王仙芝在攻佔陽武之後，攻鄭州不下，於同年十二月接連進攻申、光、廬、壽、舒、通州等地，逼近揚州，淮南節度使多次向朝廷告急。
在農民軍的沉重打擊下，唐各地州官多聞風喪膽。當王仙芝、黃巢進攻蘄州時，該州刺史裴偓誘降義軍領袖，請唐廷授任王仙芝為左神策軍押牙兼監察御史。
王仙芝思想有了動搖，欲放棄鬥爭，接受唐的官職。黃巢大怒，斥責王仙芝說：“始者共立大誓，橫行天下，今獨取官赴左軍，使此五千餘眾安所歸乎！”這時群情激憤，責罵不已，怒不可遏的黃巢出拳把王仙芝打得頭破血流。
在這場衝突之後，黃巢率領二千人馬向北進發，與王仙芝分道揚鑣了。
乾符四年二月，黃巢率軍攻陷鄆州，殺節度使薛崇。三月，又攻陷了沂州。
黃巢雖連下二州，但仍是孤軍作戰，勢單力薄。這時王仙芝部將尚讓屯兵嵖岈山，黃巢便與尚讓會合，共保嵖岈山。
黃巢與王仙芝再次合兵不久，即進攻宋州，由於唐廷調來大批援軍，農民軍作失利。
於是王仙芝率原班人馬南下，再次與黃巢分裂。黃巢率本部人馬在蘄、黃一帶迂迴作戰，由於作戰失利，不得不北返中原，連下匡城、濮州。
乾符五年二月，轉而進攻亳州。在此期間，王仙芝相繼攻克了安、隨二州後，再次為唐廷誘降動心，派尚君長等人前去聯絡，卻為唐將所殺。
王仙芝知道上當受騙，遂進兵荊南，不久在黃梅兵敗戰死。餘眾一部分南下，活動於江浙一帶；另一部分則由尚讓率領北上，與黃巢會師於亳州。
王仙芝既死，眾將便推黃巢為主，號稱
“沖天大將軍”，改元王霸，並設官分職，初步建立了農民軍政權機構。
不久，在黃巢率軍襲破了沂、濮二州之後，形勢又一度逆轉。唐廷命右衛上將軍張自勉為東北行營招討使，督兵進剿農民軍。
黃巢欲進兵襄邑、雍丘，為滑州節度使李嶧所阻。在各地活動的義軍也多被官軍擊潰。
黃巢欲進攻東都，唐廷又迅速派來大批援軍。這時，唐廷再一次誘降，詔命黃巢為右衛將軍，但黃巢
“度藩鎮不一，未足制己”，仍拒絕投降唐朝。轉戰南北黃巢起義乾符五年三月，黃巢率軍進攻汴、宋二州，唐廷以張自勉充東南面行營招討使，以阻止義軍。
黃巢轉攻衛南、葉、陽翟，唐廷又詔命河陽兵千人開赴東都，與宣武、昭義兵守衛宮闕，還徵調義成兵三千人守衛東都附近的伊闕、武牢等地，以增強東都的防禦力量。
黃巢見河南一帶官軍勢力強大，難以取勝，而江南則力量相對薄弱；而王仙芝舊將王重隱又攻陷了洪州，轉戰於湖南，於是便率軍渡江南下，與王重隱部相呼應，接連攻下了虔、吉、饒、信等州。
八月，黃巢軍進攻宣州，在南陵為官軍所敗，於是又進入浙東，經婺州至衢州，然後披荊斬棘，開山路七百里，攻入福建。
同年十二月，義軍攻下了福州。在農民軍中曾有
“逢儒則肉，師必覆”的傳說，其意是遇到儒者則殺，軍隊必然要覆滅。
大概是黃巢屢試進士不第，對儒者頗為同情，因此當農民軍進入福建後燒官府、殺官吏，但凡自稱為儒者的皆釋而不問。
當義軍經過崇文館校書郎黃璞門前時即下令說：“此儒者，滅炬弗焚。”乾符六年正月，黃巢軍遭藩帥高駢部將張璘、梁纘的襲擊，一再黃巢起義失利，遂進入廣南，包圍了廣州。
在此期間，黃巢曾致書浙東觀察使崔璆、嶺南東道節度使李迢，求為天平節度使。
二人懼怕黃巢威勢，極力申奏，但朝廷不許；黃巢自己上書，求為廣州節度使，卻只授予率府率。
黃巢惱怒，大罵執政，便急攻廣州，遂於九月佔領了嶺南的這個重鎮，殺節度使李迢，並進而攻佔嶺南一些州縣。
黃巢在廣州自稱
“義軍都統”，併發布檄文，斥責朝廷
“宦豎柄朝，垢蠹紀綱，指諸臣與中人賂遺交構狀，銓貢失才”，提出
“禁刺史殖財產，縣令犯贓者族”，檄文所說，史稱
“皆當時極敝”。黃巢軍已轉戰各地多年，這次佔領廣州，