卷十一，舉痛論篇第三十九，腹中論篇第四十，刺腰痛篇第四十一。
卷十二，風論篇第四十二，痺論篇第四十三，痿論篇第四十四，厥論篇第四十五。
卷十三，病能論篇第四十六，奇病論篇第四十七，大奇論篇第四十八，脈解篇第四十九。
卷十四，刺要論篇第五十，刺齊論篇第五十一，刺禁論篇第五十二，刺志論篇第五十三，針解篇第五十四，長刺節論篇第五十五。
卷十五，皮部論篇第五十六，經絡論篇第五十七，氣穴論篇第五十八，氣府論篇第五十九。
卷十六，骨空論篇第六十，水熱穴論篇第六十一。
卷十七，調經論篇第六十二。
卷十八，繆刺論篇第六十三，四時刺逆從論篇第六十四，標本病傳論篇第六十五。
卷十九，天元紀大論篇第六十六，五執行大論篇第六十七，六微旨大論篇第六十八。
卷二十，氣交變大論篇第六十九，五常政大論篇第七十。
卷二十一，六元正經大論篇第七十一，刺法論篇第七十二(遺篇，本病論篇第七十三(遺篇。
卷二十二，至真要大論篇第七十四。
卷二十三，著至教論篇第七十五，示從容論篇第七十六，疏五過論篇第七十七，徵四失論篇第七十八。
卷二十四，陰陽類論篇第七十九，方盛衰論篇第八十，解精微論篇第八十一。
摺疊靈樞目錄
卷一、九針十二原第一，本輸第二，小針解第三，邪氣藏府病形第四。
卷二、根結第五，壽夭剛柔第六，官針第七，本神第八，終始第九。
卷三、經脈第十，經別第十一，經水第十二。
卷四、經筋第十三，骨度第十四，五十營第十五，營氣第十六，脈度第十七營衛生會第十八，四時氣第十九。
卷五、五邪第二十，寒熱病第二十一，癲狂第二十二，熱病第二十三，厥病第二十四病本第二十五，雜病第二十六，周痺第二十七，口問第二十八。
卷六、師傳第二十九，決氣第三十，腸胃第三十一，平人絕谷第三十二，海論第三十三五亂
卷四、經筋第十三，骨度第十四，五十營第十五，營氣第十六，脈度第十七營衛生會第十八，四時氣第十九。
卷五、五邪第二十，寒熱病第二十一，癲狂第二十二，熱病第二十三，厥病第二十四病本第二十五，雜病第二十六，周痺第二十七，口問第二十八。
卷六、師傳第二十九，決氣第三十，腸胃第三十一，平人絕谷第三十二，海論第三十三五亂