有了顏思齊等長期盤踞在九州一帶的明朝商人的幫助，朝廷對倭國的瞭解有了全方位的提升。倭國自進入德川幕府統治時期，政局相對穩定，經濟開始復甦，人口將近有一千六百萬人。這裡有一個誤區，很多書友都覺得倭國的歷史是幾個鄉長在打群架，最後讓一個農民統一了，其實倭國的人口在明初就有一千二百多萬，到明末達到二千二百萬，這在當時是非常高的一個數字。
進入德川幕府時期，御三家直接控制著紀伊、水戶、尾張，佔據糧食總產量四分之一的土地，倭國的經濟實力發展迅速。不過此時歐洲早期的殖民帝國已經染指這片土地，德川家康為了鞏固自身的統治，在境內推行嚴苛的鎖國令，只開放長期、薩摩、平戶作為通商港口，不允許建造遠洋船隻，更不允許倭人出境。這樣一來倭國的貿易受到巨大沖擊，內部的商業活動也遭到毀滅性的打擊。當然寬永鎖國間接的導致倭寇不再襲擾明朝的東南沿海地區，兩國之間進入一段相對和平的蟄伏期。
目前幕府的將軍是德川秀忠，他是幕藩體制的擁護者，不僅進一步的提高了武士的地位，還大力宣揚忠義勇的武士道精神，強化幕府的統治地位。由於歐洲商人和傳教士的頻繁出入，境內出現了大量的天主教徒，這嚴重影響了幕府的統治力。為此德川秀忠開始嚴苛的禁教，先是取締了天主教，驅逐傳教士，然後對境內的信徒進行殘暴的鎮壓。
透過進一步的瞭解，朱由校還發現倭國只是名義上的統一，各地大名仍為實際的統治者，他們私下裡與西洋商人保持貿易往來，不斷購買先進的火器鞏固自身的實力，意圖割據一方，對抗江戶幕府。
李旦等人正是瞅準這個機遇，從倭國購買商品運至大、小琉球后轉賣給西洋商人，然後再買斷他們的火器高價賣給各地的大名。這些年李旦可謂是名利雙收，不僅成為西洋人眼中的金主，還是大名們的座上賓。
朱由校匯總完這些資訊，開始勾勒征服倭國的草圖，朗聲說道：
“振泉開發小琉球有功，深得當地百姓的愛戴，朕有意將大小琉球納入明朝版圖，屆時委任你為琉球巡撫，負責這片區域的經貿活動。
飛黃深諳海戰，麾下有一支規模龐大的艦隊，可以協助南、熊兩位愛卿剿滅其他海盜，抵禦西洋侵略者。
李旦資助過德川家康，與各地大名都有利益關係，在倭人眼中身份顯赫，由其子李國助出面在長崎設立貿易總部，私下聯絡西洋海軍和當地的大名，扶持親華勢力，慫恿他們與江戶的戰爭。”
對於朱由校的安排，眾人抓耳撓腮表示不解。顏思齊雖然主張將大小琉球納入明朝的版圖，卻從未想過要吞併倭國。鄭芝龍老奸巨猾，長期的海盜生涯讓他孤僻多疑，不會輕易將手中的艦隊交給朝廷管轄。老邁的李旦心驚肉跳，暗想自己在倭國春風得意，如今又得到皇帝的赦免，可謂是左右逢源。一旦朝廷的計劃被德川秀忠發覺，自己勢必將不能在倭國立足，只能回到中土接受改編，成為小皇帝砧板上的魚肉。
面對眾人的顧慮朱由校撇了撇嘴，語重心長的說道：
“西洋商人的出現預示著新時代的到來，陸地文明將轉變為海洋文明，誰控制了海洋誰就是世界的霸主。朕聽說紅毛夷不過彈丸小國，面積不及我朝一省，他們的殖民地卻遍及世界各地，控制著主要的貿易路線。為此朕要傾舉國之力參與這場海權的爭奪，征服倭奴只是第一步，然後恢復舊港宣慰司，控制當地的狹長海域，和西洋列國爭奪市場和勢力範圍。”
