而在所有人都只能默默祈禱的時候，碇真嗣駕駛著初號機衝了過去，用所有人都能聽到的聲音大聲咆哮著“【把凌波還給我！】”，硬生生地把零號機從光球裡拽了出來。
而這時，已經進入引爆階段的第十六使徒無法取消，只能不情不願地化作沖天而起的十字光柱。
正常來說，這應該只是同使徒作戰時遭遇的小插曲，等兩人恢復過來之後可以繼續備戰下一個使徒，但問題在於，碇真嗣和綾波零就此消失了。
事後查明，兩位駕駛員同自身機體的同步率全部超過了1000%——因為計數器最大隻能顯示999%所以不知道具體數值。
最終結論是，由於同步率太高，他們全部溶化在插入栓的LCL裡了。
二號機和三號機為了對付未來可能出現的使徒繼續待命，而NERV則想方設法試圖救出綾波零和碇真嗣。
之後，整個世界莫名陷入了安定期，雖然綾波零和碇真嗣始終沒有救出來，但卻再也沒有使徒出現並發動襲擊。
時間一年一年過去，第二次衝擊的餘波和影響逐漸消失，地球漸漸變回原本的模樣，空有屠龍之技的NERV逐漸被世人遺忘，員工也各自分散離開，最終被整合進了地聯的軍部，又被那個曾批評它“臉都不要了”的將軍收入麾下，將技術用於外太空探索。
時過境遷，只有頂替碇源堂司令位置的霧島真名還在維持著NERV的編制，而世人對EVA的印象也僅剩那臺偶爾會在重大事件中驚鴻一瞥，純黑塗裝的三號機。
2000年的第二次衝擊，以及2015年和2016年發生的使徒入侵，從歷史變成了故事，又從故事變成了梗和段子，最後，只剩下了歷史上的兩行記述，究竟發生了什麼，只能靠猜。
其實也不用猜，那個情形，不就是在復刻人類制止“第二次衝擊”時的情景嗎？只是阻止“三衝”爆發的東西從“朗基努斯之槍”換成了“碇真嗣自己”而已。
或許，“那個自己”想到了什麼自認為完美的方法，既沒有觸發第三次衝擊，也沒有讓叫做“生命之織縷”的存在們侵入，甚至還消滅了所有潛在的使徒，硬是讓這個世界繼續安穩地存在了十五年。
但，2031年，第十七個使徒，渚薰，還是出現了，此時，再沒有人能阻止他。
“這樣的結局，你接受嗎？”渚薰沒有解釋他的來歷以及如何同霧島真名見面，以及談了什麼交易，只是大致講完“未來的歷史”後，便如此問道。
“不接受！怎麼可能接受！”
綾波心心念念擺脫輪迴的方法，怎麼能就這麼被自己搞砸？
“真巧，我也是這麼想的，那麼，就勉為其難來一趟幫你們把第十六使徒幹掉好了，反正使徒之間也是敵對的嘛。”當時，渚薰如此應道。
“我不會僑情地說不需要你幫忙，但你從未來回到現在的目的又是什麼？作為使徒，直接觸發第三次衝擊不好嗎？”碇真嗣自然不會忘記他本身也是一個使徒。
“當然是——”
渚薰的眼角和唇角同時勾起：
“為了與你相遇啊。”
“……”
混蛋！虧自己當時還震撼了一下，現在看來，不是和他今天用來騙女生們的話一模一樣嘛！
————
文學社。
“你好呀，我是文學社的新社員，渚薰，希望未來相處愉快。”
灰髮紅眼的少年向正在端茶倒水的霧島真名打招呼道。
“好的……哎？”霧島真名疑惑地看看渚薰又看看在他身後進入社團教室的綾波零和碇真嗣。
顯然，她聽懂了關鍵詞“未來”，但同樣不清楚為什麼“她自己”沒有來。
碇真嗣對她眨眨眼，然後搖頭，表示自己也不清楚詳情。
“他是NERV透過馬路杜克公式選出的駕駛員後補，但還沒有公佈，”綾波零輕車熟路地走到自己的位置坐下：“為了省事，就提前招進來了。”
這裡寫作文學社，讀作EVA駕駛員專用休息室吧？
“這樣嗎？可是我們好像沒有多餘的EVA了？”霧島真名用茶盤遮著嘴表示疑惑，想了想之後又補充道：“如果需要的話，可以開三號機……”
沒那麼容易，NERV的機體分配雖然比較隨意，但互換機體之類還是需要很多試驗的。
而且，你沒有意識到你在隨意外洩情報嗎？
屠龍者終成惡龍了。
“別擔心，可愛的女僕小姐，我的機體是特製的，已經在路上了。”渚薰微笑回應。
“啊，好的。”霧島真名迷茫地回應道。
嗯……碇真嗣看了看霧島真名的打扮，因為同大家的關係都好了起來，她早已經不會穿整套女僕裝了，只是似乎很喜歡那個有著白色絹花的黑頭帶，在文學社的時候經常會戴在頭上。