在這些以外，更為要緊的是與兵部相關的機構，徹底被劃分到了樞密院，其中分設總參謀部、總後勤部、總裝備部和軍科部，負責全軍指揮。當然對於這麼一個要緊的部門，自然也就是權衡的，那就是由五軍都督府來負責掌管軍隊，平時沒有調兵權力，必須有皇帝的兵符和總參部的命令，才能進行調動。
在制定完成這些制度後，最關鍵的便是內閣制的最終確認，當然並非是將內閣的權力擴大化，而是在某種程度上縮小了許多，也就是寧渝弄出來的聯席部長會議，當然過去的時候也有六部官員參與，但是眼下各部數量增多，再加上都察院與大理寺的地位拔高後，因此將會顯得更加獨立。
寧渝明文規定，行政院、都察院、大理寺和樞密院屬於平級，內閣局中協調，但是不得強令所屬部門做事情，一應計劃與決定應該直接由各部尚書直接決定，並報給內閣進行審批。如果審批不透過則重新調整方案，連續兩次審批不透過可直接呈遞皇帝審批。
從這一點上，寧渝是堅決反對行外人去指導行內人的，雖然說那些閣老們在人心揣度上十分出色，可是在比較專業的東西上，就有些外行指導內行了，因此只給審批權，但是不給直接決定權。
至於地方上的行政機構，寧渝並沒有照搬明清制度，而是將其徹底進行了改變，因此所謂的巡撫早就失去了原本的意義，而是重新恢復了布政使司一職位，主管一省民政與財政大權。至於原先的按察司則是直接隸屬於大理寺監管，僅僅主管一省司法之權，至於監督一則由都察院御史來負責。
至於地方上的軍方事物，則是設立了總兵官，受到與五軍都督府和樞密院雙重領導，其中日常的一應訓練和兵源都是由五軍都督府轄制，而樞密院則是負責戰時指揮和戰略調動等，以便於對地方軍隊能夠更好的管理。
當然對於該省內的日常軍務，則由該省總兵官連同省樞密院會同解決，省樞密院將會定期赴中央樞密院進行彙報與人員輪換，基本上可以說是將地方的兵力給徹底收到了中央的手裡。
而省級以下則是簡化為府縣二級，原來所謂的州一級全部取消掉，將小縣合併為大縣，至於其他的佐官則是仿照中央架構，設定各省各府行政院，合院司所掌於一署，有民政、提學、度支、勸業等司，並且設定設巡警道，掌全省巡警、消防、戶籍等事務，與此同時，各省還設定了勸業道，專管全省農工商業及各項交通事務。
當這一系列的調整和規劃出臺後，崔萬採心裡未嘗沒有些許牴觸，因為根據新的方案當中，地方權力是要明顯縮小的，而中央集權則是達到了有史以來最高點。
“皇上，若是地方上沒有財權與兵權，或許會有些過於苛刻了.....明清之制中，地方三司權力被壓制過甚，以致於督撫之流總覽全域性，似已稍重，然進止機宜，悉秉廟謨，大難敉平，幸賴有此。”
崔萬採的意思很簡單，不給地方權力，到時候出現什麼亂子了，可就沒辦法第一時間撲滅了，可是在寧渝看來，這一點完全是侷限於當地局勢，甚至有矯宋明重內輕外之弊的嫌疑，可實際上權力太大了......
明清時期的督撫之所以並非常設職位，甚至還要定期進行輪換，同樣有這方面擔心的東西，因為地方督撫可以控制一省之財、兵、刑權，其權利之大幾乎能夠做到一手遮天，這並不符合寧渝的利益。
寧渝輕聲感慨道：“萬事均有第一步，地方上的權力回收，是因為中央各部進行了大肆擴充，只有統一財政、統一行政、統一司法和統一軍事之後，才能讓中央各部對各省司道進行垂直控馭。”
這並非是寧渝給官員們進行協商的東西，而是已經做好的決定，除了接受以外，沒有任何其他的商量餘地。在這方面，寧渝甚至表現得比之前要強硬許多，因為這種地方與中央的權力劃分，明顯是無法做到公平的兩端的。
當然對於大臣們而言，他們已經習慣了寧渝的種種改變，因此也不會有任何驚訝之色。只是當新的內閣制度問世之後，卻是讓人有些提不起勁來，相對於明朝時總攬全域性的內閣而言，這寧楚的內閣在權力上幾乎小太多了。
反倒是新的行政院卻成為了制度的中心，在這一點上寧渝的目的還是很鮮明的，那就是行政院作為權力更大的機構，因此不能掌握在一個人或者幾個人手中，每次的內閣聯席會議上，都需要有所有的部長參與。
對於改頭換面的六部，文臣們不知道是喜還是悲，往好了說這以後當官的坑位越來越多了，可是這官的含金量無疑是下降了，權力也小了許多。
寧渝給大臣們人手發了一本新的手冊，上面關於各部門的職責，都已經寫得清清楚楚明明白白，像原來的科舉被劃到了教育部，像選官任官歸到了組織部，至於原來的通政司現在變成了行政院辦公司，還有原先的三司倒是升格了，可是也只跟內閣和皇帝對接了......
李紱的臉上閃過一絲憂慮，在他原先看來，這政務架構變來變去無非就是換個名頭，實際的東西都是換湯不換藥，可是眼下看來，權力都分解到了各部門上面，內閣反倒變得有些無用，而皇帝透過直接各部，完全可以將用人和財權都捏在自己的手心裡，至於原先還能限制皇帝的六部給事中，則消失得無影無蹤......
“啟稟皇上，如今內廷已經不再幹預外廷之事，這批紅之權該歸於何處？”李紱的這個問題一下子就吸引了許多人，嚴格來說明制時太監也沒有批紅之權，但是後來事物太多，皇帝實在忙不過來，這部分的權力就落在了宦官的頭上，眼下沒了宦官，這部分權力自然會引起重視。
“行政院各部所議之事，皆呈遞內閣，召開內閣部長聯席會議批准是否同意，朕只負責稽查追溯，不再負責尋常政事。各省奏摺涉及相關部門之事，會同呈奏內閣。”
寧渝臉上露出幾分笑意，接著說道：“凡涉及都察院以及大理寺之事，直接呈遞給朕，樞密院之事，亦由朕親自處理。”
這一番態度就很明顯了，對於這些最為繁雜龐大的尋常政務，皇帝只負責時候追溯，到時候是誰的責任就是誰的責任。可是這督查和執法，還有軍事大權，都被皇帝親自握在了手中，用這些東西來當鞭子，驅趕著行政院和內閣往前走。