因此，在整個“郭桓案”中被依法刑殺的人，有的史書記載是三萬，但也有些史料記載是八萬，至於具體數字到底是多少？連朱元璋本人也記不清了，他只能說：“繫獄者數萬盡皆擬罪。”足見此案殺戮之重！
不過，其中被殺得最多的並不是“官”，而是“吏”。在古代，“吏”只是官府裡打雜的辦事人員而已，又稱為“小吏”、“吏員”，相當於後世公務員之“科員”和“鄉級”以下幹部，小到沒有品秩，沒資格享受朝廷奉碌，但卻承受著上級領導（縣官）們派發的任務，因此手中有一定的權利，能合情合理地壓榨和剝削老百姓。
朱元璋之所以大開殺戒且主要刑殺中央六部官員和各地小吏，而不是刻意刑殺地方的中下層官員，是因為若把各地官員也殺光了，那還有誰來替他維護各地的封建統治？國家也無法運轉，至少沒人辦案了。
所以，整個“郭桓案”中，被殺的其實絕大多數都是以“富戶”為代表的所謂“普通老百姓”，因為他們與各地“縣令”（“知縣”）、“州府”（“知州”）等官員串通一氣，憑藉自己“鄉紳豪族”的身份，拿著雞毛當令箭去行駛“官府小吏”的職權，將朝廷的巨量稅收往社會底層的貧苦百姓身上轉嫁，逼得百姓走投無路而暴動。
結果，這一通瞞上欺下的操作下來，讓朱元璋大怒，一聲令下導致數萬人入獄受刑後被殺，百餘萬人被沒收財產後遭到流放，比如把南方人流放到東北地區，把北方人流放到嶺南瓊島，江浙人則被流放到西域，而陝甘寧邊區的犯人尤其是“西番”（青海）者，則被流放到東海島嶼如“琉球”、“東番”（臺灣島）上。
其實，朱元璋辦理“郭桓案”從表面上看起來透露出一種“天真”和“可笑”，看似以為朱元璋堅持認為“六部”官員集體貪汙腐敗，必須將其“髒銀”（贓款）全部搜刮出來，實際上是透過打擊官僚系統來鞏固皇權。
並且，老謀深算的朱元璋堅持“責任追究制度”，比如是“布政司”的責任就抓“布政使”（省長），然後接著問“髒銀從哪裡來的？”於是，就這麼一層層追問下去，最終指向了老百姓中的“富戶”（“鄉紳地主”），相當於後世的所謂“中產階級”。這下，朱元璋放心了，因為他在立國之初就制訂的所謂“糧長制度”起作用了。
這所謂的“糧長制度”其實就是一個“損人利己的圈套”，只是方便朱元璋在需要時，將對方全部收割而已。為何這麼說？因為在洪武四年（西元1371年），朱元璋在直隸南京、江浙地區、湖廣地區、兩廣地區、福建地區（包括臺灣島）實行了“糧長制度”，以10000石糧食的年稅收收入來劃分割槽域，便於徵糧。
當時，每個區域都必須找一人來當“糧長”（相當於後世“鄉長”），另找倆“大戶”來當“副糧長”，協助“糧長”徵糧，以完成朝廷下發給當地官府尤其是各地縣衙的徵稅任務。“糧長”的任務就是負責每個區域的“稅糧徵收”（交公糧）和運輸“稅糧”，但朝廷不會給這些“小吏”們發“俸祿”（工資），只能自己想辦法去解決。
對於這些基層小吏來說，朝廷不給自己發工資，也沒有任何活動經費，那可怎麼辦？能罷工麼？那就等著被殺頭吧！不過，凡事都有兩面性，因為“糧長”作為後世的“鄉級幹部”，跟“縣令”（“縣長”）這樣的“小品芝麻官”多少有些“裙帶關係”。於是，“拿著雞毛當令箭”就順理成章了，而索拿卡要自然合情合理合法。
可對從“和尚”兼“乞丐”混成人上人的“朱重八”來說，他對從宋元時就遺留下來的社會底層之間互掐的這一套邏輯如何不爛熟於心？於是，他心想首先你“糧長”負責的區域如果收不上來糧食交稅，那就由你“糧長”自己掏錢來交，缺多少就自己去補多少。“糧長”一人搞不定，那就讓兩個“副糧長”一起想辦法來解決問題。
況且，當時的百姓們交稅還得自己去交（公糧），不僅運輸成本高，而且收糧的“小吏”們還會藉故刁難和盤剝交糧的百姓。所以，歷朝歷代都有人充當“攬納戶”（多與“副糧長”有裙帶關係），方便與當地官府勾結起來瞞上欺下。而朱元璋執意要“大戶”來擔任“糧長”和“副糧長”，只為取代那些良莠不齊的“攬納戶”。
這就是朱元璋巧妙地“用百姓來治理百姓”，再加上朱元璋極度不信任官僚集團，因此才創立了這個所謂的“糧長制度”，負責收糧和運輸。“糧長”們先是跑到農戶家裡挨家挨戶地收糧食，待收到糧食後，還得自己掏錢來修建“糧庫”，然後再負責運輸。如果沒能完成收糧的任務，輕則自己掏錢補上，重則直接殺掉！
不過，“富戶”們當“糧長”也有不少好處，如果運氣好的話，待其送糧到南京時，可能會見到朱元璋，因為朱元璋同時對成百上千名“糧長”施行訓話，如果應對得當，可能就直接被朱元璋提拔成“官員”，不用考科舉了。若趕上朱元璋心情好時，可能還會發點錢來打賞，畢竟皇帝老子的打賞，少了也拿不出手，穩賺！
此外，還有一個好處就是“特權”，即除了和“糧長”本職工作有關的罪行外，其他罪行都可用錢來贖罪。所以，當朱元璋一級一級查下來時，最終會查到的基層負責人（小吏），也就是各地的“糧長”和“副糧長”。
這時候，朱元璋表面上怒火沖天，實際上心裡偷著笑，因為他又可以收割這數十百萬的“基層小吏”了，於是將這些“富戶”們沒收土地和財產充公，將其全家發配到邊疆墾荒種地，為軍隊提供糧食，妙哉！
不過，儘管基層官吏確實存在貪汙腐敗現象，然而，造成“大明帝國”稅糧（公糧）出現巨大額度虧空的主要原因，則是朱元璋制定的“官田”稅賦太高了，即便基層官員們全部化身為“酷吏”，也難以完成任務！
最終，整個“郭桓案”中有大量的百姓（“富戶”）被捲了進來，數十百萬人被抓到大牢裡治罪，讓朱元璋完成了“定向收割”，所得錢糧正好能支援自己對北方蒙古草原反覆征戰，穩定北部邊疆，並鞏固了皇權。
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