等到了金田起義之後，馮雲山見武清驍勇善戰，更是把他收做了義子，做了自己的貼身護衛。平日裡跟隨左右負責自己的生活起居，一旦遇到戰事便時常派出去進行敵情偵察，作為斥候之用。
還別說，別看武清當時年紀輕輕，才剛剛十六七歲，但他在馮雲山的運籌帷幄之下卻是不負眾望屢建奇功。等到咸豐二年初永安建制的時候，他就因戰功被封為了南王帳下的一名旅帥，手下五百精騎，專司斥候一職。
俗話說的好：“瓦罐不離井上破，將軍難免陣前亡。”
到了咸豐二年（1852）六月，南王馮雲山在強渡全州蓑衣渡口的時候，不幸被早已埋伏好的清軍江忠源部用炮火命中，傷重身亡。而當時武清正在前面率著手下精騎，遠遠的繞到了岸上清軍的後面，準備實施突襲計劃，配合大軍強渡。
萬萬沒有想到的是，後面馮雲山的座船，竟然遭到了清軍的猛烈炮擊，一代名將就此隕落。
當聞聽馮雲山不幸戰死之後，武清立刻像發了瘋一樣，率著手下的五百健兒，對清軍江忠源的帥帳發起了自殺式的瘋狂衝鋒。但是人家江忠源卻也是晚清的一代名將，自也不是白給。
他不僅頑強的殺退了武清自殺式的衝鋒，更是趁勢一舉大敗了馮雲山部，以至於太平軍丟下了大批的輜重，不得已轉而從西岸的陸路去了湖南。
這一場血戰之後，武清的五百精騎僅僅剩下不到兩百來人，而他自己也是身受重傷，最後被他的手下拼死救了出去。
等他們安全脫身之後，一路上收攏四下潰散的殘兵，經過在山中短暫的修整，又陸續招募了一些當地的少壯青年，實力慢慢的又恢復了一些，手下又聚集了兩三千名兄弟。
但是，這時武清非常清楚，僅憑他現在手中的這些殘兵敗將，絕難擊殺江忠源為自己的義父報仇雪恨。於是，他決定帶著他們去投奔義父生前最看重的翼王石達開，到他的軍中效命，等待機會再圖謀報仇大事。
等武清帶著這些人馬投到石達開的軍中之後，石達開也是非常的高興，對他格外的禮遇。不僅仍然讓他帶領自己帶來的兄弟，還又另外撥給了他六七百名老兄弟，讓他自成一營自統一軍。並且承諾，一定儘量幫他創造機會，讓他親手為南王馮雲山報仇雪恨。
為這樣一來，武清便死心塌地的開始追隨了石達開，成了他麾下的一員悍將。其實說白了，這也正是人家石達開作為一路主帥知人善任的高明之處。他非常清楚像武清這樣悍勇之人，原本就沒有高遠志向遠大抱負，他僅僅就是憑著自己的性情義氣行事。
只有放手的使用，才能讓他心存知遇之情，也就能夠更好的讓他發揮出最大的能量。也只有想他所想念他所念，他才能真正的感恩戴德，拼死完成各項交付的任務。
果不其然，這個武清在石達開的巧妙駕馭下，甚至比早先在他
義父馮雲山的帳下還要勇猛彪悍。很快就成了一名讓清軍聞風喪膽的猛將，為石達開立下了赫赫戰功。
而人家石達開也真的就兌現了自己的承諾，在咸豐三年（1853），終於把剛剛到達廬州的江忠源部牢牢的包圍了起來。
與此同時，他特意命令武清親率所部精銳擔任先鋒，對廬州發起了猛攻。在血戰了數月之後，廬州城終於被太平軍攻破，而江忠源也在走投無路的情況下，投水自盡自殺身亡。
這一次，終於讓武清得以完成了自己的報仇大業，從此他對石達開也就更加的敬重，從此真正成為了石達開帳下的一名心腹將官。
時間一晃到了咸豐六年（1856），由於太平天國內部高層之間矛盾的日益激化，終於爆發了導致了加速太平天國運動滅亡的最大的一個事件——天京事變。在這次事件中，天王洪秀全先是暗中急調北王韋昌輝，精心佈置，突然發難，一舉殺死了東王楊秀清，並大肆屠殺了他的數萬下屬。
事後石達開對韋昌輝濫殺無辜的做法表示非常不滿，但是早已殺紅眼的韋昌輝索性一不做二不休，隨即對石達開也展開了猛烈攻擊。幸好石達開見機較早，手下又有武清一幫悍勇將士拼死抵擋，這才讓他能夠得以脫身逃往安慶。
石達開雖然逃了出去，但是他留在天京的一些親人和下屬卻是沒有逃過韋昌輝的殺戮，全部被斬殺乾淨。甚至就連武清在力竭重傷之後，也被暫時的押入了死牢，說是要等抓到石達開後一起斬草除根。