受具足戒後，玄琬又跟隨洪遵律師學四分律。
他悉心修持，認真研究了三年，成績卓著，受到眾人的稱讚。
離開洪遵，玄琬向曇遷學法。
攝論、地論、中百、法華、楞伽等，他都瞭然於心中。
對這些經論，他注重它們和律藏之間的聯絡，以求得能夠使持律者的言行完全有律可依。
現世屬於像法、末法時代，因而眾僧持律不嚴，行為舉止，往往不合戒律。
於是玄琬廣設道場，行各種懺悔之法。
每年春天，在受戒儀式之前，玄琬帶領眾僧念二十五佛之號和神咒千遍。
要讓這些違禁之人悔悟過去，信持清淨。
這種形式後來流傳了很久。
貞觀初年，玄琬奉太宗的旨意，為皇太子、諸王和六宮嬪妃受菩薩戒。
接著，太宗又傳旨，讓玄琬在御花園中的德業寺中為皇后抄寫現存的經藏，並讓玄琬監督在延興寺中另造經藏。
玄琬認為身受天子之託，又藉此時機可大弘佛法，不可不盡心竭力。
但這二件事，都需要廣選經藏。
可是自從周滅佛法，隋朝再興以來，相傳的佛經大都雜亂混合，文理又多有不通。
於是玄琬聯合許多諳熟經義的沙門，著手整理勘定。
經過幾年的整理，所存經藏面貌一新，綱領清楚，條順理通。
佛教史曾有佛教經典的結集，玄琬整理經藏的意義與此相同。
玄琬律師自修苦節，他的德望由於律藏威儀而著名。
他的教諭成為出家和在家弟子的行為規範。
王公大臣到下屬小吏，從玄琬受戒的達三千多人，受玄琬影響而受戒者有二十多萬人。
左僕射蕭瑀兄弟二人，人中楷模，久厭煩世，經常詢問玄琬《法華》的佛理。
右僕射杜如晦,臨終之前委託玄琬作他永世之劫的導師。
大將軍薛方徹的夫人和母親都崇敬持戒，經常向玄琬請教，食素至終。
普光寺的道嶽法師，識解高超，洞察幽微，受玄琬教誨後，頓開慧府。
當時有一個巫士說：“每當律師授戒說法時，異類鬼神從四面八方來聚於此，聆聽法師的聖言。如果不是功德無量，怎麼會如此呢？”
玄琬誠心勸戒，無所不至。他寫信給皇太子：“自從您立正統以來，洪福齊天。您得到皇天的保佑，適應時流，所做所為非常適宜。我一直得病受苦，蒙您降低身份來問候我，我感動得不知所以。遺憾的是，我卻不能為您效力。”
“我概括了一下經律的重要要求，發現您可依據而實行的共有四條：第一，您要大行慈善。其目的是為了培養您博愛兼濟的胸懷，愛一切大眾。
第二，減少殺生。佛經中的仁愛寬恕的教誨，就是要禁止殺生、虐生。我聽說東宮日常用膳，每天都有烹宰之事。假如真是這樣，確實會遺害不淺的。殿下您要以身作則，規範群臣，所以文武百官和百姓都懷著希望和思慮，盼望您能崇仰慈恕之道。從今以後，請少殺生。這樣就可以保生命之長久，仁愛撫育之道就會隆盛。
第三，順氣。春日之時，萬物滋生，應該撫育眾生，以合天道。如果有殺生之事，就不是順氣。殿下您住處少陽，春月多福，行仁慈以合天道自然。保養正氣，普施恩惠，才能養育天年。
第四，奉戒。每年三月，六齋能潔淨人的六根，以此而獲得五福。我真誠地希望您能依此而行，持齋守戒。現在您能享此重位，全靠往世業因。只要能積德積善，才能成全其美。
我無能無德，卻蒙您厚愛。我只是把自己的一些見聞獻給您，勞您親覽。您若用以自檢，定能永保宏福。”
皇太子馬上回信作答：“承蒙恩師教我四條妙法。我仔細反覆地看了幾遍,已深深銘記於心。法師您早離塵世之累，悠然遊蕩於人世之外。您的至理名言，高深無比。”