就在林延潮拜訪申府後不久，官場上出現一次大地震。
那就是禮部尚書沈鯉請求致仕。
禮部尚書沈鯉，雖說之前一直在生病，但後來也復出視事了。這一次主動提致仕卻出乎人的意料，這起因當然不是他因為生病的緣故，而是沈鯉捲入了科場弊案。
這件事要從萬曆壬午年的應天鄉試說起。
當時主持應天鄉考試的主考官是沈鯉，副主考是現任南京國子監司業，當時任翰林修撰的沈懋孝。
沈懋孝與沈鯉相善，也是清流黨中一員。
當時有御史揭發說沈懋孝在南京鄉試中收受五名舉人每人紋銀一千兩賄賂然後徇私取中，收了這筆錢後還回鄉大肆置辦田產。
除了收受賄賂，還阿附權臣，當時應天鄉試有前吏部侍郎，張居正盟友王篆的兒子王之鼎，此人也高中舉人，實在耐人尋味。
此事眾人都知道也是言官一貫的套路，明面上是攻訐沈懋孝徇私，實際上卻是指責主考官沈鯉，但礙於沈鯉是天子的老師，不敢直言，所以旁敲側擊把沈懋孝罪名落實了，沈鯉也難辭其咎。
天子知道後將這五名舉人押到京來，在禮部尚書，內閣大學士，錦衣衛指揮使的面前，讓五人重考。
重考之後，這五名舉人中四人文理皆通，確實是有真才實學，唯獨丹陽賀學禮滿篇胡言亂語，根本不具備有中式的資格。
但沈鯉上疏，這賀學禮本來也不取他的，但他是南京國子監生員，當時沈鯉，沈懋孝礙不過於南京地方官員所請勉強將他錄取的，故而才錄了最後一名。
不過從事情結果可以看出，其實這名御史控告實為捕風捉影，沈懋孝實沒有受賄，這五名舉人中四人都是有真才實學的，這賀學禮還是礙於南京官員的情面取的。
但最後天子將沈懋孝貶官一級，任兩淮鹽運判官。
事後此案又查出當時鄉試的巡場御史林應訓、張一鯤為王篆的兒子在卷子上貼號作標記。
當時林時應訓已升任南京尚寶卿，張一鯤已是請疾在家，但都被天子下旨革除官籍。
但是沈鯉因為王篆兒子其實是為他所取的原因，當即上疏乞休，並請調原卷覆查，以證明自己的清白。
但是申時行既待天子溫旨挽留沈鯉，又不肯調原卷覆查，沈鯉一聽當即怒了，於是辭官回家。
如此申時行即將沈鯉趕回來家中，此事令林延潮有些意外，之前九卿廷議後，林延潮還以為申時行與沈鯉關係有所緩和。
沒料到申時行還是沒放過沈鯉，當然他的手段也不是很過分，給人留以餘地。
沈鯉雖走了，但朝堂還有一個戶部尚書宋纁，既不會令天子感到申時行獨攬大權，同時沒了沈鯉支援的宋纁又孤掌難鳴，無法如以往般與申時行對抗。
平衡到了這一步，林延潮也是覺得申時行辦得夠好了，如此就將去年宋纁任戶部尚書所導致的劣勢給扳了回來。
沈鯉走後，新任禮部尚書是何人？
禮部尚書乃九卿之一。
如果說三位內閣是最核心的決策圈子，那麼往外擴大一圈是九卿，加在一起是十二名官員。
再往外擴大的決策圈子，就是在京三品以上官員。
這裡包括詹事府詹事，太子賓客，順天府尹，太常寺卿，光祿寺卿、太僕寺卿，以及在京六部十二位侍郎，全部加在一起，算上官員缺位的，一般不到三十號人。
按照規矩，九卿之一的禮部尚書空缺，要由在京三品以上官員透過會推，一人一票選出來的。