宋徽宗崇寧二年（1103）追封為妙應真人。
孫思邈7歲時讀書，就能“日誦千言”。每天能背誦上千字的文章，到了20歲，就能侃侃而談老子、莊子的學說，並對佛家的經典著作十分精通，被人稱為“聖童”。但他認為走仕途，做高官太過世故，不能隨意，就多次辭謝了朝廷的封賜。隋文帝讓他做國子博士，他也稱病不做。唐太宗即位後，召他入京，見到他50多歲的人竟能容貌氣色、身形步態皆如同少年一般，十分感嘆，便道：“所以說，有道之人真是值得人尊敬呀！像羨門、廣成子這樣的神仙人物原來世上竟是有的，怎麼會是虛言呢？”皇帝還想授予他爵位，但仍是被孫思邈拒絕了。高宗繼位後，又邀他做諫議大夫，也未被允。孫思邈歸隱的時候，高宗又賜他良駒，還有已故的鄱陽公主的宅邸居住，就連當時的名士宋令文、孟詵、盧照鄰等文學大家都十分尊敬他，以待師長的禮數來侍奉他。