿易，變相的促進了沿海手工業的發展，而且他們的主要競爭對手是荷蘭、葡萄牙等紅毛夷，從民族大義上來講他們是有功的。
與之不同的是，李魁奇、劉香、何斌、郭懷一、楊六、楊七等人完全是為了一己之私，或投靠西洋人，或依附南越小國，不斷引狼入室，將屠刀揮向自己的同胞，這種人就該生時被活剮，死後打入十八層地獄。
等言官們噴完小皇帝提出的戰區改革，他們見坐在龍椅上的那位面無表情，識趣的退到後面躲避即將到來的暴風雨。朱由校環伺一圈，並不急於表態，顧左右而言他的問道：
“朕前幾日翻閱宮廷檔案，認真拜讀了胡宗憲的《籌海圖編》，發現一段世宗年間的趣事。據說幾十名倭寇從浙江登陸後不斷燒殺搶掠，最遠處跑到安徽一帶，後又轉至南京城外，沿途十幾萬軍隊竟然如臨大敵，唯恐避之不及，這是什麼情況？”
倭寇的問題由來已久，到嘉靖年間最為猖獗，當時東南沿海幾乎是生靈塗炭，許多人都自發的加入到抗倭的戰鬥當中。後來朱由校準備跨海實施落日行動，還未開始動員便已全民皆兵，尤其是浙江、福建的熱血男兒，國恨家仇讓他們在日本百戰不殆，越戰越勇，成為倭人談之色變的天神下凡。
此時洪承疇剛從舊港宣慰司回到京師述職，不巧小皇帝問到的事情就發生在自己負責的東部戰區內，只好硬著頭皮的回道：
“聖上勝不妄喜，著實讓臣欽佩。在執行落日計劃的過程中，臣也曾效仿聖上查閱了大量的抗倭戰例，並認真拜讀了胡總督、戚少保、俞將軍的著作。嘉靖年間倭寇橫行東南沿海，在交戰中比較兇狠的是那些倭國的武士、浪人，他們自幼就被灌輸武士道精神，好勇鬥狠，貪婪嗜殺，以戰爭為職業，這才導致抗倭初期我軍屢屢吃虧。”
洪承疇一味奉承，又過分的強調倭寇的的作戰能力，這讓朱由校很不高興。面對這個歷史上的大漢奸、賣國賊，朱由校有心將科爾沁部的布木布泰（大玉兒）許配給他，希望能激發他體內的小宇宙。如今見他如萬花筒般八面玲瓏，略帶慍色的反問道：
“洪都督只分析倭寇的情況，這不足以讓眾人信服，即便這些武士有出色的戰鬥素養，可說到底他們只是一群沒有組織的強賊。區區幾十人就能在明朝境內橫行數月，輾轉幾千裡，沿途十幾萬衛所的軍隊竟然毫無辦法。依朕所見，大明勇士的膽氣是毋庸置疑的，問題就出在朝廷的調兵制度上。”
修改調兵制度是這次戰區重組的一項很關鍵的內容，朱由校早就與軍機處的幾位重臣商討多次，並暗示孫承宗要在一個合適的場合說明利害關係。如今他見皇帝狂懟新任東部戰區都督洪承疇，急忙上前解圍說道：
“聖上英明，幾十名倭寇橫行千里雖是個例，卻暴露了我朝軍戶制度的缺陷。當初太祖高皇帝創立這項制度的初衷是解決糧餉問題，將士們的編制在各地衛所，平時以犁為武器，戰時以劍為武器。
由於東南沿海和內地長期沒有戰事，有些世襲的武官不會騎馬，甚至連傳令的軍旗都辨認不清。提拔不再考察士兵的素質和能力，只論關係和銀子，上下賄賂成風，層層盤剝剋扣，導致大量的青壯年出逃，只留下一些老幼病殘在衛所濫竽充數。即便如此，很多地方長官不但不考慮解決這個問題，反而趁機瞞報數目，坐吃空餉，導致軍隊的戰鬥力嚴重下滑。
另外聖上提到的調兵制度也需要修改，由於各地衛所的結合部存在交叉和空隙，倭寇登陸後充分的利用這點與官兵周旋，這才出現幾十名倭寇橫行千里的情況。
當然，洪都督的分析也非常有道理，倭寇雖然是一群烏合之眾，卻擅長近身白刃戰，在交戰初期的確給官軍制造了不少的麻煩。不過戚家軍和俞家軍的出現讓倭寇原形畢露，很多戰役都是零傷亡。”
朱由校見孫承宗有意替洪承疇說話，也不太好駁了他的面子，笑著說道：
“家有一老如有一寶，孫愛卿見識超凡，朕自覺受益匪淺。既然已經發現我朝軍政中的弊端，那就立即著手做出調整，不要等南越猴子佔據了安州再跑來跟朕訴苦。”
此時雲南巡撫餘鹼和廣西巡撫袁崇煥聚集五萬狼兵，準備圍剿盤踞在奉化府和建昌府的黎氏，同時朱夔元、黃得功、孫傳庭率五萬皇家陸軍在廣州待命。另外，商周祚、蔣德璟以及沈有容三子（沈壽嶽、沈壽崇、沈壽嶢）也指揮南海艦隊到達占城國的金蘭灣，不斷清除阮氏的海盜集團。
明眼人都知道這是要全面開戰，將士們為了建立新的軍功摩拳擦掌，枕戈待旦，可是對於朱由校設定南越布政使的想法，朝堂上一直爭論不休。他們認為當初成祖朱棣曾兩次踏平南越，最終不得不退出這片蠻荒之地，承認南越藩屬國地位，足見不宜在那裡久居。
面對眾人的疑慮，朱由校內心不為所動。時代不同，使命不同，從他命人將萬國海圖懸掛在皇極殿的那刻起，明朝就已經做好了對外擴張的準備。他已在滇南忍耐了三年，是時候亮劍了。孟子說“天時不如地利，地利不如人和”，這只不過是書生之見，對征服者而言天時才是最重要的，因為用兵得當可以搶奪土地和財富，治國有方可以收服天下民心，唯獨天時無法預測。
在大航海時代的背景下，世界各國都掀起了重商主義的浪潮，為了爭奪原料產地和傾銷市場，這將不可避免的出現混戰，類似於春秋時期的大國爭霸。春秋本無義戰，亂世生存，利字當頭，這也是朱由校為什麼不惜拆了紫禁城也要推行新政和蒸汽革命的原因。如今明朝的軍隊已全面進入火器時代，廉價的商品堆滿了貨輪，天時已經出現，英雄當順勢而為。