塞弗是知道真實世界的狀況，但你是願意活在真實，每天和機器人對抗提心吊膽，吃不好穿不暖，沒有任何娛樂活動。
還是願意存在虛假的矩陣，成為大富翁大明星，吃香喝辣，要錢有錢，要妹紙有妹紙。
對，沒錯，一切都是假的，錢是假的，香辣也是假的。
但如同塞弗所說：“我知道這塊牛肉並不存在，只是母體告訴我，這塊肉鮮嫩、多汁。”
你的神經是能夠感受到，就相當於你享受了。
那麼你願意選擇什麼？
之所以造成衝擊，是很多人發現，自己會和塞弗的選擇一致，一樣的會選擇虛假。
“我現在明白開始藍色藥丸和紅色藥丸的意思了，如果是我……”如果是剛開始看，加里昂還會肯定的選擇紅色藥丸，但現在他也不確定了，因為電影中表現飛船中的墨菲斯眾人太苦了。
艾倫這位喜歡情色片的學霸，絕對會選擇活在矩陣裡，現實世界肯定沒情色片。
別笑為了情色片的理由荒誕，如果你真喜歡的一種愛好，在現實中沒有，還願意呆在現實嗎？
劇情發展到墨菲斯領著尼奧見先知，影片一開始崔妮蒂透露是墨菲斯說先知是尼奧，其實準確來講是先知告訴墨菲斯，尼奧是救世主。
見到先知，尼奧和觀眾相同地反應，有些呆，和他想象中神聖大先知完全不同，是個在烤麵包的大媽，一點也看不出為什麼值得墨菲斯對她那麼尊重。
先知對尼奧說：“花瓶碎了也沒關係。”
尼奧疑惑：“什麼花瓶”在他轉身時，碰到了手邊的花瓶，摔地上碎了。
“那個花瓶。”先知笑了笑說。
“如果先知不開口，尼奧也不會側身，花瓶也不會碎。”加里昂心裡嗤笑想道。
然後先知說：“讓你真正感到大惑不解的是，如果我不開口提醒，你還會打碎它嗎？”
楚舜改動了接下來的鏡頭，原本先知這句話是看著尼奧說。
但他拍攝時是讓先知說話時，目光對準鏡頭，看著現場觀眾說，暫時打破了第四面牆。
“嗯？”突如其來的和觀眾互動，讓加里昂有種心驚感，大概也就是被嚇到了。
如果是法國的新浪潮電影加里昂就不會驚一下，因為十部有八部都會打破第四面牆，都膩了，但《駭客帝國》的基調突然來一下，再結合矩陣的背景，是讓人有點心驚。
先知說話比墨菲斯更加具有機鋒禪意，更準確的就是模稜兩可，告訴尼奧他將會面對很多選擇，或許要放棄墨菲斯，或許要放棄崔妮蒂，說得尼奧小腦瓜子裡全是問號。
見完先知，塞弗的叛變狀況出現，警察以及特工準確的將尼奧、墨菲斯、崔妮蒂一眾人包圍。
墨菲斯為救尼奧，留下來纏鬥史密斯，最後寡不敵眾被活拘。
“也是沒辦法的，史密斯就相當於防毒軟體，在別人的地盤，怎麼可能贏。”加里昂心道。
不止是在矩陣中背叛，塞弗在現實中殺死了一起和他值班的人，並且取掉了執行任務同伴的腦洞連線線。
之前從矩陣中回來都是要透過電話線先把精神“下線”，直接取下會死亡，墨菲斯掩護的四人，除了崔妮蒂和尼奧外，都死了。
關鍵時刻受重傷的坦克反殺，墨菲斯團隊三人死亡、一人重傷，背叛的打擊是極大的。
坦克知道，墨菲斯被抓後，史密斯肯定會用盡各種方法逼問，為了保護人類最後的城市，所以他做出了艱難的決定，殺死史密斯，錫安密碼不能讓母體知道。