做完這些事後朱由校才命林丹率領部族的精壯飲馬出關，與李如楨聯手進入建州衛。同時他命李如柏前往朝鮮召集軍隊，配合孫傳庭、林丹的軍隊進行這場曠日持久的屠殺。總之，他要經此一役徹底滅絕這個噁心人的族群。
對於小皇帝下達的屠殺令，朝中許多御史言官紛紛上奏表示反對，他們認為既然皇太極主力盡失，再也不可能禍害遼東，就不應該將屠刀揮向手無寸鐵的建虜。
朱由校極度厭惡這些滿嘴仁義道德的偽君子，心想建虜屠殺漢民的時候你們怎麼不去勸勸他們？我去年買了個表，如今跑到我這裡裝什麼好人。氣憤之餘他果斷的讓魏忠賢整理這些類官員，不僅將他們列入東林餘孽，還給他們安插了一個同情敵人的罪名。
當然，有一個人是魏忠賢不敢動的，他連夜跑到勤政殿彙報道：
“啟稟主子萬歲爺，奴才已佈置人手監視那些同情建虜的官員，只是國丈大人也在其中，還請萬歲爺定奪。”
說完他使勁把頭低下，生怕和小皇帝四目相接。畢竟張國紀是張嫣的父親大人，張嫣又是小皇帝的老婆大人，平日裡對她都是言聽計從。更要命的是她非常反感這些閹人干政，經常勸小皇帝要與書生共治天下，還在床頭放置了一本《趙高傳》作為警示。
朱由校靜靜的看著底下這個權傾一時的大太監，知道他懼怕張嫣，心裡一陣狂喜，假裝生氣的說道：
“這個太康伯，朕讓他協助黃克纘治理漕運，他倒關心起遼東的事了。這件事情朕會親自處理，其他東林餘孽你繼續監視，找到證據後立即逮捕入獄，交予錦衣衛審理。”
從明成祖於永樂十八年設立東緝事廠以來，因首領是親信宦官所以權力一直要大於錦衣衛，同級見面也要高三分。如今左戰故意抬高錦衣衛的地位，原因有三。
一是錦衣衛的首領為戚繼光之子，戚家是絕對可以倚重的忠臣良將。
二是錦衣衛參與了以往的遼東戰事，對於具體的事務比較熟悉，更容易處理通敵的案件。
三是藉機打壓東廠，將閹黨的權力收回，強化中央集權。
北方呼嘯，林海雪原上一片空曠。皇太極正和湯古代、圖爾格等人躲在帳篷裡避寒，他們都是最早追隨努爾哈赤叛亂的鷹犬，自知罪孽深重。朝廷已經頒佈了屠殺令，所有建州女真都將被棄屍荒野，他們只能逃到深山老林中暫時躲避明朝、蒙古、朝鮮、葉赫的追殺。
圖爾格自恃軍功，曾殺出一條血路帶著皇太極衝出重圍，事後作為獎賞迎娶了努爾哈赤的一個女兒，成為金國的駙馬。眼見皇太極拿不定主意，嘆氣後生硬的說道：
“義州之戰我軍遭到毀滅性的打擊，已經沒有迎戰的能力。不如舉族前往捕魚兒海一帶，在那裡重建家園，休養生息。”
湯古代也曾想過往北遷徙，但他與圖爾格是死敵，聽聞後譏諷的說道：
“當年元朝皇室宗親就是在那裡被明朝大將藍玉一鍋端了，駙馬爺此舉何意？況且我們女真人以驍勇著稱，臣弟建議在興安嶺一帶與明軍周旋，拼個魚死網破。”
兩人平時積怨已深，意見很難相同，不免在大帳內爭吵起來。皇太極見狀拂袖而去，回到自己的帳篷後見布木布泰正在鋪床，一時獸性大發。不顧大玉兒還只是個九歲的幼女，竟然伸出了兩隻魔爪，陰森森的走到她面前。女孩的慘叫讓他興奮不已，如今的處境也只有女人能帶來安慰了。
皇太極猶豫不決，察哈爾部的林丹卻沒閒著，四處打探他的下落，一心想奪回心愛之人。布揚古利用熟悉地形的優勢找出了不少建虜的藏身地，毫不留情的割下他們的首級到明朝將領那裡領賞。朝鮮經過仁祖反正，對於明朝的命令言聽計從，在遼東充分發揮落井下石的卑劣性格，肆意屠殺各部的女真人，搶掠他們的財產。
至於李如柏和李如楨兩兄弟，當初薩爾滸血戰，明朝四路大軍只有他們全身而退，身背通敵的嫌疑。加上這兩年遼東鐵騎已經被抽調走了多半，剩下的兵馬也被解除了武裝，實力大不如前。對於蒙古和朝鮮的屠戮，他們只能睜一隻眼閉一隻眼，慢慢坐實了與女真人不共戴天的仇恨，總算是斷絕了當年李成梁與努爾哈赤的主僕之情。
這次屠殺一直持續了三年之久，天下再也不會有噁心人的金錢鼠尾，滑稽的瓜皮帽、馬褂也隨之消失。為了防止葉赫、黑山女真及通古斯重蹈努爾哈赤的舊轍，朝廷下令將其全部遷徙至鴨綠江一帶，同時取締滿文，禁說滿語，統一教習中原文化，用儒家的綱常倫理來約束他們的日常。