這是一種赤裸裸的帝國爭霸，其魄力可與千古一帝秦始皇媲美。眾人看著這個乳臭未乾的小皇帝，內心波瀾起伏。他們原本是想朝廷能開放海禁，允許海外貿易，卻從未想過要捲入一場海權之爭。經朱由校這麼一扇呼，男人的征服欲在他們體內膨脹，只聽顏思齊說道：
“草民還在倭國時，曾聽小佛郎機商人那裡聽聞他們從一個叫做美洲的地方開採黃金、白銀，然後再從我朝、天竺等地購買商品到西洋販賣，一個鼻孔大小的國家積攢的財富竟然不遜於天朝。
早年間草民也曾設想我朝能夠駛入大洋，先將大小琉球及南海諸島納入版圖，以此為據點控制東海和南海的航線。今聽君一席話，方知朝廷早已經將目光投向遠洋，草民願追隨聖上為大明帝國開疆拓土！”
這番話說出了眾人的心聲，一時競相吹捧起來，多是些察言觀色、溜鬚拍馬之言，還不如廁所的手紙有用。朱由校心知真理都在大炮的射程以內，要想控制海洋貿易就必須有一支強大的遠海艦隊，緩緩說道：
“我朝與西洋發生的歷次海戰，宮廷中都有詳細記載，雖然都以勝利告終，但也付出了不小的代價。西洋軍艦航速快，轉向靈活，火炮的射程和精度都有明顯的優勢，為此朕決定在寧波開設海事學院和兵工廠，花費重金聘請洋人，虛心學習他們的造船和航海技術，以期能夠在將來的海戰中佔據上風。
另外，朕計劃成立東部戰區，總部設在南京，範圍包括南直隸、浙江、福建、大小琉球、澎湖，作戰目標就是倭國。同時在寧波組建東海艦隊，在飛黃的配合下控制這片海域，尋機介入倭國內亂。”
南居益見皇帝將計劃和盤托出，知道他已經胸有成竹，且不說戰略意圖有多麼宏大，光是這份決心就足以讓人欽佩，恭謹的說道：
“陛下聖明，寧波是我朝的對外港口，水深浪低適合大型戰艦靠泊，東面有舟山群島為屏障，南面是一望無際的大洋，在這裡組建水師具有得天獨厚的地理條件。”
朱由校暗歎南居益的戰略眼光，絕非一個小小的福建巡撫能承載他的才華，高興的說道：
“朕準備遷二十萬戶人口到上海經濟特區，依託長江成為內地貨物的出海口，一改先前割據閉塞、自給自足的小農經濟，全面發展對外貿易。同時在舟山建造船廠，打造新式的戰艦，用來替換老舊落後的船隻。
待這個計劃實現以後，朝廷將在廣州府組建南海艦隊，控制澎湖至舊港宣慰司的海域，驅趕外夷在南洋的勢力，防止他們趁機略境犯邊。”
此時朱由校站在海岸的高崖上，腳底下是一塊塊天然的礁石，驚濤拍岸後捲起千堆雪，然後又有無數的巨浪繼續湧上來，似乎永遠都不會停歇。
“這就是海洋的魅力吧！”朱由校暗想，抬頭看那浩瀚無垠的海面，波濤起伏延綿不絕，讓人心曠神怡，對未知領域充滿無限的遐想。
眾人皆順著他的目光投向遠處，觀海聽濤自然有一番豪情，久不開口的熊文燦被這場景打動，上前說道：
“聖上要聘用洋人，臣以為可以從不同的國家進行篩選。比如臣曾在南洋與荷蘭商人打過交道，他們在修建堡壘、鑄造火器方面都有獨到之處。另外他們還善於使用風車，利用風的力量加工木材、碾壓穀物和粗鹽，還能榨油、壓滾毛料，效率要比我朝的手工作坊高的多。”
熊文燦所說的荷蘭人之前曾在澎湖修建堡壘，然後從漳州進行絲織品、瓷器等貿易，這明顯與鄭芝龍衝破海禁的想法不謀而合，雙方暗自互相勾結。當時的福建巡撫商周祚為了安撫這兩股勢力，承諾只要荷蘭人退出澎湖前往小琉球，他願意協調當地商品進行貿易。這雖然是一張空頭支票，但朱由校還是異常憤怒，小琉球也是中國領土的一部分，主權神聖不容侵犯。
