群雄紛起爭汗位。
殘元的滅亡，使明朝失去了政治上的敵人，蒙古已經成為了“邊患”，而不再是前一王朝殘餘勢力。因此，永樂皇帝對於貴力赤表示了極大的友好，承認了他對於蒙古各部的宗主權。但是，貴力赤也並沒有保持汗位有多久，便在1400年被阿蘇特部首領阿魯臺和衛拉特部首領馬哈木的聯軍打敗。阿蘇特部是蒙古化了的伊朗人，起源於高加索，因蒙古西征而進入中國，元朝軍隊中有一支由他們組成的軍團。而衛拉特部是森林蒙古人中的一個強大的部落，在成吉思汗時代被稱為“林木中百姓”，定居在貝加爾湖西岸。
阿魯臺和馬哈木都不想成為蒙古帝國的大汗，他們最為希望的還是自己的部族獨立於蒙古人之外而獲得承認，因此，在打敗貴力赤後，便嚮明朝效忠，表示自己不同於其他爭奪蒙古帝國汗位的部族。這樣的臣服是明朝求之不得的，給了他們極大的支援。依靠這種支援，衛拉特部將其霸權擴張到從貝加爾湖西岸到額爾齊斯河上游的整個西蒙古地區。
然而，阿蘇特部和衛拉特部對於蒙古中部和東部控制都沒能長久，貴力赤之子額色庫重新崛起，要與阿魯臺和馬哈木爭奪大汗寶座，雙方進行了十幾年的戰爭，直到額色庫於1425年病死。
在額色庫不停的與阿魯臺和馬哈木爭奪最高宗主權的同時，在1403年，殘元末代皇帝額勒伯克之子本雅失裡復辟了自己的汗位，宣佈自己為蒙古帝國的大汗。作為黃金家族的後代，本雅失裡無疑要比阿蘇特部和衛拉特部具有號召力，不久，包括阿魯臺在內的各蒙古部落聚集在這位正統代表者一邊。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，對這位新一任蒙古大汗的敵視是不言而喻的，永樂皇帝下旨要本雅失裡作出臣屬的明確表態。但希圖重現祖上功業的本雅失裡怎麼會向推翻自己家族在中國皇位的朱氏家族表示臣服呢？於是，永樂皇帝親自率軍進入蒙古，直抵成吉思汗故地鄂嫩河上游平原，於14101411年擊潰了本雅失裡和阿魯臺的軍隊。這次失敗對本雅失裡來說是致命的，因為這使他喪失了作為大汗的權威。1412年，衛拉特部首領馬哈木乘機將他擊敗，奪取了汗位。
在此之前，馬哈木一直與明朝永樂皇帝保持著友好關係，但這時，他已經真正成為蒙古帝國的大汗了。於是毫不猶豫地與明朝皇帝斷交。這引得永樂皇帝再次親征蒙古，雖然馬哈木的抵抗使明朝軍隊遭到嚴重損失，但為了儲存實力，他率軍撤退到土拉河以西休養生息。馬哈木的威信由於這次入侵暫時受損，因為他也未能阻止明朝軍隊進入蒙古草原。
哈斯木逃走後，大汗寶座又懸空了下來，這時，居住在興安嶺以東、滿洲邊境的嫩江附近的科爾沁部首領阿臺在1425年率部眾佔領了蒙古中東部地區。那個見風使舵的阿蘇特部首領阿魯臺，這回又支援阿臺殺死了本雅失裡，擁立阿臺為蒙古帝國大汗。科爾沁人是成吉思汗弟弟哈撒兒的後裔，也屬於黃金家族。雖然永樂皇帝對於衛拉特的背叛不能容忍，但為了消滅在蒙古人中具有崇高威望的黃金家族，又開始支援衛拉特部。自然，對於這支援，衛拉特部也是欣然接受的。
定鼎衛拉特。
永樂皇帝所貫徹的為了打倒黃金家族而扶持衛拉特勢力的政策，在他死後才發生了效力。在1434至1438年間，衛拉特首領、馬哈木之子脫歡率軍攻進蒙古東部，殺死了帝國大汗阿臺和他的重要輔臣阿魯臺，奪得了大汗寶座。雖然，黃金家族忽必烈家族的一個王子、額勒伯克之子、本雅失裡的兄弟阿佔在此時被擁護正統的首領們宣佈為大汗，但在事實上，蒙古的帝國已經從黃金家族忽必烈家族轉到了衛拉特綽羅斯家族人手中。
對於明朝皇帝來說，成吉思汗的黃金家族已經完結了，草原的這些新君主是一支沒有顯赫歷史的民族，他們在蒙古帝國的歷史上既不顯赫也不重要，他們不可能如黃金家族那樣具有無上的威望和號召力。那麼，蒙古人對於中原的威脅就應該自此結束了。
但是，衛拉特人並沒有忘記他們繼承的是蒙古帝國的汗位，雖然在表面上，他們把自己和其他蒙古人尤其是黃金家族的距離拉得很遠，但他們無時無刻不在想著恢復蒙古帝國原來的疆域。
當然，在明帝國還很強大的時候，衛拉特人是不會隨便捋虎鬚的，他們還記得祖上馬哈木的教訓。因此，恢復帝國的第一刀他們向東南地區的察合臺汗國砍去。脫歡的兒子額森擊敗了察合臺汗國的衛思汗，強娶了他的妹妹哈尼木公主，因為衛思汗是黃金家族，所以這一聯姻，使得衛拉特人有了足以號召所有蒙古人的血統。
