訪歐使團派回國的船共有八艘，卻只返回五艘。這些大帆船是萬曆十二年十月初從里斯本出發，十三年九月初時方返回廣州——這也是這個時代帆船的平均速度。
大西洋給了徐光啟面子，但對於返回大明的船隊，卻露出其殘忍兇暴的一面。儘管使團僱傭的船都是當世頂尖的蓋倫式大帆船，足有一千八百料，但它們中的三艘在咆哮的風暴下如同孩童摺疊的紙船，被擊成了碎片。[注1]
返程的使團擦乾眼淚，唱著輓歌繼續返航。所幸的是分別裝載美利奴羊等動植物的大船雖然沉沒了一艘，但船隊仍有四份備份——這也算是先見之明。
船隊返航後，整個廣州為之轟動，市民到碼頭爭睹西洋景。訊息傳到南京時，被《南京日報》頭版頭條報道——十天後，京師的日報也轉載了這篇報道，這又導致整個大明的轟動。
隨船而歸的，除了使團眾人的信件和捎回來的物品；更有想要來東方掙大錢的歐洲建築師、製造工匠、技工等技術人才，還有大量的文獻資料。短短一個月時間，歐洲使團只能將最重要的公開資料弄回來一批，而且也沒有時間複製，因此沉沒的三艘船上的文獻只能獻祭給大海了。
在沉沒的三艘船上還有幾十個使團成員和護衛——這些人的家庭朝廷肯定要厚加撫卹，給予相應的榮譽也屬應有之意。
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儘管損失很大，但五艘六百噸大船帶回來的財富也極其驚人。
最值錢的當屬美利奴羊及伺候他們的羊倌兒。按照後世人類學的理論，古代美洲大陸不可能發展出比歐亞大陸更高階的文明的最重要的原因就是沒有牛、馬等畜力——而原時空這種西班牙細毛綿羊伴隨著殖民者在世界的擴散，對政治勢力想消漲乃至人類文明走向所起到的作用是令人瞠目結舌的。
如果古代中國就有這種細毛綿羊，並發展出與之匹配的紡織業，那整個歐亞文明史都要改寫——無法生產長期儲存的商品用來與農耕文明交易，遊牧民族就只能用武力掠奪，這是生存需要，非以人的意志為轉移，也不是所謂“教化”能解決的經濟基礎問題。
本時空，這些細毛羊種的引進，比歷史上早了四百年。後世一直到1985年，中國才在在引入澳美羊的基礎上，培育成第一個毛用細毛羊品種，此時的遊牧民族已經能歌善舞三百年，其代價就是滿清對其實施“減丁政策”的殘酷殺戮——到全國解放時，蒙古族人竟然不足百萬。
因此，這些美利奴羊與大明國運息息相關，是使團最重要的訪問成果。這四十隻長途跋涉，瘦成皮包骨的小傢伙們，將成為朱翊鈞整個北方戰略的重要支撐。
除了這些羊，歐羅巴人對機械製造的研究與此際的大明各擅勝場。例如隨船運回來的磨面滾壓機，其中的齒輪、搖桿和細篩可以將麥子磨成麵粉，並進行四次分離——比如今大明的雙扇石磨加人工篩粉的效率高出太多，而這東西在歐羅巴已經發明瞭38年，並被大規模推廣使用，使團沒費吹灰之力就弄回來兩臺，還帶回來相應的製造技工。
另外，在基礎科學領域，使團還運回來大量文獻。僅《幾何原本》一書，不管它是希臘人還是埃及人寫成，只要拿回大明翻譯出來，這趟出使就值回票價，其他都是附帶。
同時，跟著運回來的還另有邏輯、形而上學、倫理學、美學和政治學等等文獻，包括亞里士多德、柏拉圖、色諾芬、德謨克利特等人的諸多著作——他山之石，足以攻玉。[注2]
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仁聖太后與樂平公主聽聞船隊遇到風暴且沉沒三艘的訊息後，驚嚇不已，深恐徐光啟將來返航時也遭此厄運。朱翊鈞去慈慶宮請安時，見樂平公主眼睛哭得如同桃子一般，仁聖太后也嚇得不住唸佛，心裡不由得有些愧悔——以徐光啟為訪歐使，確實忽略了這孃兒兩個的感受。
儘管樂平公主雖是領養的，但早已成為仁聖太后在親情方面最大的依靠。如今女婿去國萬里，海途風波險惡，她老人家不掛心是不可能的。
見仁聖太后與樂平公主眼巴巴瞅著自己，朱翊鈞心裡不是滋味，忙安慰她道：“母后不必過於擔心。兒子聽聞船隊失事，也後怕不已。前日已經下旨塘沽，讓他們加快大封船的建造速度——明年開春，將有六艘七千料大船下水，這船將載著欽差先去日本、薩摩和琉球去冊封國王世子，然後不返航直接去歐羅巴將徐光啟接回來。”
仁聖太后聽了，先撫胸嘆氣道：“這混小子一貫不聽勸的，不然當年也不會離家出走——這是他自己選的差事，怪不得皇帝。”
又橫了一眼樂平公主道，“就是樂平當初也不聽我勸，當時我不讓徐光啟去，她還跟我使性子，如今卻也嚇得麻爪兒了。可憐！”
說完將樂平公主摟過來，摸著她頭髮笑道：“如今知道‘悔叫夫婿覓封侯’的滋味了把？”樂平公主破涕為笑，扭著身子在太后身上撒嬌。