“未行而孔有德反吳橋，東陷六城。可大急往剿，元化檄止之，不聽......有德暮薄城。可大請擊之，元化持撫議，不許。可大陳利害甚切，元化期明歲元日發兵合擊。至期，元化兵不發......燾（張燾，據說也是一名火器專家）兵半降有德，遣歸為內應。元化開門納之，可大諫，不聽。夜半賊至，城遂陷。”
孫元化此前因羞愧而自殺未遂，但被俘虜後因之前曾收留孔有德等人算對其有恩，故孔有德並沒有殺他，甚至還差點被孫元化說服，準備接受朝廷招撫。但是，孫元化的計劃最終被巡按王道純破壞，始終沒能成功。王道純也算是醫學家，竟自己沒有著作，但校檢及整理過許多前人的醫學著作，更懂官場厚黑。
孔有德之亂被平定後，孫元化卻要承擔責任，於是被崇禎皇帝下令斬首。他恐怕到死都沒想到自己收留的孔有德不僅帶著自己部隊跑去投降清朝，而且還帶走自己積攢的火炮、炮手和鑄造火炮的外國專家。
在明朝末年的崇禎朝，孫元化的名氣要比武之望大得多，因為他是研發火器的專家，在戰亂年代要比搞醫學的更為人熟知，而且“孔有德之亂”也比“固原兵變”危害更大，因為這讓滿清獲得了“火器”上的優勢。
孔有德生於萬曆三十年（西元1602年），字瑞圖，遼東蓋州衛人，即今遼寧省蓋州市人，原籍山東，原本為明末崇禎朝一邊關將領，與同鄉耿仲明過從甚密，且拜耿仲明為“義兄”，後來人們多以“孔耿”連稱。
孔有德“驍勇善鬥，臨陣先登，為諸將冠”，累升至參將。為毛文龍部將，實際上被毛文龍收為“養孫”，賜名“永詩”。他對毛文龍的知遇之恩非常感激，以至於在貴為清朝藩王后依然“每言（毛）大將軍時事，輒於色不自勝”，因毛文龍冒領糧餉，鉅額行賄，軍紀渙散，不尊號令被袁崇煥用尚方寶劍所殺，故恨明朝。
當初，毛文龍死後，孔有德與耿仲明等人來投奔孫元化，卻於崇禎四年（西元1631年）發動“吳橋兵變”，投降滿清。崇禎九年（西元1636年），接受滿清朝廷冊封為“恭順王”，出征朝鮮、錦州、松山等地。
“八旗漢軍”成立時，孔有德被編入“漢軍正紅旗”。入關後，孔有德隨滿清“豫親王”多鐸追剿農民起義軍，並鎮壓了江南各地抗清鬥爭。順治三年（西元1646年）授“平南大將軍”，進攻“南明”永曆政權。從此，孔有德開始單獨統兵並佔領了湖南地區，但在進攻廣西桂林時卻被南明將領瞿式耜等聯合率軍打敗。
順治五年（西元1648年）六月，孔有德至武昌候旨換防，其間金聲桓、李成棟反清，各地清軍向孔有德求救，孔有德卻不發一兵一卒。 孔有德班師回京後，南方局勢趨於穩定，清廷又打算調“三順王”南征。
起初，清廷以孔有德守福建，尚可喜平廣西，但尚可喜認為廣西地處偏僻，情況複雜，有意推辭。這時，孔有德“毅然以粵西為請”，於是清廷予以批准，改封他為“定南王”，率軍二萬出征廣西，並攜家鎮守。
順治七年（西元1650年）十一月，孔有德率清軍攻破桂林，並俘虜了南明重臣張同敞、瞿式耜及靖江王朱亨歅等。這時，孔有德住進了“靖江王府”，並將其改為“定南王府”，從此打算在廣西養老，享受生活。
