由於李過的病逝，讓他聯想到劉芳亮，也聯想到了他的大兒子。說實話，高紅兵在曹文詔的參謀部工作，提升的空間十分有限，因為那裡不是鍛鍊人的地方，高峻山決定給大兒子調一個位置。
於是，他給民政院下了一個命令，調高紅兵出使朝鮮，擔任華夏國駐朝鮮大使。
與此同時，他開始了對軍隊進行整編。
全國依然保持九個軍團的編制，但是軍團不再以將領的名字命名，而是統稱為第一至第九軍團。
九個軍團滿編為八十萬人，每個軍團轄十個師（旅），滿編的師為甲等師，乙等師和丙等師是不滿編的，軍隊的人數平時保持在五十萬。
第一軍團軍團長為曹文詔；
第二軍團軍團長為賀人龍；
第三軍團軍團長為劉達；
第四軍團軍團長為白文選；
第五軍團軍團長為馬元利；
第六軍團軍團長為惠登相；
第七軍團軍團長為高一功；
第八軍團軍團長為李定國；
第九軍團軍團長為孫大海。
此時的田見秀軍團已經和惠登相軍團合併，組建第六軍團，這個軍團發展也很快，目前已經滲透到西藏腹地。
第九軍團是海軍陸戰軍團，下轄十個陸戰旅，隸屬於海軍部。
第一軍團負責新疆和玉茲的防務；
第二軍團負責湖廣、江浙的防務；
第三軍團負責蒙古的防務；
第四軍團負責京城、陝西、山西、山東、河南的防務；
第五軍團負責福建的防務；
第六軍團負責四川、青海、甘肅的防務；
第七軍團負責東北三省的防務；
第八軍團負責西疆的防務。
除了這九個軍團之外，全國還設有二百個民兵師，大約一百二十萬人，民兵師屬於地方部隊。
這些地方部隊的兵，平時在家務農做工或經商，只有訓練的時候才集中在一起，主要的任務是維護地方治安。
再就是海軍部艦船上的人員，包括水手及戰鬥人員。海軍有六個艦隊，每個艦隊有三百艘船，二萬五千人。
最後就是劉文秀的漕幫，大約有三萬人，也是一支武裝力量，負責保護京杭大運河的暢順。
周世臣、江國榮擔任軍政院參謀部的正副參謀長，主政軍政院參謀部。
直到1649年的年底，整個整編工作才告結束，高峻山坐鎮軍政院，簽署下達了各種命令達二百五十三份之多。
1650年新年的前一天，高峻山被崇文學院的弟子們邀請去新落成的崇文圖書館，參加那裡的迎新年大會。