打贏了小明後的真嗣經過幾天的旅行，此時來到了森林中的一座神奇寶貝中心，來到這的真嗣就放出了所有的精靈，來進行特訓······
“雷丘，十萬伏特，哥達鴨，水炮，哈克龍，龍之波動，風速狗，噴射火焰，椰蛋樹，葉風暴，化石翼龍，儘量閃避。”真嗣喊道。
“化石~”
化石翼龍聽到後就不斷的避開大家的技能攻擊，但畢竟化石翼龍已經沉睡了幾千年，身體還沒恢復過來，反應還是很遲鈍，避開了第一下的攻擊，但沒避開第二次的攻擊，還是被打中了，真嗣見此也就只能留在這裡幾天，為化石翼龍訓練反應。
幾天後——
“回來吧，化石翼龍。”真嗣喊道。
經過幾天的訓練，化石翼龍的身體已經恢復的差不多了，這次真嗣訓練完後就把化石翼龍和其他精靈都收了回來，見天色已經很晚了，就決定回到神奇寶貝中心好好休息一晚，明天再準備繼續旅行。
神奇寶貝中心——
“道館，我的椰蛋樹交給你了！”真嗣對著電話裡的雷嗣說道。
“好的，沒問題，我會好好照顧椰蛋樹的。”大哥雷嗣笑道。
······
就在真嗣準備回房間休息時，一聲熟悉的出現了·······
“妙蛙種子的身體非常不舒服，請問他是不是生病了？”
真嗣轉過身子來果然看到了小智三人。
“這個該不會是······”喬伊小姐看著妙蛙種子說道。
“連自己的精靈要進化都不知道，這就是你所謂的對精靈的愛嗎.”真嗣嘲笑道。
“真嗣？你怎麼會在這？”小剛問道。
“你這種人有什麼資格說我對精靈的愛不夠啊？”小智看見真嗣憤怒的喊道，但轉眼一想真嗣的話，驚訝道：“你是說我的妙蛙種子要進化嗎？”
“哼！”
“對啊，妙蛙種子這樣的確是出現進化的徵兆啊！”喬伊小姐恍然大悟道。
“妙蛙種子進化後可以進化成妙蛙草。”小霞抱著波克比說道。
“那麼我的妙蛙種子什麼時候會進化啊？”小智滿臉期待的問著喬伊。
“你先等一下。”喬伊小姐說道。
喬伊小姐說著就把小智一行人帶到窗戶旁邊來看外面開滿鮮花的草地，之後喬伊小姐對大家解說了有關於妙蛙種子不思議花園的傳說。
隨後大家也都各自回房休息了，但在半夜時，真嗣就被小智的慘叫聲嚇醒了，真嗣知道小智會發現妙蛙種子不見掉，然後去尋找，真嗣也穿上了衣服，跟著小智三人後面，去尋找不思議花園了。
不思議花園——