當然，這些夥伴們並不包含皮卡丘。
喵喵被野蠻人們抬回去之後，其實就已經知道了事情的真相——
原來雲瑪瑪是個非常邪惡的擁有強大力量的寶可夢，它身上的智慧之石，是很早以前被遺留下來的神器之一，透過智慧之石，雲瑪瑪成為了整個世界的統治者，並且做出非常邪惡而可怕的事情。
寶可夢們還有人類都生活得很悽慘。
後來一隻上古喵喵寶可夢，偷走了它的智慧之石，並且聯合其他的寶可夢們一起粉碎了它。
智慧之石無法完全被毀滅，於是他們將其做成了6個不同的碎片，藏在一些重要的迷宮當中。
最後，大家齊心協力，將雲瑪瑪引誘到了遺蹟洞穴當中，透過上古留下來的電子監牢，將它困在了裡面。
可是，在這個過程當中，上古喵喵也因為對抗雲瑪瑪而犧牲了。
所以後來這個世界上的人們和寶可夢們，才將上古喵喵作為守護神來進行膜拜。
和平來到了世界上，持續了很多很多年，直到他們的到來。
皮卡丘和火箭隊，不但給當地的人們帶來了【喵喵】，同時也帶來了皮卡丘。
見到具有放電能力的皮卡丘，當地人將其視為不祥之兆，因為雲瑪瑪就是具有放電能力的可怕存在。
而現在，皮卡丘將雲瑪瑪放了出來，而且還幫助它拿回了智慧之石。
這個世界上，已經沒有人能夠對付它了！
……
“可惡！原來雲瑪瑪才是最大的反派！！”
佐藤禮子憤恨地說。
上杉昇也是同樣的表情，只覺得自己幼小的內心受到了傷害。
被一直以來都很信任的同伴給背叛，這樣的事情真的是糟糕透了。
不過呢，好在喵喵也已經回到了陣營當中，一切看起來都會回覆最初的模樣。
失去了雲瑪瑪之後，皮卡丘也失去了變身的能力，從現在開始，已經無法再使用其他的寶可夢變身作戰了。
唯一一個可以使用的只有皮卡丘。
哦不，還能使用喵喵。
就這麼兩個寶可夢可以選擇任何一個切換成為主視角進行冒險和戰鬥。
好在遊戲並沒有到此結束，經過一番探索之後，當地的居民們給了他們新的希望。
雖然現在的雲瑪瑪獲得了智慧之石，可是它很快就要回到最開始的那個【遺蹟洞穴】當中舉行最後的儀式，透過智慧之石來開啟時空之門。
一旦它成功了的話，就能夠任意穿梭不同的時空，最終成為所有寶可夢宇宙的主宰。
所以他們必須得阻止雲瑪瑪才行。
在神官府邸的後面，有著一個上古時期遺留下來的神秘遺蹟，如果能夠進入到其中，找到另外一個神器：神之衣的話，就能夠擊敗雲瑪瑪。
神之衣是專門為喵喵所打造的，也就是當年那個上古喵喵偷取智慧之石時所用的物品。
玩到這裡，兩個小夥伴們又興奮了起來。
……
眾人進入到了神官遺蹟當中，經過了一番冒險和解謎，最終終於找到了那個所謂的神之衣。
穿上神之衣之後的喵喵，看起來就像是變了一隻貓一樣。
整隻喵的身上散發著金色的光芒。
不知道為什麼，佐藤禮子和上杉昇總有一種在看聖鬥士之喵的既視感。
在獲得神之衣之後，上古喵喵的影像也浮現了出來，似乎早就已經預料到會有一天有人到這裡來，上古喵喵表現的極其平靜，雖然只是個死去之後留下來的殘影，不過也會為了他們的到來感到欣慰。
“如果你們來到了這裡，就說明可怕的事情還是發生了。”