在平定福建境內的蠻人之亂後，唐軍又轉入了平定土匪的戰鬥。唐軍向一些與官府合作的部落徵兵，一批熟悉山林的蠻人進入了唐軍。
剿匪是非艱難的，但是唐軍祭出了“只辦首惡，不問脅從”大招之後，又實行就地處決的政策，一些匪首一旦被抓就地處決。
一顆顆人頭掛出來之後，許多土匪感覺到了唐軍的決心，開始放棄原有老巢逃進了更深的山區。
然而唐軍緊追不捨，他們對山林同樣熟悉，甚至比土匪更瞭解山林。這使得土匪中很多嘍囉產生了絕望，他們紛紛趁機溜出來向唐軍投降，並指引唐軍攻擊土匪藏匿之處。
在內外交困的情況下一些土匪被剿滅，一些土匪下山投降，一些逃進僱主的家中尋求庇護。
經過了一年多的艱苦奮戰，唐軍剿滅了大大小小一百多股土匪，斬殺兩千餘人，俘虜五千餘人。懲治了五十餘家與土匪有直接關聯的鄉紳土豪，繳獲了一大批武器、糧食、檔案。
修路大軍發展到了萬餘人，在福州、建州、泉州的八姓族長坐不住了。他們紛紛趕到長樂經略使府衙認罪，並在章文怡的威脅利誘下乖乖的交出了大量的造船工匠、水手和贖金。
章文怡還迫使他們簽署協議，廢除家族內部私刑，交出里長、村長的權利，改由長樂經略府任命。
從此在福建的地方勢力遭到了沉重的打擊，官府勢力大漲，基本上徹底的控制了福建全境。
第三年長樂經略府治下的皇家造船廠研製出了三百七十料的大型三桅戰艦。
透過研製新型戰艦，建立了造艦的製造標準和製造工藝，並編寫了新型戰艦的操船守則。
同時根據造艦經驗發展了三百五十料的海船，這是迄今為止最大、最快的商船。這種商船一經出現立即受到了泉州海商的注意，許多海商紛紛要求建造購買。
惹傑的長樂海軍在裝備了新型戰船之後實力大增，在透過一系列的招募之後長樂海軍擴大到了七千人，擁有福州、泉州、漳州三處軍港。巡邏範圍已經擴大到了浙江南部和廣州北部地區，並開始對距離海岸比較淺近的海匪進行清剿。
由於福建境內治安良好，大量的商人湧入。長樂經略府又在福州、泉州、漳州設立了市舶司，對海上貿易進行收稅。
章文怡在福建初具規模之後奏請朝廷委任了唐軍首領張宗升為長樂經略使，並將權利完全移交。同時任命隨軍長史易飛為皇家造船廠廠監，負責監管造船廠，還任命了三地的市舶使。
經過如此一番整治，福建境內竟然欣欣向榮。隨之而來的就是人口的激增，海上貿易繁榮，財富聚集。
這時被任命為海軍都督的惹傑不得不歎服，看到了執政差距的惹傑安心做他的海軍都督，對執政徹底死心。
在初步奠定了福建的海貿中心的地位後，章文怡又申請了嶺南節度使行轅的設定。任命文仲連為嶺南節度使，統一管理福建、廣州兩地的海上貿易和軍政。
經過刻意的打壓，福建原來掌控福建的閩中八姓的勢衰，實力已經遠遠無法與當年相比。
章文怡找到他們商討成立閩中商會，現在的閩中八姓早已沒有了當年的傲慢，他們對這位明豔的皇后是又恨又怕。
在瞭解了商會的性質之後，經過商討和一番討價還價八姓同意加入商會，並同意由章文怡的大哥文仲羽為商會會長統一協調商會內部事務。
當福建的一切走上軌道之後，章文怡帶著市舶司徵收的兩千萬兩稅銀坐上了由福州出發的前往高句麗、百濟再往倭國的商船船隊前往登州，在哪裡登岸返回長安。
回到了闊別五年的長安，李治出十里相迎。
車輦中李治握住章文怡的手喜道：“桎童，你可想煞朕了。”
章文怡回手輕輕握住李治的手，全身心的靠在他的肩膀上，柔聲道：“總算不負陛下期望，略有小成。”
李治是知道這次章文怡帶回了兩千萬的稅銀，他驚訝道：“這只是初步小成？”
章文怡慢慢的將身體偎進李治的懷裡，瞬間將自己從一個精明能幹閩中大豪談之色變的皇后變成了小鳥依人的小妻子。
她只是輕輕的“嗯”了一聲，緩緩的將閩中目前的狀態和未來的規劃告訴李治。
雖然平時兩人也有書信往來，但是章文怡為了保險起見只是向李治介紹了一些具體的情況，但是並沒有從整體上去介紹過自己的想法。
要實現以福建廣州為中心的海上貿易基地，還有許多事情要做。
這兩個地方距離長安遙遠，又是以海為中心的貿易，除了章文怡這個現代人知道的比較清楚，在唐朝朝廷中古人對這個海上貿易的認識是非常膚淺和不足的。