跟之前的《合金裝備：原爆點》不同，雖然在《合金裝備：原爆點》裡面難度其實挺大的，如果不按照正常的潛行節奏來的話，很容易面對一大群的敵人然後被突突致死。
但是在《合金裝備：幻痛》裡面，序章的內容實際上楊晨已經專門進行過修改了，比如原本夢境記憶中《合金裝備：幻痛》的序章，電影敘事化有些過於嚴重了，雖然給人的感覺很有電影的那種沉浸代入，可畢竟這是遊戲。
鏡頭上雖然應用的巧妙，但劇情表現上的處理卻並沒有想的那麼神，甚至可以說是有點尬。
比如原版夢境記憶中的遊戲劇情，主角躲在床下敵人計程車兵探頭都沒有發現，又或者是在地上扮演屍體，然後敵人所有人都補槍了，就主角沒有補槍，然後想要殺死主角的火人沃爾金就恰巧出現了。
這些劇情顯得太過於老套，同時也太過於巧合了，而且對於沒有接觸過前作的玩家而言，遊戲中的如精神螳螂跟火人沃爾金則是會讓玩家更加的困惑。
雖然這些東西，為了進行做鋪墊，楊晨已經在《合金裝備：原爆點》發售後，讓漫畫公司那邊按照他提供的劇本推出同名的劇情漫畫。
其中對於沃爾金的來歷，以及精神螳螂都有所提及過。
可大部分的玩家基本上還是都沒有看過漫畫，所以對這些劇情瞭解的也並不算太多。
即便對此楊晨也進行了不少的修改，比如增加玩家的可操縱過長，同時加入了一些文字提示，但大部分玩家們還是有些莫名其妙的。
網上的社群論壇跟遊戲群裡面，一群人一邊玩一邊水群，同時為了方便順帶著用手機進行拍照，表示自己真的有在親自玩，而不是看直播的雲玩家。
“話說遊戲裡面的鏡頭表現十分的震撼，畫面也特別爆炸，而且超級緊張刺激，士兵搜查的時候我緊張的腳拇指都扣緊了。”
“+1，躲在病床上，那個被敵人殺死的病人，一張臉都貼在步上簡直把我嚇尿了！”
“唯一有點搞不明白的就是那個飄在天上的小孩到底是誰啊？還有那個火人，跟鳳凰、鯨魚又是什麼鬼東西？”
“23333，樓上的沒有看《合金裝備》的漫畫吧，其實在裡面都有提到過。”
就如同是之前《合金裝備：原爆點》一樣，《合金裝備：幻痛》中的序章更多的只是讓玩家們明白這樣的一款遊戲到底是什麼樣的。
實際上在序章裡面的關卡設計，已經包含著很多潛行的要素了，玩家操縱醒來的主角手無寸鐵在醫院裡面，而繃帶男的指導也是另外一方面的潛行經驗。
楊晨沒有在序章裡面，如同夢境記憶中的《合金裝備：幻痛》用極長的過場動畫來將遊戲展現給玩家，還是那樣的一句話，大部分玩家買遊戲是用來玩的。
遊戲中的CG，楊晨更願意讓玩家自己選擇是否去欣賞去觀看，所有的關卡玩家通關後，進入分數結算介面，可以自己選擇是否關卡劇情CG。
而在遊戲的過程中，楊晨並不希望玩著玩著，突然一個劇情CG過場動畫，讓玩家的體驗產生撕裂感。
…………
隨著遊戲的劇情慢慢推進，尹正也開始進入到遊戲的主要部分。
在逃離了醫院後，他遇到了一個人——左輪山貓。
並且在左輪山貓的指引下，前去營救被敵人抓住的米勒。
左手的鉤子取而代之的是義肢，叼在嘴裡的雪茄，遮擋住一隻眼睛的眼罩，除了臉上的疤痕多了一些看上去跟《合金裝備：原爆點》中BIG BOSS的樣子沒有什麼兩樣。
如果是玩過之前《合金裝備：原爆點》的玩家，實際上對於《合金裝備：幻痛》的操作並不會陌生，但在脫離了前面醫院的序章之後，所有體驗著《合金裝備：幻痛》的玩家們又有了一種不一樣的認識。
大型的地圖，雖然看上去並沒有《上古卷軸：天際》那樣的大，但卻絕對不算小。