當時，曹國公李景隆正奉命整飭陝西屬衛士馬，明太祖特命將陝西行都司所屬的甘州五衛，及肅州、山甘、永昌、西寧、涼州諸衛軍馬，交由朱楧整飭。他很好地完成了這一任務，在這過程中樹立起了自己在當地的權威。無論在甘肅軍民還是外夷心中，肅王都有著很高的威望。比如關西七衛中的安定衛，就是在他的努力下建立的。老朱對這個兒子還是比較放心和滿意的。
肅王初封地——張掖古城夜景
建文帝即位後，面對削藩，為消除朝廷疑心，朱楧上疏主動請求內遷，獲准由甘州遷至蘭州。蘭州在明初只是邊陲小城，肅王的內遷，促進了蘭州經濟的發展和蘭州地域文化的興盛，卻也使得明朝在西北的影響力大為下降，關西七衛逐漸丟失。
明成祖即位後，朱楧為避免遭受打擊一直小心謹慎，有"居國能安靖循理"的美譽。先是於洪武三十五年（1402年）九月初一到京朝覲新皇帝，承認四哥的帝位。之後又於永樂三年、九年、十五年三次入京朝覲。即便如此，也會因小事而遭到明成祖的敲打。