此次人口普查的推進激起了各地士紳的強烈反抗，幸好朱由校已經做好了充分的思想準備，除了讓東廠和錦衣衛進行監視外，還調動皇家陸軍到個別州府維穩。看著書案上訴苦的奏摺，朱由校突然想到崇禎皇帝當年向大臣們募捐的場景，一個個說的比海瑞還清廉，可李自成入京後果斷將他們抄家，光是明賬就有數千萬兩白銀。
好在朱由校此時並不想抄他們的家，對他們自私自利的言行並未放在心上。每每靠在椅子上休息的時候，他閉上眼睛就彷彿看到海洋上的波瀾壯闊，以及歐洲人那冰冷的海炮和貪婪的笑容。可悲的是明朝的官僚正在為自己那一畝三分地的得失爭吵不休，將來洋鬼子打進來肯定也是賣國求榮的玩意，想到這裡朱由校認為需要適當的來一次權力的重組。
眼下明朝的疆域西起烏拉爾山和裡海，西南以厄爾布茲山脈為界，北部瀕臨北冰洋，最南端為蘇門答臘島上的舊港宣慰司，成為當今世界最為龐大的帝國。雖然很多地方只是名義上的統一，蒙古草原、北疆和日本的藩屬國林立，但隨著中原人口的劇增明朝已經開始進行大規模的人口遷徙，一方面緩解內地的社會壓力，另一方面鞏固邊疆地區的統治。在這種新的形勢下，朱由校決定重新設定戰區，為下一步的對外擴張做好準備工作。
北方戰區以瀋陽為中心，前沿為雅庫斯克、海參崴、子卿城、葉尼塞河三衛。內部將上京改名為哈爾濱，作為黑龍江布政使的首府。改黃龍府（正是岳飛曾說的“直搗黃龍府，與諸軍痛飲耳”中的黃龍）為長春，作為吉林布政使的首府，同時合併塔木衛、亦東河衛、木古河衛。將科爾沁部、插漢部、鄂爾多斯部以及長城往北四百里的草原合併為內蒙古宣慰司，首府為烏拉巴託。以上區域作為北方戰區的管轄範圍，其主要任務是維持內部的秩序，打擊反叛的遊牧部落，保護遷徙到境內的漢人的安全。
西部戰區以成都為中心，除四川、甘肅、陝西、寧夏、青海外，還包括吐魯番的哈密、南疆的烏魯木齊，以及烏斯藏都司、朵甘都司。為了加強對西藏的管理，戰區設立後立即派駐軍隊到拉薩和林芝，收回藏巴汗的軍事指揮權。派駐流官到拉薩、林芝等地，結束高原上長期脫離內地文明的落後局面。
西部戰區的主要任務是對外聯合沙俄、波斯共同維護絲綢之路的暢通，阻止奧斯曼帝國向裡海以東滲透。對內加強朝廷在中亞地區的影響力，遷徙人口前往拉薩、林芝、西寧、哈密、烏魯木齊等地，同時開始測繪伊利、阿拉木圖和裡海東岸的地形，準備恢復唐朝時期的北庭、安西都護府的舊制。
南部戰區以廣州為中心，包含雲南、貴州、兩廣、湖南、呂宋宣慰司、舊港宣慰司，另外增設海南布政司和南越宣慰司。由於南居益、洪承疇已經開始在新港和馬六甲修建菱堡，控制了這片重要的戰略海域，朝廷正式將馬六甲海峽納入疆土，並派派王景弘的八輩孫王延祚為馬六甲巡撫，施二姐的後人施大宣任馬六甲總兵。
南部戰區的主要任務是遏制馬六甲海峽，打擊過往的走私船隻，加強朝廷對海外貿易的控制力度和主導地位。與暹羅、寮國、高棉維持穩定的藩屬關係，收集南越黎朝和占城、緬甸的情況，為下一步全面南下掃清障礙。
東部戰區以南京為中心，統轄江蘇、浙江、福建、江西、安徽，增設臺灣宣慰司和琉球宣慰司，隸屬福建省，另外還包括東瀛宣慰司和濟州宣慰司。其主要任務是封鎖日本列國與外界的聯絡，不斷運送當地倭人遷往雅庫斯克和葉尼塞河流域，持續削弱日本的國力。
中部戰區以北京為中心，統轄北直隸、山東、河南、山西，負責京師的防護安全。轄區內的軍隊由皇帝直接指揮，防止其他戰區的總督擁兵自重。
五大戰區打破了原先各個衛所、土司各自為王的局面，因牽扯的利益甚廣，再次引發了勳貴的不滿。衛所以及下屬的班軍、民壯、鄉兵雖然戰鬥力不高，但是人數龐大，強制專業勢必會影響地方的治安，甚至會從中再出現一個類似驛卒李自成那樣的狠人。
面對艱難險阻，朱由校選擇迎風翱翔。他先是取消了明朝的軍戶制度，改為義務兵役制，然後挑選那些有戰功的將士和軍校畢業生到軍中任職，不僅要訓練傳統的軍事本領，還第一次引入政審，加強軍隊的思想教育。
如遇戰事，各戰區總督需提前向軍機處彙報，經皇帝批准後下發作戰命令，交由兵部負責傳達，具體戰役由戰區自行指揮。這樣既解決了總督擁兵自重的情況，又提高了作戰的靈活性。
這次改革也是權力的一次重新洗牌，文官治軍的傳統被打破，從軍校湧出的職業軍人和經歷過沙場洗禮的將士們成為軍隊的骨幹。在明軍的裝備和戰術無限接近近代化的同時，朱由校也期待著軍人的作風和思想也能夠與時俱進，將戰鬥力提升到一個新的高度。
為了保證改組戰區平穩過渡，從天啟七年末開始明朝全面停止了對外用兵，甚至對南越黎氏的入侵採取了預設的態度，這讓朝野上下倍感詫異。要知道朱由校從登基開始就一直騎在馬背上，尚武崇豪已經成為漢人的風氣，如今他竟然能容忍黎氏的挑釁，可謂事出反常必有妖。
其實南越早就是朱由校的下一個作戰目標，為此他在軟禁了滇南阿迷洲土司普名聲、武定土司吾必奎、王弄土司沙定洲以後，便派出大量的錦衣衛南下刺探情報，繪製當地的山川地貌，統計人口分佈情況。袁崇煥到任廣西以後，朱由校又在滇南設定南越宣慰司，以建設兵團的形式大量遷入內地人口，不斷在當地拓寬道理，架設橋樑，這才引起了南越黎氏的警覺，不斷派出小股部隊進行騷擾，想借此試探明朝的戰略意圖。