使徒之間，互為敵人。
只有一個存在能迴歸亞當，剩餘的都會被淨化。
所以，第十三使徒，對渚薰發起了攻擊。
渚薰失去了對Mark.06的掌控，但Mark.06依然擁有著增幅過後的AT力場。
這個AT力場彷彿結界一般，將渚薰封鎖住。
Mark.06的S2機關在此刻爆炸了，其釋放出的足以毀滅周邊一切的能量，被限制在Mark.06的內部。
連爆炸的聲音都沒有，就像是一切收縮成了一個奇點。
渚薰和Mark.06一起，化作了虛無。
SEELE，魂之座。
“朗努基斯之槍終於回到了祂的手中。”
“所有的使者都完成了他們的任務。”
“雖然有些冒險，但我們的願望終於要實現了。”
“條件還不完備，但也只能如此，再拖下去，恐生變數。”
“讓EVA量產機，歸於其原貌。”
“帶給我等人類福音的真貌。”
“透過平等的死和祈禱，人們將歸其原貌。”
“這也是靈魂的安息。”Keel議長說：“那就開始儀式吧。”
“現在讓中心之樹復活，我等僕從，EVA量產機，就是為了此刻而誕生的。”
碇源堂帶著綾波麗，來到了最終教條區。
他提前Mark.06一步來到了這裡，為了防止他手上的亞當胚胎引起渚薰的注意，他一直蟄伏著，等待Mark.06按照計劃湮滅才現身。
他趟過了橙色的生命之水，抬頭看向天花板上的大洞。
碇源堂的得知的計劃當中，是要用莉莉絲來舉行最後的儀式的，所以才讓與亞當融合的他回到NERV。
但是從現在的情況來看，SEELE的真實計劃，是要以初號機為神的替身，他也只是SEELE計劃中的一部分。
不過他早有預料，老人們可不是那麼簡單就能處理的對手。
捕獲了S2機關，並且融入了人類靈魂的初號機，同時擁有了生命果實和智慧果實，初號機已經有了成神的資格。
碇真嗣沉睡的靈魂醒了過來，朗基努斯之槍束縛住了初號機的動作，他什麼都做不了，只能眼睜睜看著EVA量產機咬住初號機的光翼，將仿造的聖槍插入自己的胸膛。
強大的反AT力場，以初號機為中心爆發出來。
這便是第三次衝擊的開始，與十五年前的第二次衝擊如出一轍。
身處地下生態圈的明日香和美里，能透過那個大洞看到天空中的初號機。
美里想起了十五年前的記憶，她那個時候還是個孩子，和父親一起在南極，見證了第二次衝擊的發生。
唯有她被父親塞進救生艙活了下來，其他人都死了。
“又來了嗎？”美里咬牙：“難道我們還是什麼都做不了嗎？”
身處最終教條區的綾波麗，她的身上開始出現了變化。
她的身體好像太陽底下的冰淇淋一樣融化了，開始失去人的形狀。