額森繼承其父脫歡的汗位時，蒙古帝國的疆域從巴爾喀什湖延伸到貝加爾湖，又從貝加爾湖延伸到長城附近地區，象徵正統的都城哈拉和林也是帝國的領土之一。1449年，他向中國公主求婚遭到悔婚，於是，額森蹂躪了山西北部、大同附近的中國邊境。明朝英宗皇帝及太監王振前往迎戰。在土木堡展開戰鬥。額森給明軍災難性的打擊，殲滅明軍10餘萬，俘英宗皇帝。然而，因不善圍攻戰，額森無法攻陷該地的設防城市大同和宣化，於是，帶著俘虜英宗皇帝帝返回蒙古。
三個月以後，他捲土重來，進軍至北京西北郊，但是，他遇到明朝名將於謙的抵抗，發動的各次進攻都被打退，不久明朝的各路援軍趕來。由於受到優勢兵力的威脅，他沿居庸關撤退。1450年，額森決定釋放英宗帝，並於1453年與中國議和，並宣佈自己是中國的屬臣，這一行動表明他拋棄了蒙古帝國的宗主權，把自己看成是一個獨立的可汗。這樣做無疑並不明智，原本已經臣服於他的各黃金家族的部落和汗國又重新自立。
1455年，額森被暗殺。額森之子阿馬桑赤臺吉繼其父汗位，在1456入侵察合臺汗國，在伊犁河附近打敗了在位的羽奴思汗。而在這時，皇后哈尼木在後方製造混亂，她的兒子亦不刺忻和也裡牙思兩兄弟對阿馬桑赤發動叛亂，卻沒有成功。但經過這次內亂，衛拉特的實力嚴重的被削弱了。
黑夜裡，那身影正一點一點慢慢的朝我靠近，我暗自罵了聲：“好，來一個殺一個，來兩個殺一雙！”就在這時，那黑影忽然身子一陣騰空，以快如迅雷般的速度竄了過來，我一驚，手中龍吟劍來不及多想，一招‘鳳舞九天’朝那黑影的胸口刺去，那好黑影的身法極為靈活見我招式凌厲，雙腿在空中一彎，接著身子在空中快速的轉了幾圈，身法快速之極。我心中一驚，暗道：“想不到韃子軍營之中竟然有這般高手！竟然如此那好，也往你見識唐大爺的劍法，好讓你看看我大明武學！”當下也不顧那身影身法是如何的迅速，一招‘風雲變幻’直取那身影的周身要害。這《廣寒劍法》乃當年武林第一人澎瑩玉和尚據塞北極寒之地的風雲變幻的氣象所創，而這招‘風雲變幻’尤為厲害。那身影見我這一招‘風雲變幻’盤旋飛舞，曲直相乘，好象波浪的四面擴張，當真是變化莫測，令人防不勝防。心下大驚，急忙變幻身影，我惱那身影是韃子，這一招施了殺手，身形平地拔起，劍勢凌空擊下。
在這盤旋曲折的劍勢之中，我暗藏有數種不同的變化。那身影在空中不停的翻越，這時見我劍勢也有如凌空撲擊一樣，而且每一招所藏的變化也不相同，或是一招三式，是一招五式，最多甚至有一招九式的。每一招的姿勢當然也是大不相同。端是非常的厲害，心下大驚。我在黑暗之中，瞧見那韃子身影閃了閃，顯得有些凌亂，心中大樂。暗自道：“今日就讓你見識見識你唐爺爺劍法的厲害！”
當下龍吟劍再次一翻，劍心抖動，一個奪劍式，就劈那黑影的腳腕，那黑影人大吃一驚，忽道：“唐大哥，手下留情，是尹俊小弟！”我一聽，心中大驚，急忙撤劍，倘若我撤劍慢了片刻，只怕尹俊已是斷足之災。尹俊身影稍落，便重重的噓出了一口氣道：“唐大哥，你的劍法也太厲害了吧？我要是再遲點喊，恐怕我這條腿也就廢了吧？”不覺又抹了抹額上的冷汗。我也是嚇得一身冷汗，心知要是尹俊再喊慢了片刻，兩條腿就算不廢也會被我手中的龍吟劍所砍斷。這時見尹俊一臉笑嘻嘻的神情，不由得怒火打起，怒道：“怎麼回事，你怎麼又回來了！”尹俊見我一臉怒色道：“唐大哥別急，嘉峪關內防疫的法子已經安全送到了！”我一愣道：“送到了，你？”尹俊我見我一臉茫然，嘻嘻笑了兩聲道：“唐大哥，你還記得我出來是帶的那隻信鴿嗎？”我一愣隨即明白，喜道：“這麼說，防疫的方法你透過信鴿傳回嘉峪關了？”尹俊面帶喜色的點了點頭道：“不錯，此刻只怕已經到了嘉峪關吧！”我輕輕拍了尹俊的肩膀道：“好小子，真有你的啊！”尹俊一臉得意道：“那當然了，也不瞧瞧我是誰啊？”呵呵呵……呵呵呵？
深夜，那可汗望了一眼大帳外的天空，忽然轉身朝那王座上走去，片刻便躺在了王座上，安然入睡。“唐大哥，現在我們怎麼辦？”尹俊望了一眼那可汗肥胖的身影道。我低頭了思索了片刻道：“這韃子竟然用這瘟疫來屠城，那麼定有解藥，這解藥如此重要，那韃子一定會放在藥房之中，且派人把守，所以我們眼下只要找到藥房，偷上一副藥拿回去一試，便可知曉這藥方！”“對，說得對！只要我們搞到了藥房，還能怕這些韃子了！”尹俊有些興奮道。