整個十六、七世紀歐洲商人對東方絲綢、瓷器、藥材等貨物需求量極大，但是受制於奧斯曼帝國的阻隔，雙方的貿易量非常有限，這才迫使麥哲倫、哥倫布等航海家去需找新的路線。另外中原腹地的交通狀況也不理想，朱由校雖然在境內大力推行以工代賑，若想徹底改觀至少需要五十年的時間，同時還得有充足的資金，僅憑他那五千萬兩的私房錢很難維持這個吞天的規劃。
當然明朝還有一個致命的短板，那就是重視陸權而無法全力拓展海疆，海軍戰略是防禦性的，所以自永樂年間的七下西洋後，一直飽受倭寇的襲擾。此時倭國、東南亞還盤踞了西班牙、葡萄牙、荷蘭等老牌殖民強國，以及急欲從海外貿易中分一杯羹的英格蘭、法蘭西等新貴，甚至奧斯曼帝國的勢力已經染指馬來亞半島和印尼群島。
隨著朱由校重新恢復對外貿易，必然召來這群強盜的覬覦之心，想到這裡他不免憂心忡忡的問道：
“海上航線順利與否？”
一提起航線的話題，魏朝為之一振，眉飛色舞的回道：
“相比以往要順利許多，這都得益於兩任福建巡撫商周祚和南居益的幾場惡戰。老奴聽說他們多次打退西洋人和海盜，使得大明萬里海疆風平浪靜。”
要說南居益能打退葡萄牙與荷蘭人，魏朝也有一份功勞。這小子深知航運順暢對於貿易的重要性，多次請求從織造局撥款擴充海軍，建造新式戰船，有一定的全域性意識。朱由校雖然對他不冷不熱，暗中卻支援這項建議。對此魏朝也是心知肚明，誰讓他當初不知好歹的勾引客氏呢！
眾人見小皇帝和魏朝聊得甚歡，不免有些嫉妒和忌憚。朱由校心知王安和魏忠賢的想法，先對王安說道：
“你提拔的人還是挺能幹的，也算沒白疼他一場。”
王安聽聞心中甚是受用，連忙推辭說都是皇帝慧眼識人。左戰並不打算跟他客套，又轉頭對魏忠賢說道：
“朕這次南巡除了祭祖和檢視江南稅賦的情況，還要裁撤南京的閒散衙門，這件事就交給忠賢處理。那些太監和宮女要是願意回家就多發些安家費，想留下的擇優送到京師，其餘的分配到泗州、鳳陽去看守祖陵。若是有作奸犯科、欺壓百姓的奴才，一律押到南海子淨軍中服役。”
明朝雖然實行雙京制，但南京早就成了養老院，六部人員並無實權。如今他們能領到一筆不菲的退休金也就沒什麼好抱怨的，加上魏忠賢辣手無情的手段，捲鋪蓋走人是上上之策。至於那些送到京師的宮人，全部交給曹化淳和方正化，除了分配到一再擴建的內務府外，也在東廠安插了大量的人手，用來制衡魏忠賢的勢力。
安排完這些工作，這次南巡的主角們也該登場了，各地皇族齊聚孝陵，在朱由校的帶領下舉行了隆重的祭奠儀式。有明一代朱元璋的作用是巨大的，他不僅白手起家建立了大明公司，還建立了很多好的制度。繼任者除了朱棣做了補充外，其他君主多是照本宣科，並沒有突破他的高度。
當然朱元璋最牛的地方還在於他留下了幾百萬子孫，若他泉下有知不知是該歡喜還是該憂慮，大明公司快讓這些人吃垮了！一應禮節過後，朱由校在行宮內宴請各地藩王，以水代酒舉杯說道：
“祖宗有在天之靈，爾等應心存感恩之心，多回想當年太祖皇帝打天下的不易，珍惜現在的榮寵。”
眾人聽完後齊聲附和，身為宗人令的秦王朱存樞起身施禮後說道：
“聖上為太祖和成祖的嫡系血脈，登基以來親征遼東、平定西南、收復海疆，頗有他們當年的雄風啊！”
靖難之變在明朝雖有非議，但數百年過去了大家也都認同了燕王一脈為正統，所以秦王這話倒也真誠，朱由校聞此趕緊親近的說道：
“秦王謬讚了，朕能有所建樹，全仗各位宗親協助！征討遼東時你們捐了幾萬兩白銀，平定西南的奢安之亂蜀王可是散盡家財呢！”
朱由校這話綿裡藏針，當初為了募集軍餉他曾向這群藩王開過口，但結果非常不理想，二十七家一共湊了三萬兩白銀，氣的朱由校轉給葉向高用於祭祀。後來奢崇明圍攻成都，蜀王朱至澍拿出了六十多萬兩白銀組織百姓守城。雖然朱由校多次當眾褒獎蜀王的義舉，但明眼人早就知道這是欲擒故縱。如今聽得小皇帝再次提起此事，朱至澍急忙推辭道：
“聖上言重了，平定奢安叛亂時聽說戚千戶的虎賁健兒在西南屢建奇功，這都是聖上知人善任、點石成金，本王不過是困獸猶鬥，不敢辱沒了祖宗的名望罷了。不過參與平亂的滇南土司有割據稱雄的跡象，聖上應早作籌謀。一旦他們有不軌之心，朝廷討伐會更加艱難。”