在講經之前，他讓眾僧誦般若波羅密呪五十遍，用以報答四恩。
不到一年，慧遠又夢見淨影寺的長竿倒了，掛著的燈滅了。慧遠知道自己要走了。
幾天後，慧遠在屋外走路時，感到輕飄飄的。
他在外面用香水沐浴，然後回到屋裡喝了粥，躺在床上。
過了一會兒，慧遠問弟子：“什麼時辰了？”
弟子答道：“正好是卯時。”
慧遠說：“我感到冷氣已到了肚臍，恐怕離死不遠了，請你們把床挪開。”
然後趺跏端坐，閉住眼睛，不許別人攙扶。
慧遠坐在那裡，姿態端莊嚴正，象天神一般。
等到眾聞到屋中香味時，才知道他已經氣絕。
眾僧上前把他的手足併攏，感到他的手足柔軟，身體冷了，只有頭頂上還略帶暖意。
慧遠在清化時，養過一隻鵝。鵝每次都聽慧遠講經，一直聽了好幾年。
慧遠入關後，鵝在寺中晝夜鳴叫，眾僧討厭它，讓人給慧遠帶去。
帶鵝的人走到淨影寺門口，把鵝放下來，鵝鳴叫著飛到慧遠的房中。
從此，鵝還象以前一樣，馴服地聽慧遠講經。
鵝一聽到法會的鐘聲，不管是什麼時候，都要飛入堂中，伏在地下聽講。僧人散會出去，鵝也叫著飛出去。
這樣過了六年。忽然有一天，鵝哀叫著不肯入堂。
過了二十天，慧遠就棄世而去了。
文帝得知慧遠去世，非常痛惜，對諸大臣說：“國家失去了一寶！”
不久，眾人為慧遠立碑。
薛道衡撰文，虞世南書寫，丁氏鐫刻，這三人當時號稱“三絕”。
唐時比丘曇倫，姓孫，汴州浚儀人。
十三歲出家，在修福寺以端禪師為師。
端修次第觀便。
他告戒曇倫說：“把心繫在鼻端，就可以得靜了。”
曇倫卻說：“如果有心，當然可以系在鼻端。但本來無心，不知要系什麼。”
眾人都認為他的話很奇怪。
曇倫自己嘆息道：“學這些淺近的東西，怎能得到透徹之悟呢？”
因此他在眾僧禮拜懺悔之時，自己則入禪定，眾人很佩服他。
後來他有一次送缽到堂上，還沒走一半路，就突然立於路上入定，手裡端的缽一點也沒有斜。
師傅對此非常讚賞他。
端禪師告訴他：“讓你學習打坐，是先清除俗情。就象剝蔥那樣，一層一層剝去，然後就會乾淨。”