起初，孔有德對待這些被俘虜南明遺老還敬如座上賓，但後來因截獲瞿式耜暗約焦璉攻城的密檄後，便將瞿、張二人處死於桂林風洞山仙鶴嶺下，而“靖江王”朱亨歅則在西門外的民房中被孔有德命人縊死。
孔有德在隨後一年時間中，幾乎佔領了廣西全境。順治九年（西元1652年），南明“西寧王”李定國率東路軍收復湖南大部，並南下廣西，直趨桂林。同年六月，清朝“定南王”孔有德親自率軍前往桂北興安縣“嚴關”扼險拒守。但是，南明軍卻以象陣大破清軍，不僅取得“嚴關之戰”的勝利，而且還窮追不捨繼續打。
孔有德狼狽奔回桂林，並下令緊閉城門，惶惶不可終日。隨後，南明李定國乘勝追至桂林，將城包圍。至七月初四，南明軍登雲梯攻城，而孔有德額頭已中一箭，自知走投無路，便令其妻妾們上吊自殺。
也有人說孔有德擔心自己的妻妾們會在自己死後被南明軍霸佔凌辱而失節，讓自己“戴綠帽子”，於是便拔劍能將妻妾們都親手殺死了，然後自己在王府中縱火，並北向再拜清廷，最後自刎而死，也不投降。
其子孔廷訓在逃跑過程中被明軍俘獲，僅有一女孔四貞成功逃脫。清朝順治帝聽說了孔有德的死訊後，賜諡號“武壯”。兩年後，其女孔四貞奉其父遺骸還京，而順治帝則命“三品”以上大臣郊迎，給予厚葬。
孔有德之子孔廷訓在順治十五年（西元1659年）被南明李定國下令處斬，導致孔有德絕嗣。其女孔四貞則被清朝孝莊太后收為養女，受封“和碩格格”。由於孔四貞出身將門，隨父軍中，導致從小性情剛烈。
後來，她以“大清公主”身份下嫁給孫延齡後，在丈夫面前趾高氣揚，令丈夫心生怨懟。但孫延齡心機頗深，最初對孔四貞百般恭敬，而孔四貞在得到“愛情滋潤”後遂為他在宮廷遊說，更讓孫延齡得寵朝中。
康熙四年（西元1665年），孫延齡慫恿孔四貞請求朝廷准許他們“就食廣西”，得到了康熙帝的批准。
後來，孫延齡夫婦舉家南下，但“山高皇帝遠”。於是，孫延齡便漸次排擠了孔四貞，夫妻感情惡化。
“三藩之亂”爆發後，孫延齡首鼠兩端，終被吳世琮所殺。後來，吳三桂把孔四貞接到雲南，以為他籠絡原定南王的部屬，但事實上卻形同軟禁，因為孔四貞思想太簡單，絲毫沒有一點厚臉心黑的官場屬性。
孔四貞被迫待在昆明八年，直到“三藩之亂”被平定後，她才得以輾轉返回京師，但晚景卻非常淒涼。
傳說孔四貞死後葬在今北京的“公主墳”，於是該地乃因此得名。但終歸道聽途說，已考證此說不實。
言歸正傳，孫元化的人生結局跟武之望的也大同小異，因為他們不擅長工於心計，甚至做不到厚臉心黑，幾乎完全不懂“官場變通”，即便在搞科學技術方面很牛，但在官場危機到來時束手無策，註定悽慘。
孫元化被殺時只有51歲，對於科學家來說，這算是年富力強的年齡，卻死得相當可惜。以上是兩位明末時期比較著名的科學家式的官員，做官把自己作死的基本情況，卻遠不如孔有德、孫延齡等厚黑高手。
還有如宋應星、方以智這樣的科學家型別的明朝官員，好不容易捱到晚年，乾脆老老實實離開官場，甚至不願在清朝做官，只做一心研究的科學家。他們的人生結局雖也在鬱悶中度過，但至少能有個善終。
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