《黃帝內經》又稱《內經》，是中國最早的典籍之一，也是中國傳統醫學四大經典之首。相傳為黃帝所作，因以為名。但後世較為公認此書最終成型於西漢，作者亦非一人，而是由中國曆代黃老醫家傳承增補發展創作而來。正如《淮南子·修務訓》所指出的那樣，冠以“黃帝“之名，意在溯源崇本，藉以說明中國醫藥文化發祥之早。實非一時之言，亦非一人之手。
《黃帝內經》成書時代，古人主要有三種觀點:
先秦時期
持這種觀點的人有晉代的皇甫謐，宋代的林億、高保衡等。他們認為像黃帝內經這樣科學鉅著，非通曉智慧的聖賢大智不能為之，所以必定是黃帝所作。
戰國時期
持這種觀點的人有宋代的邵雍、程顥、司馬光、朱熹，明代的桑悅、方以智、方孝孺，清代的魏荔彤等。其主要理由是:首先，將《黃帝內經·素問》與同樣是戰國時代的《周禮》相比較，有許多相同之處，足以充分證明兩書是同一時代、同一思想體系的作品;其次，《史記·扁鵲傳》中有關醫理的內容，與《黃帝內經·素問》的內容相類似，但卻樸素、原始得多，而《史記·倉公列傳》中有關醫理的內容卻比《黃帝內經·素問》有所進步，由此推斷:《黃帝內經》應當是扁鵲時代以後、倉公時代之前的作品，也就是戰國時代的作品。最後，以《黃帝內經》的文體為例，也可以說明這一點:先秦之文，多作韻語，而《素問》中韻語的文字特別多。
清代《四庫全書簡明目錄》進一步肯定了這一說法，因為《四庫全書》在中國古代學術界有相當高的地位，這種說法也就被許多人所接受。
西漢時期
明代郎瑛從夏禹時儀狄造酒的傳說和“羅“出現於漢代等證據推斷《素問》產生於西漢時期。
現代中醫學專家劉長林、吳文鼎等人也持這種意見。其主要理由是:其一，《黃帝內經》全書約計20萬字，這在2000多年前可以說是一部鉅著。編著這樣的醫籍需要有一個安定的社會環境，需要花費巨大的人力、物力，這在戰事連年、七雄割據的戰國時代是不可能辦到的。只有在西漢時期，隨著政治的穩定，經濟的發展，才為醫學家編著醫籍提供了現實的條件;其二，西漢初淮南王劉安的《淮南子·修務訓》曰:“世俗人多尊古而賤今，故為道者必記之神農、黃帝而後能入說。“《黃帝內經》在書名和思想內容上與“黃老學派“的密切聯絡，也為只有在西漢“黃老學派“鼎盛時期才能成書提供了佐證;其三，西漢司馬遷在《史記·倉公列傳》中，記述了西漢初年名醫淳于意在接受老師公乘陽慶傳授給他的十種醫書中，竟沒有《黃帝內經》，這也足以說明《黃帝內經》不可能成書於西漢之前。
以上觀點可以看出，古人認為《黃帝內經》成書為戰國時期較為可信。但也不能認為《素問》、《靈樞》所有篇章盡出戰國。元末明初醫學家呂復對此發表過中肯的見解，認為內經非一時之言，亦非一人之手。姚際恆《古今偽書考》、周木《素問糾略序》、程敏政《新安文獻集·運氣說》、黃省曾《五嶽山人集·內經注辨序》等人也贊同呂復。
比較科學的觀點是，《黃帝內經》並不是由一個作者完成於一個短時間內，是多個作者跨越了一個較長的時間段集結而成:
一、先秦文體多韻語，而《黃帝內經》中一些篇章亦有不少韻語，這些章節可能是先秦時期的作品。
二、與1973年長沙馬王堆的帛書《足臂十一脈灸經》、1972年甘肅武威漢墓出土的壓藥簡牘、1977年安徽阜陽雙古堆西漢汝陰侯墓出土的“六王斌盤“和“太乙九宮佔盤“相比較，可知《靈樞》中有些篇章成書於春秋戰國時，有些成書於西漢更早。
三、《黃帝內經》中引用的一些文獻，如《上下經》、《睽度》等是戰國甚至更早的著作。
四、《素問·寶命全形論》中用的“黔首“一詞，是戰國及秦代對國民的稱呼，而《素問·靈蘭秘典論》中的“相傅之官“和“州都之官“則是曹魏時期出現的官名。
五、《靈樞》中個別篇章晚出，如《陰陽系日月篇》有“寅者，正月之生陽也“句，故可斷定成於漢武帝太初元年(前100頒佈太初曆之後。