皇帝很生氣，後果很嚴重。派到福建的南居益和熊文燦攜雷霆之怒全面與荷蘭人開戰，在商周祚的配合下提前打了一場歷史上的料羅灣海戰，重挫荷蘭東印度公司的勢力。戰後商周祚升任兩廣總督，開始準備組建南海艦隊的前期工作，南居益和熊文燦則留在福建繼續打擊海上的殘餘力量。
隨著鄭芝龍被朝廷招降，荷蘭人又找到了他的死對頭劉香，雙方開始公然為敵，不斷髮生零星的衝突。商周祚趁機成為調停人，充分發揮了他的忽悠天賦，不但讓零星的衝突升級為正面對抗，還把荷蘭東印度公司的總督普特曼斯一同騙到寧波，想把這個燙手的山芋扔給了皇帝處理。
此時普特曼斯背後的荷蘭雖然還沒有從西班牙的統治中獨立出去，但其航海和貿易已經進入歷史上著名的“黃金時代”發端期。巴達維亞的決策者為了壟斷明朝的對外貿易權，公開打擊西班牙、葡萄牙的商船，並決定用武力手段迫使明朝屈服。
在這種背景下，料羅灣海戰後荷蘭重新調集了十六艘戰艦交由普特曼斯指揮，同時還有劉香旗下的五十多艘海盜船，勢力仍不容小覷。這次他假借面聖的名義，暗中唆使這支龐大的艦隊一路北上，想給明朝皇帝一個下馬威。普特曼斯聽完熊文燦的建議，一臉的傲慢之情，微微彎腰後蠻橫的說道：
“明朝的皇帝，本總督已多次與你的官員進行交涉，希望能夠獲得貴國的貿易權。如果你可以滿足這個小小的要求，海面上的那些戰艦將成為雙方友誼的見證，另外我們還將無償提供你夢寐以求的製造技術。”
朱由校聽得出他是在炫耀武力，透過威逼利誘迫使明朝將貿易權拱手相讓，不禁怒火中燒，恨不得立馬飽以老拳。轉眼又想我先靜靜的看你裝逼，一會再告訴你什麼叫光桿司令，不免笑著說道：
“你所說的戰艦就是蓋倫帆船吧，聽說採用了三桅杆技術，甲板分為兩層或多層，配備十幾門海炮。”
普特曼斯聽聞大吃一驚，暗想連小皇帝都對自己引以為傲的戰艦瞭如指掌，其他人自不必說，立時眉頭緊皺，不敢隨便開口。
朱由校見狀哈哈大笑，嘲弄的看著他繼續說道：
“你們的火炮射程雖遠，但有一個致命的缺陷，你是個聰明人，這話點到為止。我朝有句諺語：‘朋友來了有美酒，敵人來了有刀槍’，你們不遠萬里來此，是為了喝一杯美酒，還是舞弄刀槍？”
當這些話準確的翻譯給普特曼斯後，他終於擠出一絲難看的笑容，俯身下跪後說道：
“尊貴的大明皇帝，我帶來了國王的誠摯問候，他非常希望能夠與貴國建立友好的貿易關係，品嚐一杯甘甜的美酒。”
這突然的變故讓周邊的大臣也忍俊不禁，暗歎小皇帝的博學與鎮定。朱由校有意要敲打一下這些野蠻人，突然嚴厲的說道：
“你擅自帶領軍艦駛入我朝海疆，這是赤裸裸的侵略行徑，你要戰便作戰！不過兩國交兵不斬來使，你即刻回到旗艦密德堡號應戰，朕要讓所有的侵略者都喪身大明的海底！”
聽到小皇帝要向他宣戰，普特曼斯徹底慌了神，心想連自己旗艦的名字人家都一清二楚，看來明朝準備的非常充分。料羅灣一戰他已經知曉明朝的決心和實力，看眼下的情形估計自己的艦隊已是凶多吉少，為求自保立時磕頭請罪，溫順的說道：
“大明天啟皇帝，請不要誤會我的誠意，這支艦隊滿載著商品和貨幣，是獻給吾王的禮物，藉此來開啟兩國友好通商的大門。”