場上的正品神奇寶貝跟複製神奇寶貝終於都打的筋疲力盡了，互相依偎的倒在地上，但超夢和夢幻似乎沒有停止戰鬥的意思，雙方都將自己的力量全部凝聚在身上，夢幻身上粉色的光芒和超夢身上藍色的光芒越來越大，最後，夢幻和超夢身上的光都衝向對方。
“住手！已經夠了吧！”小智衝上去喊道。
小智眼見神奇寶貝們都痛苦的倒在周圍，終於悲憤的衝向前去，在決鬥中的戰場中，被兩道能量波一起撞擊到了他的身上。
“小智。”小霞和小剛擔心的喊道。
兩股能力打在小智的身上，發生了大爆炸，等到煙霧散去，只見小智被粉紅色的光芒包裹懸空著，但小智還是慢慢的倒下了，粉紅光散去，小智倒在地上。
“愚蠢，區區居然人類想要阻止我們的戰鬥。”超夢看著小智的舉動驚訝道。
因為小智的原因，超夢與夢幻之間的對戰也暫時停止了，而皮卡丘卻跑到小智面前，小智身上的粉色光散去，小智被石化了，變成一個石頭人倒在地上，儘管皮卡丘再怎麼呼喊小智，小智都沒有什麼回應，皮卡丘也就一遍一遍的對著石化的小智使出十萬伏特，希望能以此來喚醒小智，但事宜願為，任憑皮卡丘的十萬伏特怎麼打在小智的身上，小智都是保持著石化的狀態。
“皮卡比~”
皮卡丘看著被石化的小智留下了傷心的眼淚，其他的小精靈看著皮卡丘和小智，也都被皮卡丘和小智的友誼所感動，都紛紛的留下了淚水。
其實正牌也好，複製品也罷，大家都是活在這個世界上的生物之一，又哪來的正牌與複製品之分呢？就算是被創造出來的，也是活在這個世界的生物啊！正牌與複製品都是生物，又何必分什麼輸贏呢？
真嗣看著被石化的小智，心裡頭也是一股說不出的滋味，雖然知道最後的小智一定會沒事的，但不知道為什麼，一向冷酷的真嗣，眼角也留下了幾滴淚水。
周圍的神奇寶貝所留下的淚水慢慢的都飄向了石化的小智，淚水化成點點的星光，彙集在一起，所有小精靈的淚水從四面八方彙集在小智的身上，超夢也被這一幕所驚呆了，因為從不相信感情的超夢現在明白了，人類的情感的可貴之處，小智的身上開始冒起藍光，最後皮卡丘的真情之淚也飄進小智的身上。
新島周圍的烏雲全部被驅散了，陽光也照進了城堡內，一束溫暖的光束直直的照射在小智身上，小智身上的石化被慢慢的消失了，小智也慢慢的恢復起知覺，慢慢的醒來了。
“皮卡丘。”醒來的小智看見皮卡丘開心的叫道。
皮卡丘見小智醒來了，立刻投入其的懷抱。
所有的精靈見到這一幕都開心的叫著，似乎此時再也沒有什麼正品與複製品的區分了。
“的確，我和你都是存在著的，都是小精靈。”超夢看了眼夢話後說道。
“夢幻~”夢幻點頭叫道。
“或許這件事沒有人知道最好。”漂浮在空中的超夢看著地上的人和小精靈對夢幻說道：“全忘記了······或許最好。”
之後超夢和夢幻全身泛起藍光，地上被複製出來的小精靈身上也被藍光包裹著，然後慢慢的飄了起來。
“大家，要去哪裡呢？”小智看著大家笑問道。
“我們都誕生了，都活著。”超夢和夢幻帶著大家飛走了說道：“我們要活下去，在這個世界的······某個角落。”
站在地上的大家看著超夢和所以精靈慢慢的向遠處飛去，不知不覺的腳下開始出現一道白光，將所以人都包裹了起來······
碼頭城市的神奇寶貝中心——
回到神奇寶貝中心的真嗣還在一個人靜靜的看著窗外的暴風雨，然後看了看自己右手手掌心中的“輸”笑了笑。
此時在神奇寶貝中心的所有人的記憶都被超夢給刪除了，真嗣也不例外，但真嗣事先就知道超夢會這麼做，所以在超夢動手之前將自己的戰果寫在了手心裡，不過即使沒寫，真嗣也知道單單憑藉三神鳥也是不可能會打贏超夢的。
窗外的雨慢慢的停了，天空也放晴了，真嗣趁著所有人的都沒發覺時，拿上了自己的東西，悄悄的離開了著嘈雜的神奇寶貝中心，朝著小智的家鄉真新鎮走去······