六、《素問》中一些篇章用干支紀年，而採用干支紀年是東漢之事。《素問》第七卷亡佚已久，唐王冰據其先師張公秘本補入《天元紀大論》、《五執行大論》、《六微旨大論》、《氣交變大論》、《五常政大論》、《六元正紀大論》和《至真要大論》，實際上是另一部醫書《陰陽大論》。以其用甲子紀年，便可斷定必在東漢漢章帝元和二年(085頒佈四分曆之後;以其曾被張仲景撰寫《傷寒雜病論》時所引用，因此一定在張仲景之先。
七、《素問》中第七十二篇《刺法論》和第七十三篇《本病論》，在王冰次注《素問》時已是有目無文，宋劉溫舒著《素問入式運氣論奧》時卻將該二篇作為《素問遺篇》陳列於後。可以認為這兩篇系唐宋間的偽作。
綜合論之，《黃帝內經》成書亦非一時，作者亦非一人。其筆之於書，應在戰國，其個別篇章成於兩漢。至於王冰之所補與劉溫舒之所附不應視為《黃帝內經》文，但依慣例認為屬於內經亦無不可。
摺疊傳本演變
一、《素問》
《素問》之名最早見於東漢張仲景《傷寒雜病論·自序》:“撰用《素問》、《九卷》、《八十一難》、《陰陽大論》、《胎臚》、《藥錄》。“
林億、高保衡等人的“新校正“說:人是具備氣形質的生命體，難免會有小大不同的疾病發生，故以問答形式予以闡明，這就是《素問》本義。隋代楊上善整理《內經》，逕稱為《黃帝內經太素》是頗有見地的。
《素問》自戰國時代成書到齊梁間全元起作《素問訓解》時，一直保持九卷的舊制，只是到全元起注《素問》時，《素問》的第七卷已經亡佚了。王冰認為是“懼非其人而時有所隱，故第七一卷師氏藏之“的緣故。王冰自謂“得先師張公秘本“，“因而撰注，用傳不朽，兼舊藏之卷，合八十一篇二十四卷“。由於王冰補入了《天元紀大論》、《五執行大論》、《六微旨大論》、《氣交變大論》、《五常政大論》、《六元正紀大論》和《至真要大論》等七篇大論，並將《素問》全文廣為次注，所以才從原來的九卷大大地擴充套件為二十四卷，從而成了如今流行的《黃帝內經素問》。當然還有元代胡氏“古林書堂“十二卷刊本和明代正統年間所刊五十卷《道藏》本，但其內容、篇目次第並無變動，一如王冰舊作。
二、《靈樞》
《靈樞》最早稱《針經》。第一篇《九針十二原》就有“先立《針經》“之語，相當於自我介紹。後來又稱為《九卷》，晉皇甫謐復又稱之為《針經》，再後又有《九虛》、《九靈》、《黃帝針經》等名。
《靈樞》一名，始見於王冰《素問》序及王冰的《素問》注語中。王冰在注《素問》時，曾兩次引用“經脈為裡，支而橫者為絡，絡之別者為孫絡“這句話，在《三部九候論》中引用時稱“《靈樞》曰“，在《調經論》中引用時又稱“《針經》曰“，可知《靈樞》即《針經》。而其他《素問》注中所引《針經》，皆為《靈樞》之文，則更證明了這一點。
《靈樞》名稱的演變大略如此，而其命名之義則需具體分析。馬翃和張介賓認為是因為樞機之玄奧。《靈樞》主要研究的是針刺問題，故稱《針經》;因其卷帙為九卷，故名曰《九卷》，並因此而有《九靈》、《九虛》等名。
至於《靈樞》，雖有《九卷》、《九虛》、《九靈》和《針經》等幾個傳本系統，但隋唐以後都亡佚了。宋代林億、高保衡等人校正醫書時也因其殘缺過甚而欲校不能。南宋史崧所獻的《靈樞經》雖與王冰所引之《靈樞》及王唯一所引之《靈樞》在內容上均有所不同，但畢竟是存世的唯一版本。史崧之所以將《靈樞》改成二十四卷，也只是為了與王冰所注之《素問》卷數相同而別無深意。因為原本這兩部書都是九卷，所以最終都成了二十四卷。
元代胡氏“古林書堂“刊本將《靈樞》併為十二卷，也是與其所刊《素問》十二卷本相匹配。至於明南朝·全元起篇
卷一，平人氣象論第一，決死生篇第二，髒氣法時論第三，宣明五氣篇第四，經合論第五，調經論第六，四時刺逆從論第七，凡七篇。