SEELE，會議室。
老人們注視著月下的漆黑EVA，以及天空中飛翔的六臺EVA量產機。
“EVA，Mark.06，犧牲了三臺量產機和三個人造S2機關製造出來的自律性機體，祂已經取得了第十三位使者的生命果實，可謂是至今為止最接近神的造物。”
“亞當的靈魂，自己為自己取名為渚薰的第十七位使者，這種情況下，只能借他的手來完成我等之夙願了。”
“很好，計劃很順利，剩下的三位使者也甦醒了，那就讓一切在此終結，讓人類迴歸最終的進化。”
“讓初號機和Mark.06，完成我們的計劃。”
NERV本部，MAGI發出了刺耳的警報聲。
“影象為藍色！是使徒！MAGI檢測到使徒的反應！”
“一共有三個，三個使徒，從南面、北面臨海，衛星軌道上空，分別接近了第三新東京市！”
“怎麼可能！SEELE讓剩餘的使徒全部甦醒了嗎！”
“他們瘋了嗎！在這種時候推進人類補完計劃，萬一出了什麼差錯，人類和莉莉絲本身都會消滅的啊！”
赤木律子不敢相信眼前發生的一幕，一向沉穩的SEELE居然激進到了這種程度。
是因為伊恩打亂了一切嗎？
老人們認為，即便條件不完全，也必須在此刻推進計劃，否則就沒有機會了嗎？
“第十四使徒、第十五使徒、第十六使徒，發現！”
從海域中現身的第十四使徒，它龐大的身軀離開了大海，海水從它的身軀上流淌而下。
出現在衛星軌道的第十五使徒，它散發出耀眼的光芒，以及，那環狀的的第十六使徒，三個使徒從不同方向，朝著NERV本部進攻。
“可惡！知道使徒和莉莉絲接觸不會引發衝擊，所以故意讓我們來承受使徒的攻擊嗎！”美里握拳砸桌。
亞當的胚胎在碇源堂手裡，而碇源堂已經迴歸了SEELE，雖然不知道亞當的胚胎在哪個地方，但用腳後跟想，也知道SEELE就是知道亞當在自己手裡，才這麼放心大膽地讓使徒來進攻。
“律子，我去找到明日香，讓她駕駛二號機。”美里的手放在律子的肩膀上：“這裡就拜託你了。”
“你小心。”赤木律子點頭。
第三新東京市響起了接連不斷的炮火聲，自戰隊的坦克和軍車，朝著天空發射導彈群，射擊EVA系列量產機和Mark.06，然而毫無作用，渚薰的AT立場擋下了所有攻擊。
震耳欲聾的爆炸聲之中，真嗣接收到了耳麥的通訊。
“真嗣，綾波，你們快回到插入栓內，去駕駛EVA！”律子先一步通訊：“那是敵人，是SEELE的EVA!”
“EVA？那個孩子和我們一樣也是駕駛員嗎！”碇真嗣問道。
“別管那麼多了，快去駕駛EVA！”律子大吼：“除了EVA以外連使徒也來了，現在能依賴的力量，只有伱們了！”
“我我知道了！”碇真嗣這才反應過來事情的嚴重性。
“碇，這邊。”綾波麗拉住了碇真嗣的手，拉著他往放置初號機和零號機的地方跑過去。
守在兩臺EVA旁邊的工作人員，已經為他們做好了插入栓的準備。
碇真嗣很快進入了初號機的插入栓，泡在了LCL之中，進入了初號機的內部。
駕駛艙亮了起來，初號機眼睛一閃，站了起來。
六臺EVA量產機，圍著Mark.06盤旋，它們生長出了翅膀，像是白色的大鳥。
Mark.06胸口的紅色核心蠕動著，彷彿張開了血盆大口，吐出了插入栓。