根部，本質是暗部（內）養成部隊/暗部培訓部隊。
兩者都是暗部組織（根在名義上也是暗部），同樣執行暗部該執行的高難度任務（如暗殺、拷問、護衛等）。
大部分暗部成員在胳膊上都有統一的刺青圖案，在執行秘密任務時都佩戴面具，在一些情況下也會穿著統一的斗篷等服飾。
兩者不同點：
1.實質領導人不同
暗部直屬於（歷代）火影，聽從火影調遣，有時候也會配合上忍的工作。
即便水門成為四代目，三代火影退休後，他依然也會有直屬於他自己的暗部。
根僅僅忠實於團藏，是團藏建立並培養的只服從自己命令的組織。
也正是因為“團藏”與“三代目”這兩個人物的割裂性，使得名義上是從屬關係的暗部與根在實際上為平級。
2.根比暗部要更加神秘
暗部雖然名稱叫暗部，但是其實暗部裡許多高手的資訊都是“半透明”的。
比如木葉的拷問專家——森乃伊比喜，在圍剿幹柿鬼鮫保護的霧隱暗號部的時候被鬼鮫一眼認出。
但根部卻很神秘，團藏建立根的存在相較於暗部要更加神秘，根的情報保密工作要做的更好。
3.暗部不僅是暗部，但根卻只是根。
暗部內其實還有很多個部門。還是森乃伊比喜這個例子，他就是暗部的刑訊審問部隊長，這說明暗部內也是有其他專門的部門的。
並且這些部門會和木葉的正規部門合作。
比如動漫中森乃伊比喜和山中亥一在木葉情報部聯合進行雨隱忍者的情報工作。
4.根比暗部要更加泯滅人性。
這個其實跟動漫中人物刻畫也有一定的關係。
火影忍者世界從一開始塑造了“忍者只是工具”這樣一點，並且這一點和主角鳴人的觀點有著明顯衝突，也是鳴人正確認識這個忍者世界並樹立目標的起因。
“忍者的任務重要，還是同伴更為重要？如何抉擇。”
木葉白牙、宇智波帶土、卡卡西以及白、再不斬都被這個問題折磨很久。
雖然幾人各有答案，但都為答案付出不同代價。白和再不斬更是以命為代價得到答案。
最終這一點在被提及幾次之後，後期AB 放飛自我後，就不作為主要矛盾出現了，這時的忍者依然是是有血有肉的存在，會高興會流淚。
但是根並不一樣，根在壓抑人性，一直強調“忍者只是工具”這一衝突的號召。
比如“新第七班”成員佐井便是典型存在，沒有感情，連笑都是標誌性的假笑，單純為任務而任務，甚至很難感受到恐懼。
根的培養方式，其實就是養蠱式培養，不斷地廝殺角逐出的贏家才能有生存的權利。
根部就相當於血霧之裡時代的木葉暗部。
總而言之，暗部是維繫忍者“陰暗”的形象，“根”是維繫暗部“陰暗”的形象。
正如團藏所說，猿飛日斬是日光下的木葉，他是隱藏在地底深處的根。
一個是追求君子，一個是徹底小人。
這就是兩人對各自的形象要求。