後來的發展正如馬士英所預料的那樣，到五月底，張獻忠抵達武昌城下，開始攻城。(.棉花糖當他來到城下時，城中官吏棄城而走，左良玉帶兵逃走，楚府軍開城投降。
張獻忠拿下武昌之後，實力大增，也雪李自成在武昌建立政權，自稱西王，還開科取士，一經錄取立即授予官職。
湖廣局勢如此不可收拾，任何人都沒有辦法。
這個時候的孫元和馬士英已經回到了南京，湖廣距離南京實在太遠，他們作為南京地方守軍，也不可能離開這裡進入湖廣參戰，後勤根本就跟不上。
為了保障南京西面的安全，馬士英將信守前諾，將廬鳳軍的精銳交給了黃得功，加強了他的力量，卸掉了廬鳳總督一職，回到了南京兵部。
孫元也是感覺一陣無奈加無力，他現在什麼也做不了，只能讓部隊陸續還鎮，自己則留在南京述職。
不管怎麼說，這次討伐劉超在南京人看來獲得了輝煌的戰果，大軍回南京，受到了百姓熱烈的歡迎，就連一向看孫元不順眼的史可法也親自跑來軍營褒獎有功將士。
這次大戰，孫元本打算改變明末悲慘的局面，可結果卻是白忙一場。可見，這歷史的慣性是何等的可怕，一隻蝴蝶扇扇翅膀，並不足以引起一場大風暴。
下來之後，孫元想了想，突然有種明悟性：“我就算打敗李自成，解了開封之圍又如何？河南已經殘破成那樣，這小冰河期不過去，年年大災，朝廷根本就沒有力量賑濟百姓，安定地方，恢復生產
。如此一來，不也盜賊遍地，李自成就算吃再多的敗仗，只需要登高一呼，就又數之不盡的流民加入到他的造反大軍之中。從某種意義上來說，李闖有數之不盡，用之不竭的人力、物力資源。而我軍，這次出兵河南，一營所需都要依靠馬士英籌措，等部隊開到開封時，後勤線一拉長，部隊供給就開始出問題了。所以，這一戰，我卻是根本沒辦法打的。”
“同樣，湖廣那邊也是如此。打仗，說穿了打得就是錢。朝廷沒錢，我沒錢，那就是萬事俱休。”
“也許，現在我最明智的做法是先解決錢糧問題，壯大自己。在未來天變時，先將南京給守住了。”
“只要南京存，一切還是有希望的。畢竟，這裡集中了半個中國的財富。只要守住這裡，無論是將來李自成拿下北京，還是建奴入中中原，沒有南京的賦稅和漕運，他們都站不住腳。”
“說起來，我以前好象犯了一個大錯誤，以為靠軍事手段就能解決一切。其實，這個思想是幼稚的。北京政府已經沒救了，從現在開始，我得換個思路了。”
……
帶著兩個隨從，身著便衣，漫步在南京的街道上，孫元輕輕地揮動手中摺扇，表面上看起來非常閒適，可心中卻顯得頗為沉重。
同他不同，兩個隨從卻是一臉的喜悅。
這次出兵永城市，所建功勳極大，孫元將軍已經事先從馬士英手頭拿了不少告身。戰後，軍中有功將士都受到了升賞，到現在，揚州鎮的編制總算是配齊了。
不但寧鄉軍，就連前去沾光的南京軍各人也得了許多好出。回南京之後，南京軍各部就地解散，各回各家。這些前來搶功的混蛋們幾乎人人都有軍功在手，有這份資歷和功勞在，他們身後的靠山們自可好好運作一番，給他們謀一個好的官職。而且，這一戰，南京軍各人繳獲甚多，都發了大財。
如今，整個南京地方軍隊的那一幫子人都承了孫元的情。雖說孫元也不在乎這些，在他看來，在這個亂世，實力為先，所謂的人脈靠不做也沒有任何用處，可多一些朋友，少許多敵人還是好的。
至於孫元和馬士英，自然也得了獎賞
。兵部尚書史可法已經上摺子去北京，為兩人功功。南京城中的官民都在傳言，這次馬士英和孫元所立的功勳極大，斬獲極多，乃是近年朝廷用兵少有的大捷，怎麼著也該封個爵位了。[.超多好]馬、孫二人，這次一個伯是跑不掉的。
對此，孫元卻不以為然。崇禎皇帝對自己是有成見的，就算他要封自己爵位。可如今建奴正在山東河北鬧騰得厲害，這道摺子鬼知道什麼時候才能送到天子手頭。相比之下，他更希望馬士英能夠儘快將欠自己的軍餉給補全裡。
當時阮大鋮代表馬士英請孫元出兵的時候，開出了三十萬兩白銀的價碼。
當然這三十萬兩白銀都不全是現銀，畢竟銀子也當不了吃當不了喝，用做軍費的時候還得變成物資。因此，馬士英都用糧秣物資來抵。
偏偏南京地區實在太富裕了，物價低，在外面打了將近一年的仗，這三十萬兩白銀才用了二十萬，還有十萬兩到現在沒有支付。
現在的問題是，如何讓老馬就剩餘部分掏出來。
馬士英為了這一戰，將鳳陽的家底子都掏空了，如今又交卸了廬鳳總督的職務，手頭應該沒有多少錢。對於這老頭的信用，孫元沒有任何信心，他連劉超這個準女婿都殺，真真是毫無廉恥和道德可言了。
如今的孫元倒是不窮，這一年來部隊的吃喝都是馬士英供給，拿下永城之後還得了三十萬兩好處。
不過，誰會嫌手上的錢多呢，況且，水師又是吃錢的大戶。
反正自己最近也沒有什麼事情，索性在南京呆一陣子，想將錢討回來再說。
老馬也是可惡，一到南京之後就絕口不提這岔。孫元見天去兵部催討，結果這傢伙開始避而不見了，搞得孫將軍很是惱火。
今日天氣不錯，孫元來了興致，決定再次等門去尋馬侍郎的麻煩。
剛走了兩條街，就看到餘祥和兩個隨從急衝衝地跑過來：“將軍，將軍，我回來了。”
原來，來南京之後，因為快一年沒有回家，孫元就讓餘祥先回揚州鎮看看