有了顏思齊等長期盤踞在九州一帶的明朝商人的幫助，朝廷對倭國的瞭解有了全方位的提升。倭國自進入德川幕府統治時期，政局相對穩定，經濟開始復甦，人口將近有一千六百萬人。這裡有一個誤區，很多書友都覺得倭國的歷史是幾個鄉長在打群架，最後讓一個農民統一了，其實倭國的人口在明初就有一千二百多萬，到明末達到二千二百萬，這在當時是非常高的一個數字。
進入德川幕府時期，御三家直接控制著紀伊、水戶、尾張，佔據糧食總產量四分之一的土地，倭國的經濟實力發展迅速。不過此時歐洲早期的殖民帝國已經染指這片土地，德川家康為了鞏固自身的統治，在境內推行嚴苛的鎖國令，只開放長期、薩摩、平戶作為通商港口，不允許建造遠洋船隻，更不允許倭人出境。這樣一來倭國的貿易受到巨大沖擊，內部的商業活動也遭到毀滅性的打擊。當然寬永鎖國間接的導致倭寇不再襲擾明朝的東南沿海地區，兩國之間進入一段相對和平的蟄伏期。
目前幕府的將軍是德川秀忠，他是幕藩體制的擁護者，不僅進一步的提高了武士的地位，還大力宣揚忠義勇的武士道精神，強化幕府的統治地位。由於歐洲商人和傳教士的頻繁出入，境內出現了大量的天主教徒，這嚴重影響了幕府的統治力。為此德川秀忠開始嚴苛的禁教，先是取締了天主教，驅逐傳教士，然後對境內的信徒進行殘暴的鎮壓。
透過進一步的瞭解，朱由校還發現倭國只是名義上的統一，各地大名仍為實際的統治者，他們私下裡與西洋商人保持貿易往來，不斷購買先進的火器鞏固自身的實力，意圖割據一方，對抗江戶幕府。
李旦等人正是瞅準這個機遇，從倭國購買商品運至大、小琉球后轉賣給西洋商人，然後再買斷他們的火器高價賣給各地的大名。這些年李旦可謂是名利雙收，不僅成為西洋人眼中的金主，還是大名們的座上賓。
朱由校匯總完這些資訊，開始勾勒征服倭國的草圖，朗聲說道：
“振泉開發小琉球有功，深得當地百姓的愛戴，朕有意將大小琉球納入明朝版圖，屆時委任你為琉球巡撫，負責這片區域的經貿活動。
飛黃深諳海戰，麾下有一支規模龐大的艦隊，可以協助南、熊兩位愛卿剿滅其他海盜，抵禦西洋侵略者。
李旦資助過德川家康，與各地大名都有利益關係，在倭人眼中身份顯赫，由其子李國助出面在長崎設立貿易總部，私下聯絡西洋海軍和當地的大名，扶持親華勢力，慫恿他們與江戶的戰爭。”
對於朱由校的安排，眾人抓耳撓腮表示不解。顏思齊雖然主張將大小琉球納入明朝的版圖，卻從未想過要吞併倭國。鄭芝龍老奸巨猾，長期的海盜生涯讓他孤僻多疑，不會輕易將手中的艦隊交給朝廷管轄。老邁的李旦心驚肉跳，暗想自己在倭國春風得意，如今又得到皇帝的赦免，可謂是左右逢源。一旦朝廷的計劃被德川秀忠發覺，自己勢必將不能在倭國立足，只能回到中土接受改編，成為小皇帝砧板上的魚肉。
面對眾人的顧慮朱由校撇了撇嘴，語重心長的說道：
“西洋商人的出現預示著新時代的到來，陸地文明將轉變為海洋文明，誰控制了海洋誰就是世界的霸主。朕聽說紅毛夷不過彈丸小國，面積不及我朝一省，他們的殖民地卻遍及世界各地，控制著主要的貿易路線。為此朕要傾舉國之力參與這場海權的爭奪，征服倭奴只是第一步，然後恢復舊港宣慰司，控制當地的狹長海域，和西洋列國爭奪市場和勢力範圍。”
這是一種赤裸裸的帝國爭霸，其魄力可與千古一帝秦始皇媲美。眾人看著這個乳臭未乾的小皇帝，內心波瀾起伏。他們原本是想朝廷能開放海禁，允許海外貿易，卻從未想過要捲入一場海權之爭。經朱由校這麼一扇呼，男人的征服欲在他們體內膨脹，只聽顏思齊說道：
“草民還在倭國時，曾聽小佛郎機商人那裡聽聞他們從一個叫做美洲的地方開採黃金、白銀，然後再從我朝、天竺等地購買商品到西洋販賣，一個鼻孔大小的國家積攢的財富竟然不遜於天朝。
早年間草民也曾設想我朝能夠駛入大洋，先將大小琉球及南海諸島納入版圖，以此為據點控制東海和南海的航線。今聽君一席話，方知朝廷早已經將目光投向遠洋，草民願追隨聖上為大明帝國開疆拓土！”
這番話說出了眾人的心聲，一時競相吹捧起來，多是些察言觀色、溜鬚拍馬之言，還不如廁所的手紙有用。朱由校心知真理都在大炮的射程以內，要想控制海洋貿易就必須有一支強大的遠海艦隊，緩緩說道：
“我朝與西洋發生的歷次海戰，宮廷中都有詳細記載，雖然都以勝利告終，但也付出了不小的代價。西洋軍艦航速快，轉向靈活，火炮的射程和精度都有明顯的優勢，為此朕決定在寧波開設海事學院和兵工廠，花費重金聘請洋人，虛心學習他們的造船和航海技術，以期能夠在將來的海戰中佔據上風。
另外，朕計劃成立東部戰區，總部設在南京，範圍包括南直隸、浙江、福建、大小琉球、澎湖，作戰目標就是倭國。同時在寧波組建東海艦隊，在飛黃的配合下控制這片海域，尋機介入倭國內亂。”
南居益見皇帝將計劃和盤托出，知道他已經胸有成竹，且不說戰略意圖有多麼宏大，光是這份決心就足以讓人欽佩，恭謹的說道：
“陛下聖明，寧波是我朝的對外港口，水深浪低適合大型戰艦靠泊，東面有舟山群島為屏障，南面是一望無際的大洋，在這裡組建水師具有得天獨厚的地理條件。”
朱由校暗歎南居益的戰略眼光，絕非一個小小的福建巡撫能承載他的才華，高興的說道：
“朕準備遷二十萬戶人口到上海經濟特區，依託長江成為內地貨物的出海口，一改先前割據閉塞、自給自足的小農經濟，全面發展對外貿易。同時在舟山建造船廠，打造新式的戰艦，用來替換老舊落後的船隻。
待這個計劃實現以後，朝廷將在廣州府組建南海艦隊，控制澎湖至舊港宣慰司的海域，驅趕外夷在南洋的勢力，防止他們趁機略境犯邊。”